其后，他当了朱儁的司马，跟随朱儁打南阳的黄巾，获胜，他也跟随了张温打羌人，与董卓同过事。再其后，他又以“议郎”的职位，转任长沙郡太守。
袁绍号召各地州郡之官，共同起兵讨伐董卓之时，孙坚很赞成，却没有能够带兵到怀县与酸枣，参加那个以袁绍为领袖的同盟。他与袁绍的堂兄弟、雄踞南阳的袁术，倒颇为接近。
袁术的官衔是“后将军”。后将军与前将军、左将军、右将军这三位将军的地位相等；比大将军、车骑将军、骠骑将军要低；比所谓“破虏将军”、“荡寇将军”要高；比一切的“校尉”，都更高。
袁术于董卓刚刚得势之时，看清了洛阳不可久留，立即带兵占了鲁阳一带。
袁术欢迎孙坚由长沙北上，讨董。孙坚来到南阳，第一步逼迫荆州刺史王睿自杀，第二步砍掉南阳太守张咨的头，第三步与袁术“合兵”，把南阳郡的地盘交给袁术，自己继续北上，向洛阳进军。
袁术的作风，正如当时有些军阀一样，虽则是公开反对董卓，讨伐董卓，却仍旧对长安的朝廷上表，报告要政，推荐大官。
以董卓为实际主人的长安朝廷，有时候也竟然接受军阀的要求或建议；在其他的时候则相应不理。军阀们倒也不在乎朝廷有没有“回文”；只要上一张表，就假定朝廷一定予以批准。
袁术感谢孙坚给他南阳，就上了一张这样的表，推荐孙坚为“破虏将军，领豫州刺史”。
董卓有没有发表孙坚为破虏将军，领豫州刺史？难考。事实是，孙坚从此便自称为“破虏将军”，也被其他军阀称为“破虏将军”。
孙坚把讨伐董卓的事，看得比谁都认真。他带兵离开南阳，向洛阳进发，与董卓的部队颇打了几仗。那袁术却不输送足够的军粮给他。并且，作为反董盟主的袁绍也竟然派了一个周昂，来作所谓豫州刺史。孙坚有理由生气；他回军，赶走这个周昂；也来到南阳，对袁术提出责问。他向袁术说，“董卓杀了你袁家大小几口，不曾杀我孙家一人。我去打董卓，是为公不是为私；若是论私，我可说是为你们袁家报仇。而不是为我自己孙家报仇。怎么你既不出兵，又不出粮？你是希望我战败么？”
袁术十分惭愧，答应以后不再马虎，一定源源供应军粮。
孙坚获得了可靠的支援，果然于再度进攻董军以后，大胜吕布与胡轸二人。这两位董军大将彼此之间颇有意见，也未尝不是孙坚获胜的原因。
孙坚一口气冲到洛阳。董卓狼狈撤退，溜去长安，留下朱儁守洛阳，替他董卓“扛木梢”。
朱儁却也不是傻瓜；董卓一走，就与反董的各地军阀互通声气，而且表示了愿意参加反董的军事行动，所苦的是无兵无粮。
徐州刺史陶谦，立刻送朱儁三千兵，别的太守、刺史之流，也纷纷送给朱儁以兵员与军粮。
朱儁把自己的“司令部”从洛阳移到中牟，他此后的官衔，是陶谦送给他的“行车骑将军”。行是代理，“代理车骑将军”。陶谦所用的方式，也是上表给长安朝廷，推荐朱儁。
朱儁这个人，倒是颇有一点原则的。他在中牟建立了一个反董的军事中心，和董卓的军队交过锋。其后，董卓在初平三年（公元192年）四月被吕布杀死。陶谦与北海国国相孔融及博士郑玄等人写信给朱儁，公推他为“太师”，请他率军西上，到长安去主持政府，愿意供应他半年的军粮与足够的兵。同时，董卓的部下李傕、郭汜也争取他，拜托了在长安朝廷中担任太尉的周忠，以献帝的诏书征召他“入朝”。
朱儁权衡轻重，决定冒生命的危险到长安，希望用自己的声望与智慧，维护献帝的安全于李傕、郭汜等等一群小军阀的胡作非为之下。于是他辞谢了陶谦等人的推戴，以慷慨赴义的心情，只身前往长安。
到了长安，李傕、郭汜等人请他担任“太仆”。又在初平四年五月，请他代替周忠担任太尉，兼“录尚书事”，总揽一切行政上的事务（实权仍在李、郭等人之手）。
朱儁当太尉当到次年（兴平元年）七月，丢官。不久，李、郭二人叫他担任“骠骑将军”，带兵到函谷关以东，镇压关东的大小军阀。朱儁还不曾来得及出发，李傕与郭汜彼此火并起来。朱儁留在长安，降任九卿之一的“大司农”。
献帝这时候已经十四岁，略微懂事。献帝叫朱儁与杨彪等若干大员，去郭汜的司令部，劝郭汜不要打李傕。郭汜大怒，认为朱儁、杨彪等不去劝李傕，而先来劝他，是偏袒李傕，就把朱儁、杨彪等十几个人，都扣留起来。
朱儁受不了如此的委屈，一气，就气死了。
以上，为了不能不给朱儁的晚年作一个交代，我只得暂时撒开董卓之死，等到现在才说。
董卓早就该死。他之所以能混到初平三年四月，是由于他那种纸老虎的威风，的确叫人害怕。他有当时全中国最强的兵；也做到了掌握年幼的汉献帝及朝廷中文武百官。他而且懂得以“不测之恩戚”叫人感激，也叫人发抖。再加上，他从羌人、胡人那里学来的一大套野蛮劲儿，例如割舌头，挖眼睛，砍手砍腿，活煮，都帮助了塑造自己为阎罗王的形象。
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