日、美双方之所以都把菲律宾作为决战的首要战场，主要是这里的地理位置十分重要。菲律宾群岛由7000多个岛屿组成，离亚洲大陆约500海里，在台湾以南230海里。它从棉兰老岛起向北延伸，通过比萨扬到最大、最重要的岛屿吕宋，共长1150英里。只有11个岛的面积超过1000平方英里，其中棉兰老和吕宋两岛占陆地总面积的2/3以上。莱特是菲律宾群岛的心脏，它的海湾宽广，是招引海上进攻的好地方。特别重要的是，菲律宾是防卫日本本土的最重要的屏障。
1944年8月，尼米兹命令美国第三舰队司令哈尔西从南太平洋北上，接替斯普鲁恩斯指挥中太平洋舰队，并计划参加即将到来的对菲律宾的进攻。为了给进攻菲律宾的部队准备前进基地和后方供应基地，哈尔西的部队要在1944年9月15日拿下加罗林群岛西部的帛琉群岛，以及帛琉与马里亚纳群岛之间的犹里蒂珊瑚岛。此外，哈尔西还要支援麦克阿瑟的西南太平洋部队，于9月15日攻入摩罗泰，然后再向菲律宾南部和中部进军。
9月初，美国第三舰队司令哈尔西在他的旗舰“新泽”号上与第三十八突击队会师，并开始对菲律宾中部进行空袭，以便对即将进行的进攻摩罗泰岛和佩列流岛给予战略支援。空袭结果令人振奋，美第三十八突击队以损失8架飞机和10名驾驶员的代价，击毁日机约200架，炸沉货船12艘、油船1艘。哈尔西从这次空袭中得出结论，菲律宾中部日军防御空虚，因而他急电尼米兹，建议麦克阿瑟尽可能早日进攻莱特。尼米兹把这个决议转交当时正在魁北克开会的美国参谋长们。他们在征得麦克阿瑟同意之后，就命令尼米兹和麦克阿瑟联合起来，于10月20日向莱特发动进攻。
首先，美国西南太平洋部队和中太平洋部队协同一致，于9月15日对日军控制的两个岛屿摩罗泰和佩列流发动突然袭击。西南太平洋的第七两栖作战部队越过了重兵防守的哈马里拉岛，运载28万名部队，一举攻下了摩罗泰岛。岛上日本守军几百人仓皇逃入山中。美军工程兵很快就在摩罗泰修建好两个轰炸机场和一条战斗机跑道。
进攻4公里长的佩列流岛的战斗打得非常艰苦。岛上日军约1万人，一半是精锐部队，并且贯彻了日本大本营的最新指示，采用纵深防御，负隅顽抗。美军伤亡1万人，直到1945年2月才完全肃清了岛上的残敌。
9月间，美军还占领了附近的小岛安戈尔和东北部的犹里蒂岛。这两个小岛也作为空军基地和后勤基地，为进攻莱特提供了方便。
对菲律宾群岛的空袭是从10月份开始的。美国第三舰队的任务是打击菲律宾的北翼。10日空袭琉球群岛，11日袭击吕宋机场，12日开始，连续3天轰炸台湾。据累计，在9、10月间，第三舰队在一系列的空袭中，炸毁日机1200架以上，其中很多是新近从日本本土起飞的。
以中国为基地的第二十轰炸机队的B—29和陈纳德将军的第十四航空队的中程轰炸机，也袭击台湾和中国大陆沿海一带的日本空军基地、军舰和运输船只。
美国第三舰队的舰基飞机和其他地区空军的广泛出击，收效良好，使麦克阿瑟的进攻部队平安到达莱特地区。这支大军由700艘舰只组成。海军中将金凯德指挥的第七舰队提供海空支援，它分为南北两个突击队轰炸莱特和阻击敌军。第六集团军司令克鲁格上将指挥地面部队：第十军偕同北路突击队登陆，第二十四军随同南路突击队进攻。从10月10日到15日，他们分为几个梯队向莱特进发。
在麦克阿瑟的目标莱特岛上，日本守军只有第十六师团，不到2万人。这支部队是在1941年圣诞节前夕在吕宋东岸登陆的，在参与夺取马尼拉之役后，曾在巴丹作战。但这支部队现在的大部分成员，包括司令官牧野四郎中将都是新换来的，从来没有打过仗，这个师团在日本的名声也不好。他们大都是从京都、大阪地区征集来的，“做生意还可以，打仗却不行”。
莱特像个楔子插在两个大岛之间，东北面是
萨马，南面是棉兰老，形状像颗臼牙，牙根指向棉兰老。其东海岸沿莱特湾是一片长35英里的肥沃平原。海岸空旷，没有暗礁保护沙滩，是理想的登陆作战地点。但进入内陆几英里后，麦克阿瑟的部队就必须越过地形复杂的沼泽地、河流和水稻田，在雨季时除非走大路，否则几乎无法通过，而雨季已经开始。岛上其余的地方是山区，到处是茂密的森林，攻或守同样困难。岛上还有众多的小股游击队，他们经常袭击日本人，对麦克阿瑟部队的登陆起了有力的配合和支援作用。
岛上人口约100万，除了3000多名华人和少数欧洲人、美国人和日本人外，都是靠种田和打鱼为生的比萨扬人。主要作物是水稻、甘蔗、玉米和椰子，是一个得天独厚的富饶的鱼米之乡。
此时，在东京方面，大本营为了加强菲律宾的防务，迎接美军的进攻，解除了黑田将军的菲律宾方面军司令官的职务，因为他散布了悲观情绪，曾经公开地预言，日本陆基飞机不能挫败美国的海上力量。接替他指挥各岛地面部队的是早期取得胜利的英雄之一、号称“马来亚之虎”的山下奉文将军。在新加坡战役以后，山下被调往满洲去训练部队。山下接到命令后心神不宁，他在南下途中私自对他的亲信作战参谋说，他深恐菲律宾战役“将是又一次凑川之战”，是一场指挥官一开始就知道没有希望打胜的战役。但是，他却不能向其他的参谋人员流露他的悲观情绪。
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