北伐开始后，陈果夫留在广州继续从事党务工作。他对下属科员要求严格、管束严厉，监印员姜辅成因受不了军事约束，便以女儿要出嫁为由，向陈立夫提出辞职，陈立夫不予同意，并慷慨陈词，要姜辅成献身革命大事，合其家庭小事，还许愿说：“我们不久就可以打下南京，到时你请假回去，不耽误你女儿的喜期”。以后，姜辅成再不敢提辞职的事了。
陈立夫的工作态度和作风，令蒋介石刮目相看。不久，蒋介石就让他代替前任秘书长邵力子，主管整个秘书处的工作，整日不离蒋介石的左右。
北伐的胜利使得身为国民革命军总司令的蒋介石如日中天。但军事方面的胜利却掩盖不了蒋介石在党内事务上的失利。
1926年10月15日，国民党中央执监委员会暨各省和海外党部联席会在广州召开。在这次大会之前，国民党左派、中国共产党、国民党右派为了各自的利益都加紧了活动。在苏联代表鲍罗廷和国民党左派的支持下，出席会议的各省代表中，共产党员占了多数。海外方面，共产党利用掌握海外部的优势，进行了大量的宣传，也取得了积极的成果。而以蒋介石为首的国民党新右派却没有捞到预料的名额。这使得陈果夫对此非常不满。以致以后他还愤愤不平地指责：
“有些地方本来推定在国内的同志为代表，海外部故意把电报译错了几个字，或把电报搁置不发表，使之无法出席。例如，加拿大推曾养南为代表，海外部的共党分子就故意译错了字，幸而审查资格时给我们发觉了。”
在这次大会上，有人提议迎接汪精卫复职和修改国民革命军总司令部组织法，以防止总司令权力过大。
蒋介石远在广州之外主持北伐，无暇关照广州。遂一面发电给大会，摆出谦顺的姿态，说他远在前方，不能出席大会“躬领教诲”，但此次大会：“为本党根本大计之所在，尚祈请诸同志戮力共济，肩兹重任”，另一方面，他又催促张静江。陈果夫加紧在会上活动。
10月18日，大会严厉批评国民党的右派人物张静江，张静江既是蒋介石的盟兄弟，又在辛亥革命之后与陈果夫有来往，在陈果夫主持国民党中央组织部以后，张静江也一直是陈果夫的后台老板。张静江被指责，陈果夫非常不满。张静江由于腿部患有重疾，行走不便，不能上台自辩，于是陈果夫便替他上台说明。
原来中山大学有一姓沈的学生组织了一个专门反共的组织，叫做“司的派”。但不久，沈某的这一组织便被发现了，案件由张静江负责处理。张静江本也反共，自然大事化小，小事化了，包庇沈某过了关。而沈某过了关之后，反共活动更为猖狂。因而在广州的共产党人便指责张静江处理沈某“司的派”反对共产党一案过于宽大，严为失当。而张静江则认为沈某以国民党同志地位去反对共产党，案件并不严重。在这一次大会上，共产党再次提出这个问题，要求张静江给予明确答复，陈果夫于是上台替张静江代为说明。但陈果夫说完之后，共产党方面仍不满意。在共产党的一再责问下，陈果夫临时想到共产党引以为证据的种种事情，都是在张静江主持的监委会处分沈某以后才发生的，就用轻松的口气答复说：“监察委员不是神仙，所以对于沈某以警告处分时，又谁能预料未来之事必将发生呢？”暗示沈某的主要行动是发生在张静江处理沈某之后，不能将处理后发生的事和处理前发生的事混为一谈。陈果夫的答复使共产党人意识到自己在逻辑上犯的错误，对张静江也不再指责，最后由大会决议，开除沈某党籍，作为此案的结束。
这件事，也算陈果夫为国民党右派挽回了一个面子。然而毕竟是大败中的小胜，蒋介石自然不满意。经过深思熟虑，蒋介石决定利用军事上的胜利来挽回党务上的颓势。
当北伐军攻克武昌、南昌，占领长江流域的广大地区以后，国民政府和国民党中央从中国南端迁到内地中心地区已成为形势发展的必要。1926年11月19日，蒋介石致电代理国民党中执委主席的张静江、国民政府代主席谭延铠：
“中央如不速迁武昌，非特政治党务不能发展，即新得革命根据地，亦必难巩固。”
11月26日，国民党中央召开政治会议，决定迁都武汉。
一些党政要员纷纷北上。陈果夫此时肺病又发，咯血不止，便请假去上海治病。但到了12月，蒋介石却忽然改变了迁都武汉的主张，提议迁都南昌，理由是为“政治与军事发展便利起见”。蒋介石强调政治应与军事配合，党政中央应与北伐军总司令部在一起。实际上是蒋介石感到两湖地区工农运动日益高涨，如果国民政府迁都武汉，政权被国民党左派和共产党人掌握，他要搞反革命阴谋就比较困难了。
11日，谭延阎率领国民党中央党部北上自广州向韶关出发。12月31日，蒋介石把张静江、谭延rN接到了南昌，同时他又扣留了途经南昌准备去武汉的几位国民党中央委员和国民政府委员。而在这之前，陈果夫也抱病赶到了南昌。
这年除夕，蒋介石设宴款待张静江、谭延阎及各委员。宴会上，蒋介石得意忘形地说道：“今天各位从广东来到南昌，我们心里的快活，几乎是不能形容的。”
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