六部尚书入阁为大学士，在明朝也有先例，除此以外，为阉党陷害的杨涟为左都御史、左光斗为右都御使，二人领旨审查阉党一案。
与过去不同，内阁发文要求都察院查案，必须要根据律法和证据确定相应罪名，由刑部协助勘问证据，然后交给大理寺审问定罪，而不是像过去那样，拿到朝堂上疏弹劾。
那些阉党官员已经被先行拿下，如何定罪可谓全国瞩目，明眼人从这件事当中都可以发现一些明显地变化，特别是得到李彦支持的华夏社正式复刊，回到京城以后，每天都会就京城形势进行报道，并配发社论。
应该说华夏社拥有一批素质比较高，思想比较开明地读书人，在这次政变中，也有大量华夏系的官员被起复重要，所以他们对朝中的变化，大致持比较积极的态度，特别是“十三条”，以及这一次对阉党的审理，评价都比较正面。
李彦也以匿名的方式给华夏社投稿，他在文章中特别强调了“依法治国”和“程序正义”这两点，指出魏阉之所以能够乱国，关键就是大明律无法约束魏阉的行为，而魏阉通过并不合乎程度的中旨，扰乱朝政，因而只有“依法治国”，并且严格程序要求，才能杜绝“魏阉乱国”这样的事情再度发生。
这篇文章的观点并不算激进，却也在石柱国的配合之下，由此成功地带动了关于“依法治国”和“程序正义”的讨论，引起天下读书人对于正在审理中的阉党案的关注。
对杨涟和左光斗来说，如今身为都察院左右都御使，可谓大权在握，由他们来审查阉党一案，可谓深入人心，杨涟甚至伤还没有好，趴在床上就写了几份奏疏，罗列魏忠贤三**罪状，送出去以后，很快让临时内阁打了回来。
内阁拟定的批复是：阉党有何罪责，盖有都察院审查，然后报大理寺审问定罪，大理寺审问定罪以后，若都察院没有异议，即可定罪执行，并报皇上批复。断案为大理寺之责权，都察院有复核权，重刑犯需报皇上、内阁批复，皇上、内阁认为不可的，可发还大理寺重审，如果大理寺、都察院和皇上、内阁之间有分歧，需召集三法司、内阁共同会审，票决结果，并为最终判决。
对于这个批复，杨涟和左光斗都有些不满，也很惑，通常来说，都察院拥有风闻言事之权，这个批复无是让都察院的职权性质发生变化，一方面限制了言官的权力，不能因为风闻，就定人罪行；同时又相应增加了言官的权力，说过去都察院只能就刑部、大理寺审理的案件结果提出问，如今所有的案子都需要都察院参与，都察院成为刑部与大理寺之间的一个重要环节。
一开始，杨涟和左光斗并不理解这样做的原因，甚至还有些抵触，认为这是侵犯了言官“风闻言事”的权力，然而当他们看到《华夏时报》上面李彦的文章，以及华夏社的评论的时候，才意识到在这个事情中，都察院的角色确实与过去不一样了。
就审查阉党这件事来说，都察院获得很重要的权力，最终还是在刑部的配合之下，整理阉党成员的罪行材料，根据这些材料，拟定阉党的罪行，然后交给大理寺进行审理。
大部分言官并没有觉得不妥，因为证据搜集主要还是刑部的事情，而从材料中去整理罪行，则是他们更为擅长的事情。
但是在审理阉党的过程中，言官在其他方面的一些奏疏，也给类似的批复给打了回来，言官们这时候才逐渐发现，不仅仅是审查阉党这件事，好像他们的工作性质，也已经发生变化。
第三卷 巧木匠
第二三三回 宪政
仅是言官，很多重新回到衙门的官吏差员，发现他们与从前有所不同，感觉最明显的就是三法司，除了都察院，大理寺和刑部的职权也发生了很大变化。[-]
大理寺的官员发现自己手上掌握的权力变大了，拥有对案件的最终审理权，而且还是独家的，刑部和都察院再没有这样的权力。
而他们要做的事情，就是当庭审案，并不复杂，因而从某种意义上来说，大理寺是三法司权力调整的最大受益者，原本大理寺只是对案件进行复核，权力有限。
刑部的职权被削减，不过刑部尚书李养正、侍郎周应秋等人皆是阉党，罢免一些骨干以后，迁调原工部尚书黄克为刑部尚书，对刑部进行整顿。
黄克也是中立派官员之一，历任兵部、刑部、工部尚书，资历深厚，在迁调刑部之先，李彦特地跟黄克进行过一次深谈，就刑部的调整达成一致，才有后来的迁调。
让李彦感到比放心的是如今朝中的官员多是一些实干派，在阉党和东林的斗争之后，能够留在朝中的，除了依附阉党的，剩下都是一些没有派别，资历比较深厚的实干官员。
临时内阁一致通过三法职权的调整，刑部虽然被削权，依然非常关键，黄克出任尚书，也可谓众望所归。
黄克迁调部，李彦就提名徐光启担任工部尚书，之前徐光启探望李彦，随后就让阉党以练兵“孟浪无对”、“骗官盗饷”、“误国欺君”等罪名弹劾罢官，徐光启之前已经是礼部左侍郎，如今担任尚书，在东林为阉党罢斥，阉党给清洗以后为之一空的朝堂，这一任命倒也得到一致认可。
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