这主要是大明执行了宽松迁出，严格迁入的迁移政策，这六万人口有一半是原退伍雇佣兵及其家眷，还有一半是本州、四国等地的工匠、艺人。
留下来的六十万原九州居民，有大约三十万被迁出到琉球岛、台湾岛、吕宋岛进行开垦拓荒，剩下的三十余万人口则大部分居住在沿海地区，并采取了严格的保甲制度，严禁与山区的乱军联系，于是乱军活动的中部山区几乎成了一个。无人区。
没有百姓提供粮食和兵源等补给，加上大明海军死死地封锁了九州岛与日本本州岛、四国岛的联系，乱军经过一年多时间的煎熬，几乎个个都成了野人，从明历十一年开始，便有乱军不愿忍受这种折磨和煎熬，下山投降，被大明军按照俘虏条例被移交给了日本幕府。到明历十三年，最后一支乱军队伍走下深山，向明军缴械，原九州乱军已经没有成建制的军队，的下的也只是零星的抵抗力量，被明军称之为山贼。明历十三年开始。明军在九州岛展开大规模的“剿匪。运动，共计打死山贼土匪六百五十七人，俘虏一千二百六十一人，而有记录的最后一个走下山区的九州山贼土匪是在明历十六年。
在同时，第二海军陆战师和第七海军陆战师在相摸湾登陆，向镰仓公方军队发起进攻，八月十九日，足利氏满带领关东联军九万，在小田横川与明军展开决战，激战三天，明军凭借强大的火力和海上支援和掩护，重创了关东联军。是役。关东联军死伤超过五万，足利氏满逃离镰仓，躲入甲斐国。
八月二十五日，腾出手来的足利义满命接替兄长为管领和细川家主的细川赖基为总大将，率领十一万大军向南朝军发起总攻。明军派遣了一个军官参谋团和师属炮兵团助拳。在大明军官参谋团的策戈下，北朝军队先是以一部进攻。与南朝军主力一楠木正仪部激战，然后假装不支，开始撤退，将楠木正仪部引至鸟饮”结果遭到明军炮兵团的火力伏击，死伤惨重，细”赖基乘机指挥埋伏好的北朝大军一涌而出。楠木正仪再骁勇此时也是回天无力，其本部一万两千余人以及南朝军最后的一点家当一万三千余人顿时做了鸟兽散。
细川赖基逼近吉野行宫。南朝长庆天皇无计可施，只是与北朝开始谈判，几经商议，长庆天皇以日本诸国国衙领当时各国从属于国衙的庄园归大觉寺统，皇位继承继续实行“两统迭立。”立其弟小仓宫元中亲王为下一任储君的条件，带着象征天皇权力的“三神器”离开吉野行宫，前往京都投降北朝。
足利义满逼降南朝之后。准备带着大军开始东进，征讨被明军打得伤筋动骨的关东，在此之前，他发布了御教书，痛斥了斯波义经、今川贞世、山名氏清、土技赖康、山名师义、大内弘世、赤松义则和京极高秀“误国”。活人死人一块骂，并削减他们的封地，并勒令还活着的回到各自的封地上。而斯波义经则被斥一顿后依然留任管领一职，不过有心人明白，此举是足利义满准备执行一国一守护的国策。
其他家还没有怎么。山名家和土歧家觉得自己受了天大的委屈，自己出头反赖抗明，还不是你幕府将军默许和怂恿的，现在败事了，你就把全部责匹爬刊我们的头上，是可忍。孰不可忍。于是他们两家开姓甲联。在暗地里搞小动作。
土歧赖康原本就任美浓、尾张和伊势三国的守护，在东海道极有势力，其回到美浓后拉拢了大批的土著武士，组成“枯梗一援”祜梗是土歧家纹，一搂则是同心协力之意，虽然被削减了伊势一国的守护，但是手里还有两国之地，依然强劲。
而山名家更加强势，足利尊氏起兵之刻，当时的山名族长时氏，背离了新田一族，选择效命于足利尊氏，在对南朝武将名和长年的战事中多立战功，被授予西国伯者守护之职。时氏便以伯者为中心，构筑了强大的山名武士团。“观应扰乱”中，时氏投靠了直义、直冬一方。处处与尊氏为难。幕府虽有意除之。但山名家实力过于强大，故而安然不倒。细川赖之掌权时，山名再度归顺幕府，此时其已强占山阴十一国守护之职一当时全日本共分六十六国，所以山名时氏得名“六分一。
山名时氏于应安四只,歹,死去，其遗产分配如下：长男师义任丹后、伯者守护，次男义理任纪伊守护，三男氏冬分得因幡，四男氏清分得丹波、山城、和泉，五男时义分得美作、但马和备后三国，师义之子满幸又领播磨守护之职。
山名家主山名师义在兵库津战死，由于师义的几个孩子义幸、氏之尚且年幼，于是山名家主之位传给了时氏五男山名时义。只先师义还有个儿子叫满幸。自小过继给了时氏四男氏清当了上门女婿，并担任了播磨守护。现在时义接过了家主位子，山名氏清和满幸便觉得异常不爽，但是在对抗足利义满这个。大敌前，他们暂时联合在了一起。
足利义满知道国内是暗潮涌动，他一边加强与大明的合作，通过大明的手将石见银山和生野银山间接控制在自己的手里，这样每年可以获得“回输”白银一百万两左右。接着又以内大臣的身份接管了明军交还的兵库津、难波、坍港，并与京都的行政权和财政权一起紧紧地抓在手里。然后利用这笔财富向大明购买了大批精制的“太平”铠甲和刀剑,以及东北、漠北的良马，组成了精锐的“御马回”
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