7时45分，南云又下达准备攻击敌舰的命令。这时，第一批轰炸中途岛的飞机正返航归来，但第二批飞机还在甲板上，返航飞机无处降落。南云只好命令把飞行甲板腾空出来，让返航飞机降落。9时18分，最后一架飞机降落完毕。于是，南云命令舰队向北撤退，以便重新组织，把所有的飞机都加足油，装备好，然后向敌舰发动进攻。不久，甲板上的飞机都装上了鱼雷。由于时间紧迫，卸下的炸弹来不及送到下面的弹药库里，人们就随手把炸弹推在一边。
正在这时，美国舰队派出的两批飞机前来轰炸。日舰的50架战斗机腾空迎击，打落美机数十架，幸存的美机仓皇逃去。当日机回到舰上加油，水兵们欢呼胜利的时候(上午10时许)，从美国“企业”号上起飞的37架俯冲轰炸机直扑“赤诚”号和“加贺”号航空母舰，炸弹呼啸而下。从美舰“约克顿”号起飞的另外17架俯冲轰炸机也对准着“苍龙”号投弹。日本这3艘大型航空母舰中弹后，立即引起舰上飞机起火和在甲板上的炸弹连续爆炸，弹片横飞，穿过甲板，又在船体深处引起爆炸，机舱破坏，舰舵失灵，航空母舰东倒西歪，摇摇晃晃，舰上许多飞机不是被烧毁，就是落入汪洋大海之中。不久以后，这3个煊赫一时的庞然大物都变成一堆堆废铁，沉入太平洋中。
南云忠一离开了他的旗舰——正在燃烧的“赤诚”号，一时呆若木鸡。稍事镇定之后，他才把这个灾祸报告了山本五十六。而山本这时正威风凛凛地坐在他的旗舰“大和”号上破浪前进。“大和”号64万吨，装有18英尺1英寸长的大炮，为当时世界上最大的战列舰。当初，山本以其强大的舰队为靠山，认为这次出征能稳操胜券，荣耀在望，珍珠港偷袭制胜的美梦又将重温。然而，这个惨败的消息像一个晴天霹雳，惊醒了他的黄粱美梦，使他默默无言。但山本无法抑制他的满腔怒火，像一个输红了眼的赌棍那样，命令所有的舰队向他集中，准备孤注一掷，向敌人发动猛攻，把中途岛夷为平地，以示报复。
6月4日正午，幸存的日本航空母舰“飞龙”号派出飞机，重创了美国航空母舰“约克顿”号(到7日早晨沉入海底)。而美国舰队立即报复，很快又炸沉了“飞龙”。这时，山本看到败局已定，无法挽回，只好独自吞下这颗失败的苦果。但他还是打肿脸充胖子，撒下了一个弥天大谎，向手下所有的指挥官发出电令：“几乎已遭到全军覆没的敌人舰队正向东败退。”5日凌晨，山本又发出命令：“取消占领中途岛的行动!”
中途岛战役就这样结束了。日本损失大型航空母舰4艘、重巡洋舰1艘、飞机400多架。兵员损失3500人，其中包括几百名熟练的空中飞行员。美国损失航空母舰1艘、巡洋舰1艘、飞机147架、兵员307人。
中途岛战役是美国海军以少胜多的一个战例，它标志着太平洋战争中的一个转折点，此后东条英机就不敢在太平洋上随心所欲地进攻了。日本人开始承认：“太平洋上的主动权已转入敌人手中。”
东条英机听到中途岛失败的消息犹如大火焚身，惊恐不已，但他竭力控制着自己，轻声地对参谋次长田边盛武中将说：“切勿把这一消息泄露出去，要绝对保密。”
次日，东条觐见天皇，但对中途岛失利之事只字不提。后来，在一次人数有限的帝国大本营会议上，东条建议公布阿留申作战计划，以便转移人们对海军溃败的注意力。开往中途岛去援助南云将军的舰队奉命折回北面。6月7日，兵不血刃便占领了面积虽小但是战略地位重要的阿图岛和基斯卡岛。
在美国，中途岛之战已家喻户晓。人们把这一仗当作太平洋战争的转折点来加以庆祝。尼米兹将军则在6月6日的公报中声称：
“珍珠港之耻已得到部分洗雪，必须将日本海上力量打得再无行动能力，否则，不算完全报仇雪恨。如果说，我们这个目标走了一半路，大家也许能原谅我们冒昧。”
6月7日，《芝加哥论坛报》差一点把取得胜利的秘密——破译了日本舰队的密码——捅出来。它透露，美国海军人士对日军在中途岛使用的兵力，早在作战行动开始前好几天就了如指掌。在了解到“大批日本军舰在离开基地后不久就集结起来这一情况”之后，海军猜测到“其目标可能是荷兰港或中途岛”。
然而，这种担心是多余的。由于相信自己的密码不可能被破译，日本海军把中途岛受挫的原因归咎于过分自信。草鹿自责不应该允许派出那么少的侦察机。6月9日，他身穿冬服，全身裹着席子，叫人把他放到小艇上，驶到“大和”舰旁边，由人把他像包裹一样提起来放在甲板上，负荆请罪。他向山本及其参谋人员亲自报告了此次战况，并要求海军向国民公布真相，因为这次战争与每个国民都有关系。
当别人都走开后，草鹿对山本说，“机动部队”应该对此次失败负完全责任。“如果你要叫人切腹以示负责，请让我来行此事。”但他又说，他真心希望再当南云的参谋长，指挥一支能为中途岛之战复仇的新的航空母舰舰队。“我希望你能考虑。”
“我明白。”山本声音嘶哑地回答。草鹿得到了原谅。说罢就上床休息去了。中途岛海战以来，山本一直为这一失败折磨得昼夜不眠，他的胃病又复发了。
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