1967年退役后，贝基在美国宇航局（NASA）设在加州斯坦福大学附近的一个高级研究中心当了一名工程师。在中心期间，由宇航局资助，贝基考入斯坦福大学继续深造，获得机械工程硕士学位。然而，随着年龄的增长，贝基逐渐意识到，自己今生的最大愿望是成为一名救死扶伤的医生。于是，在工作之余他苦读医学院预科课程，并着手复习准备医学院入学考试（MCAT）。
谁都知道，美国的医生和律师不是那么好当的。首先，著名医学院和法学院的学费极为昂贵。而且，因学生毕业后收入较高，所以医学院和法学院基本上不提供奖学金。其次，著名医学院和法学院都有极低的录取率和白热化的竞争，考生的淘汰率和竞争的残酷性，在某种程度上超过了中国大陆的高考。以加州大学戴维斯分校医学院为例，该院1973年度只录取100名学生，但申请人总数却高达2464人。
可是，贝基却恰好选中了加州大学戴维斯分校医学院作为重点报考院校之一，其原因，可用加州居民评价本州大学的俏皮话来解释：“如果你小子成绩好，你爹趁钱，念斯坦福大学；如果你小子成绩好，你爹没钱，念加州大学；如果你小子成绩糟，你爹趁钱，念南加州大学；如果你小子成绩糟，你爹没钱，念社区大学。”这其中的秘诀是，由加州大学董事会管理的柏克利、洛杉矶、圣地亚哥、戴维斯等大学分校虽然名列全美著名学府之榜，但与哈佛、耶鲁、普林斯顿、斯坦福等私立名校不同，加州大学所属分校全都是公立大学。因公立大学有联邦、州政府的资助和补贴，所以学费比那些私立名牌大学要便宜得多。另外，像贝基这样已在加州居住两年以上、依法交纳州税的居民，还会享受到本州学生大幅度减免学费的特殊待遇。
以优秀成绩结束医学院预科课程后，贝基在医学院入学考试中再传捷报。在科学知识部份，他的正确率为97％；在语言能力部份，他的正确率为96％；在数学部份，他的正确率为94％。1972年底，踌躇满志的贝基向加州大学戴维斯分校医学院正式提出了1973年度入学申请。没想到，加州大学却给志在必得的艾伦。贝基吃了闭门羹。
照常理，以贝基的GPA和MCAT成绩、斯坦福大学硕士学历以及综合素质，他应当是一个很有竞争力的申请人。贝基起初以为，自己名落孙山的原因可能是因年龄已超过了30岁。但是，贝基后来却从戴维斯分校学生事务办公室打探出了一个令他大吃一惊的内幕。原来，在医学院当年100名的录取名额中，有16个特别名额专门分配给了黑人等少数民族学生。更令人吃惊的是，在被录取的16名少数民族学生中，绝大多数人的GPA和MCAT成绩远远不如自己。
贝基得知设置录取定额和不同的录取标准的内幕之后非常恼火，他奋笔疾书，给戴维斯分校录取办公室写了一封颇有政策水平的抱怨信。信中写道：“为了满足未来医疗健康事业的要求，医学界需要最有能力和最有献身精神的人才。我意识到，设置少数族裔录取定额是为了补偿以往种族歧视的恶果，但是，这种照顾少数民族的措施实际上又开创了新的种族偏见。这不是一个公正的解决办法。”
一通抱怨之后，1973年底贝基向加州大学戴维斯分校医学院提出了1974年度的入学申请。然而，贝基最后得到的回复仍然是一剂不予录取的苦药。
该做的全都做了，却死活进不了医学院，原因竟然是肤色不够黑！贝基从小在宣扬“白人优越”的社会中长大，这辈子还是第一次碰到这种“颠倒黑白”的怪事。中国人遇到冤屈不平之事可能会想到揍那个狗娘养的，美国人遇到冤屈不平之事第一个念头就是诉那个狗娘养的。艾伦。贝基当然也不例外，他一张状纸把加州大学告到了地方法院，控告加州大学搞逆向种族歧视，违反了民权法和美国宪法第14修正案关于对公民平等法律保护的条款。
1975年，地方法院对贝基案做出一项对双方各打50大板的判决：法官虽然判决加州大学设立的录取定额制度违法，但并未判决戴维斯分校医学院应当录取刺儿头贝基。结果控辩双方都不满意，继续向加州最高法院上诉。
1976年，加州最高法院判加州大学败诉。加州大学董事会当然不会服气，遂聘请曾在水们事件调查案中出任特别检察官的哈佛大学教授考克斯（ArchibaldCox）为律师，于1978年把官司打到了联邦最高法院。
二、左右为难的最高法院在一向标榜机会均等、公平竞争的美国社会，加州大学戴维斯分校医学院为何会为少数族裔申请人保留16个特别录取名额呢？说起来，这个特殊的照顾措施实际上与美国政府颁布和推行的“肯定性行动”政策直接有关。
“肯定性行动”这个名词最早源自肯尼迪总统1961年签署的总统第10925号行政命令。这个行政命令要求政府合同承包商采取肯定性行动，为少数族裔提供更多的工作机会，不得有种族、信仰、肤色、祖籍的歧视。约翰逊总统执政期间，联邦政府和国会陆续颁布了一系列包含范围更为广泛的“肯定性行动”法案，又称为平等权益法案。简而言之，“肯定性行动”政策实际上是一项在1964年《民权法》基础上发展起来的平等权益措施和法案，目的是帮助在美国历史上长期受到歧视的少数民族和妇女更快地改变在政治、经济、教育和社会等方面的劣势地位。具体地说，就是在升学、就业、晋升、颁发奖学金以及接受政府贷款和分配政府合同时，在竞争能力和资格基本相同或相近的情况下，黑人、印地安人、拉美裔和亚裔以及妇女有被优先录取、录用、晋升或优先得到贷款和政府合同的权利。
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