在施琅攻台时（一六八三年），郑克塽将其祖父郑成功开山（金台山）立堂（明远堂）有关洪门天地会中的文件、名册、印信等装入铁箱密封，沉入海底。
三合会会簿据说到了一八四八年（清道光二十八年）事隔一百六十六年后（太平天国前期），在福建有洪门弟兄郭永泰从渔人手上获得，所以定名为“海底”。以后之三合会会簿，由此演变出来。
遗址及历史考证在二十世纪即将结束之际，江西省史学专家陈江历经数年努力，通过对诸本《会簿》的对勘校释与野外遗址遗迹的实地考证，以大量令人信服的文献、文物史证首次澄清洪门起源史谜，进而在武夷山西麓毗邻福建的江西省南城县洪门镇明益王藩府墓群遗址找到了天下“洪门”之根，“洪学”之源。
‘洪门志’云：“郑成功据守台湾，推进汉留组织，开山立堂，定名为金台山，明伦堂；并遣蔡德忠、方大洪、胡德帝、马超兴、李式开等，向中原发展。”。“金台山”明伦堂是第一山堂，其根本交结条是：会合贤能郑成功，文武全才兴汉留，据守台湾称将领，部众勇武抗清兵，天下英雄风云会，金台山堂首创立，军中誓盟结仁义，同心协力把汉留。
重大影响*太平天国洪秀全在广西金田村举兵称太平军，成立太平天国，得力于广东三合会。三合会是洪门组织之一。
*孙中山孙中山的革命事业，在檀香山时，由三合会首领介绍入会，并开立山堂，改组致公堂，创立兴中会，山名大陆山。孙中山的“孙文学说”上说：“…迨至康熙之世，清势已盛，而明朝之忠烈亦死亡殆尽，二、三遗老见大势已去，无可挽回，乃欲以民族主义之根苗流传后代，故以反清复明之宗旨结为团体，以待后有起者可藉为资也。此乃洪门创设之本意也。”
*二战后，三合会在香港演变成黑社会组织。
其他影响*台湾清领时间有朱一贵在康熙六十年（1721）起义，七日即占领全台湾，就是借洪门的力量。
*乾隆（1711-1799）时福建莆田、福清之天地会（一说成立于乾隆26年）领袖万提喜（起）（云龙和尚）（洪二和尚）（万云龙）事件。
*台湾，福建天地会之林爽文（1786）、戴潮春（1862）等的武装反清事件。
*1855年，两广大成国李文茂事件。
*在满清刻意的打压下，台湾民间对天地会仍然持续暗地崇拜而传承下来。今日在鹿港就建有福灵宫专为洪门天地会林爽文反清起义事件所设立，其主神位是林爽文的平海大将军“王勋”。
*另外在台中县沙鹿“福兴宫”，也是崇拜在林爽文事件中，以标榜“反清独台”天地会九龙山的王勋。并作为主神来祭祀。
洪门常用对联以下是洪门常用对联：犯我洪门罪责当诛斟酌合谋大事真心共结同盟入洪门非亲非故到此地不义不来非亲有义须当敬是友无情切莫交有头有尾真君子存忠存孝大丈夫立誓拜玄黄天地结盟为丹赤江山男儿共聚只凭一胆丈夫同盟岂容贰心有一点忠心方可结拜无半丝义气何必联盟天地开辟以来兄弟永合风云会合之际忠义常存洪气一点通达五湖四海宗发万枝到处三合横通教孝说忠，仁心感通天地称兄道弟，义气汇聚乾坤祖宗话头参是非，惟尊兄弟惟尊义忠义堂前无大小，不欺富贵不欺贫在台湾鹿港福灵宫之正门上有二幅对联如下：福庇群黎汉帜高飘天地会灵昭盖世清廷惊震帝王心福国卫民滴血盟心光汉族灵威浩气挥刀矢志复神州会党与社团清朝乾隆时，洪门已经瓦解了。复明无望，反清情绪多已平复了，加上乾隆重用汉人，刚柔并济，大规模反清组织已经不存在了。代之而起的便是地方性的社团吧。如有宗教意味的白莲教及自补互助性质如天地会等。很多时都被反政府的大型组织所利用。为了自身的利益，多以收取保护费，经营赌场、妓院、烟馆等业务为主要收入。低层会员则以偷抢拐骗为生。上层则会依赖权贵，维持自身地位。
辛亥革命之始，革命党人说三合会是以“反清复明”而成立的，是基于政治上的需要。他们需要争取国内的会党及海外的华侨支持，所以可以合作的会党，皆视为洪门组织。由于当时的会党是现成的有势力组织，加上海外的经济支援。同盟会提出“革命排满”来作号召。
天地会（1761年）
清初，收复台湾初期。福建沿海地区，人民生活困难，于是民众自发地组成自助会社天地会。至乾隆二十六年（1761年），由福建漳州人洪二和尚万提喜（云龙和尚）带领。及后演变成反地方政府组织，加入反清情绪。天地会之会簿加入改编自洪门之历史，成为人民反政府之口实。
入会时以母指为天，以小指为地，或左手伸三指按住胸膛。
加入天地会，遇婚姻丧葬，可以资助钱财：与人打架，可以相帮出力；若遇抢劫，一闻暗号，便不相犯；辗转传会，可以得到钱财。
白莲教（1795年－1804年）
白莲教始见于南宋。
清朝中期，自称为白莲教教徒在四川、陕西和湖北一带实行以武装反抗地方政府，故称川楚教乱。
广东三合会（1840年后）
天地会于乾隆后被列为反清组织，明令禁止，违令者死。所以流传至广东时，为避满人之猜忌，改名为三点会，即是将洪字的水部，取名三点会，号曰“三点”，但觉得无法将洪门之意表达出来，所以改为“三合会”。以后洪门进入湖南，再演变成为湘军之“哥老会”，再分出成“潘门”又称“潘家”、“庆帮”。天地会流传极广故其他尚有名称如“清水会”、“匕首会”、“双刀会”、“小刀会”、“红旗会”、“剑仔会”、“八卦会”、“添弟会”、“致公堂”、“红帮”、“胞哥”等名称。
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