第七三一部队培养的细菌有：鼠疫、霍乱、坏疽、炭疽、伤寒、副伤寒以及其他细菌。在研制过程中，不仅使用动物，而且用活人进行实验。为此，设有可容纳三四百人的内部监狱。第七三一部队还专门制造散布细菌的特种武器，如自来水笔式和手杖式投掷器、瓷质飞机弹、“石井式飞机弹”，等等。该部队生产细菌的设备，规模庞大。按生产设备和生产能力来说，每月能培制出300公斤鼠疫细菌。
第七三一部队用活人进行实验，是由关东军参谋长东条正式批准的。一个亲自进行这种灭绝人性实验的战犯，供述了一次用活人进行伤寒病传染实验的情况。他们预先准备了1公升投有伤寒病菌的甜水，然后把这一公升甜水用普通水冲淡，分给大约50个中国“犯人”喝了。这些人都是战俘，其中只有少数几个人事先受过预防伤寒的注射。遭受实验而发病的这些人，被严格看管，进行观察，而且为了保密起见，部队工作人员通常把被残害的人称为“木头”。第七三一部队还进行类似战斗环境的野外活人细菌实验。他们借助电流爆炸细菌弹，使被实验的人被弹片炸伤，受炭疽热的传染。日寇还采用同样的办法进行鼠疫病菌和坏疽菌的实验。凡采用这种办法实验坏疽菌的中国战俘，经受一周的痛苦折磨后，全部死去。为了研究治疗，有的人被接二连三地进行实验。先对受传染的人进行治疗，身体稍稍复员之后，再次进行实验，直至死亡为止。
这些细菌部队，除了用活人进行各种烈性传染病的实验之外，还广泛进行冰冻活人四肢的试验。第七三一部队在做这种试验时，每次用2—10人不等。中国战俘被看押在严寒的室外，强迫他们把手放在水桶里，然后冰冻若干时间，直到被冻伤为止，再带到监狱实验室里。而进行这种实验的结果，受实验者多半是四肢腐烂，被割去四肢，直至死亡。
实验的目的在于使用。1940年夏，第七三一部队长石井四郎中将亲自率领一支特别细菌远征队到华中战区，在宁波一带用飞机散布鼠疫。结果使该地区发生疫病，造成大量死亡。1941年，该部队再次派远征队到华中常德，从飞机上撒播了传染鼠疫的跳蚤。1942年，当日本侵略军从华中某战区退却时，第七三一部队又进行了一次细菌战的远征。
日本帝国主义所进行的细菌战争，危害极大，贻患无穷。1937年和1938年在伪兴安北省蒙古族部落里发生的鼠疫，1940年在伪兴安北省三河附近发生的炭疽，都和日本细菌部队的活动有关，致使成千上万的人死亡，给中国人民造成了难以估量的重大损失。
为了挑拨各民族的关系，日本帝国主义除了鼓吹大和民族富有优秀素质和卓越能力，是对其他民族进行启蒙指导、居于领导地位的民族外，还竭力歪曲和捏造中国的历史，胡说“满洲自古以来就不是中国的领土”。为了笼络满族上层，日寇在沈阳特别成立满族学校，专门收容清代皇族子弟，进行特别教育。另外，如满洲国军警卫连，均由满族士兵所组成，用以监视汉族士兵，防止暴动。
日本帝国主义对人口不到100万、居住地区占伪满洲国领土3/1的蒙古族的政策，也是煞费苦心的。1933年7月和1936年5月先后两次作出决定，对蒙古人的“指导方针”是：维护原有的旧制度，继续利用蒙古的王公贵族对广大蒙古人民进行统治；同时离间蒙古族同其他民族的关系，并利用蒙古民族的悍性格为日本帝国主义的侵略服务。
为此目的，在蒙族地区特别设立兴安省，组成兴安军、兴安军区和兴安军官学校。后来伪满军改成所谓国军之后，蒙古人的部队称为第九军和第十军。这些部队多次被驱使到各处进行侵略战争，为日寇充当炮灰。例如，在所谓呼伦贝尔事件、哈尔庙事件、察绥作战、诺门坎事件以及伪三江省“治安肃正”、热河地区“治安肃正”等军事活动中，都迫使蒙古人军队参加。特别在诺门坎事件中，蒙古民族，尤其是中下层，和其他民族一样，一直遭受日本侵略者的残酷压迫，并多次横遭屠杀和镇压。
此外，日本法西斯侵占东北后，对东北的人力和物力资源肆意掠夺，给劳动人民带来了巨大的灾难。伪满洲国居民有85%是农民，耕种着1700多万公顷土地。日本帝国主义为了进行最大限度的殖民掠夺和法西斯高压统治，竭力维护满蒙皇室和王公贵族的封建土地关系，又大量霸占和剥夺农民土地，进行移民侵略，扩大日本经济势力。日本政府制定的移民计划，以20年内移民100万户、500万人为目标。从1937年起，每5年为一期。移民户数是递增的，第一期为10万户，至第四期计划为40万户。100万户准备占地1000万町步(每町等于09974公顷)。在这一计划驱使下，日本侵略者疯狂掠夺农民土地，截至1944年，除军事和铁路占地外，开拓移民占地共达1521万顷，约占当时全部耕地面积的近1/10。如果日本移民侵略计划得逞，岂非是东北的全部耕地和大部分荒地，均将被剥夺殆尽。
日本侵略者剥夺人民土地的惯用手段，是以“危险地”和“维持治安”为名，把人民赶走，随后没收。据敌伪档案记载，1941年，日本统治者以维持珠河县治安为名，强令散布在该县所谓危险地区的600户群众，迁至伪三江省鹤岗充当煤矿苦工，并决定将帽儿山胡家粉房的33户居民，作为第一批迁移对象，强制全部迁出。群众闻讯后，竞相逃走，弄得妻离子散，家破人亡。
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