其次是一些被认为是废票的选票是否重新计算、以及如何计算的问题。在正常情况下，打孔机在孔印处打孔，应该把孔印击穿，孔芯脱离选票，随后，将打了孔的选票由计算机处理，选举即算完成。但很多选民打了两个孔，由此造成至少一万九千张废票。由于大部份废票出现在被认为是民主党支持者的黑人社区，因此，民主党人自然认为，如果没有这一失误戈尔就是总统了。尽管有些选民发现自己投坏了票，告上法庭，但法庭当然不会插手干涉，因为这里面没有丝毫违法舞弊行为，投票失误是每个选民自己的责任，民主党人只好自认倒霉。另一类被认为是废票的是“漏选票”（undervotes，即机器没有识别出是否选择任何候选人的选票），人工计票主要是决定它们的归属。漏选票的产生是选票打孔时由于种种原因造成穿孔不透或纸片残存。确定哪些漏选票有效，哪些无效，实在是件非常困难的事情。
对于佛罗里达的重新计票，小布什阵营非常不满。11月12日，小布什不甘示弱，立马向佛罗里达的联邦地区法院提出紧急申请，要求法院下令立即停止人工计票，理由很简单：（1）只在部份县进行人工重新计票必然造成州内选票统计中事实上的不平等，违背了联邦宪法第14条修正案中平等法律保护条款；（2）人工计票可能比机器计票更容易出错，其结果更不可靠；（3）局部的人工重新计票会引发全州性的重新计票，甚至导致全国性的重新计票，从而否定已有的大选结果。但是，地区法院以人工计票属州法管辖范围、联邦法院不能随意干预为由拒绝了小布什方面的要求。小布什方面于是决定向在亚特兰大的联邦巡回上诉法院提出上诉。16日，该院以同样理由驳回他们的要求。与此同时，共和党人也开始主动出击。州务卿、共和党人哈里斯（Katherine Harris）女士宣布，11月14后（大选日后第7天）是各县上报选举结果的最后期限，逾时概不接受。
哈里斯依法办事，民主党人却难以接受，因为棕榈滩等县人工计票刚刚开始，不可能在法定的计票期内完成人工计票。民主党控制的棕榈滩等县向州法院提出紧急请求，要求给予宽限。失败后，它们上诉到佛罗里达最高法院，要求阻止哈里斯在法院判决之前签署任何选举结果。此举终于成功。但州最高法院判决的党派色彩非常明显，因为7名大法官中有6名是由民主党人州长提名和任命的。
11月20日，佛罗里达最高法院开庭。法庭辩论主要集中在两个问题上：（1）县选举委员会是否可以决定进行人工重新计票？（2）州务卿是否有权拒绝逾期上报的计票结果？
戈尔阵营的律师认为，人工重新计票旨在保证选票统计的准确性，尊重和保护公民的政治民主权利，因此，州务卿哈里斯无权拒绝接受人工计票的结果。
共和党方面则回应说，州务卿依照法律和程序办事，忠于法律和职守。州最高法院对此没有司法管辖权。
从根本上说，双方争执的关键在于，如果尊重和保护公民的民主权利高于一切，那就应当不惜任何代价重新精确计票，或者干脆重新投票——只要符合民主原则，在竞赛过程中也可以改变规则和程序。另一方面，如果宪政法治的正当程序和共和原则至高无上，那么在尊重民意的基础上应当注重对多数人的权力予以严格限制，在选举和计票过程中，任何人都不能以民主或民意为理由轻易改变竞赛规则。
11月21日，佛罗里达最高法院以7比0的表决作出两项裁决：首先，如果机器计票和抽样人工计票的结果出现差异，县选举委员会有权进行人工重新计票；其次，州务卿的确有权拒绝逾期报来的计票结果，但这一权力不是绝对的，而是有条件的，因为选举权是州宪法保障的最重要的公民权利，是其他公众自由的基础，必须得到尊重和保障，“技术性法律规定不能凌驾于选举权的实质内容之上”（technical statutory requirements must not be exalted over the substance of the right）。为此，它宣布：棕榈滩等县可以继续进行人工计票，但计票结果必须在5日内（11月26日下午5时前）上报给州务卿，后者必须将这些结果包括在州大选的最后结果中。（在有关州务卿可否接受逾时报来的选举结果问题上，佛罗里达的选举法的规定不够清楚。该法第102.111条称：如果某县逾时没有送报选举结果，该县的选举结果“将被忽略不计”[shall be ignored].但在第102.112条中，对同一问题州法又使用了“可被忽略不计”[may be ignored]的字眼。到底应该以哪一条为准？州务卿哈里斯和戈尔方面各执一词。为此，州最高法院明显感到裁决这一相互矛盾规定的困难，但因其“不愿意改写州选举法”，它只能诉诸于“启用法院的衡平法权力[equitable powers]来提供一个补救性措施”，并据此作出了上述的决定。布什方面则认为这项决定不正当地超越了法院的权限范围。Opinion of Palm Beach County Canvassing Board v.Harris， Volusia County v.Harris， and Florida Democratic Party v.Harris， （Case Nos.SC00-2346， SC002348，SC00-2349 in Florida Supreme Court， November 21， 2000）。 转引自王希：《2000年美国总统大选述评》，《美国研究》2001年第1期。）
针对这一判决，当代美国最有影响的法学家、联邦第七上诉法院法官波斯纳（Richard A. Posner）批评说：它是引发大选案几乎不可收拾的关键性失策（one critical misstep），因为“它剥夺了州法赋予州务卿的自由裁量权，从而侵犯了立法部门确立选择总统选举人规则的专有权力”。
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