在判决词中，马歇尔大量地借助于平克尼等原告律师的论据，并借题发挥，阐发了联邦党人对联邦与州关系的看法。在马歇尔看来，此案涉及了三个至关重要的问题：第一，究竟是各州分别拥有主权，还是合众国人民集体拥有主权？第二，国会准许成立联邦银行是否符合宪法？第三，如果符合宪法，马里兰州是否有权对其征税？
在第一个问题上，针对马里兰州律师搬用的美国建国之父托马斯。杰弗逊（Thomas Jefferson）提出的“中央政府的权力是由各州委托的，后者才是唯一真正拥有主权的；中央政府权力的行使必须服从于唯一保有最高统治权的各州”的著名论据，马歇尔考察了宪法起源的历史，他指出：美国联邦宪法曾提交给各州人民讨论，并由他们特别选举出来的代表会议批准通过而“获得充份权威”，因此，其结果是联邦“政府直接产生于合众国的人民，并以合众国人民的名义‘确认和建立’”。各州的确拥有主权，但是这一主权与联邦的主权发生碰撞时，州的主权必须服从于联邦的主权，因为“联邦政府断然是而且真正是一个属于合众国人民的政府。无论从形式上还是内容上，它都是来源于人民。它的权力是人民赋予的，并直接对人民和为人民的福祉而行使”。这段论述成为美国联邦主权经典性的界定，从根本上动摇了州权至上理论的全部依据。
关于第二点，被告又搬用维吉尼亚州1790年对国会通过准许成立第一合众国银行法律的抗议，以及杰弗逊对该法律的批评。他们认为，美国宪法第10条修正案明文规定未授予联邦政府的权力由各州保留，同时各州又有管理商业的权力，而银行便是一种应由州政府管理的商业机构。宪法并没有授权联邦政府建立银行这类法人团体，尽管宪法允许国会通过一切必要的法律来保证宪法所授予的权力，但建立合众国银行并不属于必要的法律之列。1811年以来这类银行不复存在即可证明。
对此，马歇尔一方面承认联邦政府只是宪法所规定的权力部门之一，只能行使宪法所授予它的那些权力，但另一方面，他引用汉密尔顿1791年关于建立银行的意见书，并对汉密尔顿的思想进行了强有力的阐述，提出了解释宪法的“默许权力理论”（implied power doctrine）。他注意到，尽管宪法所规定的联邦政府权限中没有建立银行这类法人社团的内容，但与宪法的前身《邦联条例》中邦联所授权力都要“确切表述”不同，它没有排除“附带的或默许的各种权力。”
马歇尔进一步认为，联邦政府不是依据一部试图解决一切问题的、包罗万象的法典所建立的，相反，宪法只是给出了联邦政府结构及权力的总纲，列举了其最重要的职责，而它的其他权力则可以“根据这些职责的本质来推导出来”。最后，他得出掷地有声的结论：“我们决不能忘记这是一部需要我们解释的宪法。”
从宪法的起源和本质这一前提出发，马歇尔论证了联邦政府建立第二合众国银行的正当性。宪法明确赋予了联邦政府如下的权力：征税、举债、调节商业、建立军队和宣战等。因为这些规定符合国家的根本利益，所以国会应该拥有行使这些权力的具体手段。就本案而言，合众国银行就是一个执行国家财政政策的基本和有效的工具。鉴于宪法的第一条第8款授权联邦政府通过“执行其上述权力所必要和适当的一切法律”（史称“necessary and proper”clause，必要和适当条款），第二合众国银行的建立和存在合乎宪法。
最后，对一个州是否可以运用宪法保留给它的征税权来向联邦银行课税这一问题，马歇尔强调：根据宪法第6条的规定，宪法和联邦法律“都是全国的最高法律”（史称“Supremacy Clause”第6条最高条款），国会有关建立合众国银行的法律高于各州的法律。州的征税权虽然重要，但它受制于宪法。一个州不能向它的主权管辖不及的法人主体课税。如果允许一个州对联邦银行课税，那么它也可以向其他联邦机构诸如邮政、铸币、专利、海关和联邦法院课税。这样一来，马歇尔引用韦伯斯特的话说：“州的征税的权力就会演变为毁灭的权力”，各州就可以完全粉碎美国人民在宪法所确定的“政府全部目标”。“这决不是美国人民所希望的。他们无意于让他们的政府依赖于各州。”因此，他的结论是：“各州无权利用征税或其它方式阻滞、妨碍、拖累或以任何方式控制国会为行使已授予联邦政府之权力而制定的合宪法律的实施。”
三、联邦是否至上 主权急诊难了马卡洛诉马里兰州案的影响几乎和1803年马伯里诉麦迪逊案一样重大而又深远。 正像马歇尔给同事斯托尼（Joseph Story）大法官的信中所称，如果马里兰州的看法获胜流行，“宪法就会转变成原来的邦联”。
通过这一判决，马歇尔提出和实践了解释宪法的“默许权力理论”，并利用这一理论推翻了马里兰州的一项法律（税法）和一项判决。不仅如此，更重要的是，他还解释并实践了宪法第6条的规定（supremacy clause），特别是第1条第8款第17项的“必要和适当条款”。马歇尔认为这一条款出现在列举国会权力的第1条第8款中，而不是出现在限制国会权力的第9款里，这说明它的含义是扩大而非降低国会行使其授权的能力。这就是宪法授予联邦政府的“默许权力”。在判决中，他对此作出了如下的经典表述：
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