5、5寺。5寺为太常寺（管祭祀）、大理寺（管审判）、太仆寺（管车马）、光禄寺（管典礼）、鸿胪寺（管交际）。历代多设司农寺，明清未设。太常寺、鸿胪寺：都是设专管事务大臣1人，由满人尚书承担，另设卿与少卿。卿，两者都是满、汉各1人。少卿，两者不同：太常寺是满、汉各1人，鸿胪寺是满1人，汉分左、右少卿，各1人。大理寺、太仆寺、光禄寺，长官俱为卿，满、汉各1人；副长官为少卿，满族1人，汉族2人。
6、国子监。国子监是掌管国学政令机关。设管理监事大臣1人，从满、汉大学士中挑选，由皇帝任命。属官为祭酒，满、汉各1人。还有司业和监丞等。
7、钦天监。钦天监掌管天象，推算历法。设管理监事王大臣，无定员，由皇帝任命。长官为监正，副长官为监副，均由满、汉各1人担任。
二、地方机构和职官
（一）省级
1、一般行省的主要官吏：总督和巡抚是最高行政长官，称封疆大吏。全国设8个地方总督：直隶、两江、两广、闽浙、四川、云贵、陕甘、湖广。巡抚1省1个。
省有两大机关：承政布政司和提刑按察司。前者负责民政和财务，后者负责司法和监察。主管分别是布政使和按察使。布政使和按察使各有自己的辅助官——道员。属于前者的称守道，属于后者的称巡道。
2、特殊行政区
1）顺天府
设兼管府事大臣1人，府尹1人，府丞1人。
2)东北地区
东北地区是清朝的发祥地。盛京（今沈阳）为陪都，设户、礼、工、刑、兵5部。各设侍郎1人为长官。又设奉天府，设府尹1人，盛京将军1人，副都统3人，分居盛京、锦州、熊岳城。吉林、黑龙江地方设将军，掌管军政，再设副都统辅助。
3）少数民族地区
新疆地区：八旗驻防，置新疆提督1人，伊犁将军1人，都统、办事大臣各1人。
内蒙古地区：八旗驻防，设绥远城驻将军1人，副都统1人。
外蒙古地区：八旗驻防，设乌里雅苏台定边左副将军1人，参赞大臣2人及科布尔参赞大臣、办事大臣各1人，库伦办事大臣、帮办大臣各1人
青海地区：设西宁办事大臣1人。
西藏地区：设驻藏办事大臣1人。
4)专职性地方机构
漕运。长官为总督（1人），属下为督粮道（8人）。
河道。长官为总督（开始1人，后3人），属下有同知、通判。
盐政。长官开始是御使，后来是大督抚。
教育。长官是学政，每省1人。
关税。清初至鸦片战争，征税关口分为“户关”和“工关”。
前者负责征收百货税，后者负责征收竹木、盐茶税。设监督1人。鸦片战争后设洋关。长官为税务司，用洋人。
（二）府级
府是省的二级机构，长官是知府，京师所在府称府尹。属下有同知、通判。同知管钱粮，通判管粮运、水利。
（三）县级
县是府下机构。长官为知县，属下有县丞、主簿、典史、巡检，分管政务、户籍、赋税、巡捕、诉讼、文教。
清末官制改革，地方官职只有小变：（一）光绪朝建立东三省：奉天（今辽宁）、吉林、黑龙江。裁撤东北地区的将军、都统与副都统，改设巡抚。（二）学政改为提学使，按察使改为提法使。
鸦片战争后职官的调整
清朝在鸦片战争中失败，中国进入到半殖民地半封建社会，政治上失去了完全独立的地位。由于列强的胁迫和清朝本身图存的原因，不断调整官制，或增或减或并。除增减的以外其他仍旧。
1、道咸同三朝的职官的调整
1）增设五口通商大臣与三口通商大臣。五口：广州、厦门、福州、宁波、上海；三口：天津、牛庄、登州。这是临时涉外机构，道光二十二年（1842）设立五口通商大臣，办理外交和广州、厦门、福州、宁波、上海5口通商事务。最初由两江总督兼，二十四年改由两广总督兼。第二次鸦片战争后通商口岸增加到16个，上海成为通商和外交中心，于是咸丰八年复由两江总督兼。咸丰十年，五口通商大臣改南洋通商大臣。清末，南洋指江苏、浙江、福建、广东沿海地区。三口通商大臣设于咸丰十年，管理三口通商事务，兼办海防。同治九年改北洋通商大臣。北洋，清末指奉天（辽宁）、直隶（河北）、山东沿海地区。
2）增设总理各国事务衙门。咸丰十年（1860）设立，光绪二十七年裁撤。始以办理外交为职责，后来扩大到通商、海防、关税、传教和洋务诸项事务，成为军机处之外的一个中枢机构。官员分大臣和章京两级。大臣有一名首席大臣总领（首位总领大臣是恭亲王奕，任职28年，第2位是庆亲王奕劻，任职12年），有几位总署大臣，不定额。有办事章京4人，帮办章京2人。
总理各国事务衙门的下属机构有同文馆、海关总税务司署。同文馆是同治元年设立，教授英、德、法、俄4国语言文字，后来又教化学、格致、医学。设管理大臣。属下有提调、帮提调。有总教习、教习，由洋人担任。海关总税务司署咸丰十一年设于上海，同治三年迁北京。管理关税行政与官员任免。设总税务司1人，副总税务司1人。南洋通商大臣何桂清任英人李国泰为总税务司，后来李国泰让位于英人赫德，该署长期控制在英国人手里，成为他们干涉中国内政和外交的工具。
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