1993年4月，皮尤赫季茨克修道院召开了地区宗教大会。会议由大牧首阿列克西二世主持。大会的总结文件中反映了教会对继承权问题的意见：“大会认为，爱沙尼亚东正教教会是爱沙尼亚东正教遗产的继承者”。
与地区宗教大会同时，在塔林的主显圣容大教堂，也召开了一个与之唱对台戏的会议，名叫“爱沙尼亚东正教主教教区宗教事务管理局扩大会议”。1993年4月29日，该会议向君士坦丁堡普世大牧首巴特罗缪发出呼吁书，把自己称为“爱沙尼亚共和国公民东正教主教教区信徒会”。正如所见，取得这种信徒资格的标准，乃是爱沙尼亚共和国的国籍。
合法的爱沙尼亚东正教教会代表虽经多次向政府当局呼吁，但他们获得继承权的要求却遭到拒绝。国外的“宗教事务管理局”及其在爱沙尼亚的追随者掀起宣传攻势，宣布合法教会组织为“占领者的教会”、“第五纵队”、“莫斯科的爪牙”。而所谓“流亡”机构反倒成了爱沙尼亚东正教主教区的合法代表。
通过媒体发动的凶狠攻势，超出了伦理道德所允许的范围。谎言连篇累牍，给科尔尼里主教和神圣大牧首阿列克西二世画了一些下流的漫画，而阿列克西二世是一位出生在爱沙尼亚，为这个国家东正教教会服务近 40年的长者。
以科尔尼里主教为首的爱沙尼亚东正教主教教区力争进行合法注册，但始终没有结果。1995年 10月 5日召开的俄罗斯东正教教会神圣宗教事务管理局会议表示，决不同意爱沙尼亚政府针对当地依法成立的东正教主教教区所阐明的立场，并为此深表悲哀，因为这一立场破坏了基本人权，与全欧信仰自由的标准相悖。宗教事务管理局人员决定，要同君士坦丁堡大牧首巴特罗缪就这个问题举行谈判，希望对“流亡的宗教事务管理局”拥有审判权的君士坦丁堡教会的神职上司能作出英明决定，以防爱沙尼亚东正教教会遭到毁灭。
1995年5月，君士坦丁堡大牧首巴特罗缪访问芬兰，在此期间他对邻国爱沙尼亚的“亲爱的孩子们”发出呼吁。在呼吁书中大牧首号召信徒们“尽快复兴爱沙尼亚自治的东正教教会，直接与普世大牧首教区发生关系”。君士坦丁堡大牧首在阐释这一想法时写道：“……即使将来能把对苏联时期的记忆从头脑中抹去，我们仍清楚地知道，俄国巨人的块头和力量依旧会使爱沙尼亚感到威胁。因此我们理解某些担心：如果你们这些信奉东正教的爱沙尼亚人继续受到俄罗斯大牧首教区的制约，你们就会被认为是与爱沙尼亚社会格格不入的人，甚至是危险邻国的帮手”。
呼吁书里有对俄罗斯东正教教会的直接攻讦，把俄罗斯东正教教会在爱沙尼亚的存在称做“斯大林暴政的最后残余”。给人留下格外不快印象的是君士坦丁堡大牧首竟公然在这些国家和人民之间散布敌意和不信任，把俄罗斯称做是爱沙尼亚的“危险邻国”，认为爱沙尼亚居民把不愿改变俄罗斯教区管辖关系的爱沙尼亚东正教公民看成“与爱沙尼亚社会格格不入的人”是一种很自然的情况。
这个步骤使国内宗教生活中的对抗更加尖锐。莫斯科大牧首教区的多次规劝对于大牧首巴特罗缪不起丝毫作用。不能不指出，君士坦丁堡大牧首教区有一种明显不符合东正教大会精神的倾向，就是把在当地有教民的各教区完全排除在决策之外，独断专行地解决教会问题。
莫斯科大牧首意识到业已形成的危险局势在威胁着宗教界，于是三次派正式代表到君士坦丁堡去谈判，同时又在莫斯科接待了君士坦丁堡大牧首教区的代表团。
尽管如此，1996年2月20日，君士坦丁堡依然秘密决定，成立在君士坦丁堡大牧首教区管辖下的爱沙尼亚东正教主教教区。俄国教会只是在爱沙尼亚和芬兰的媒体上，才得知了这一消息。
在1996年2月22日会议上，俄国东正教大牧首教区神圣宗教事务管理局通过决议：“认为君士坦丁堡大牧首教区针对爱沙尼亚东正教社团所策划的行动，乃是反教规的举动，它可能导致我们两个教会中断圣餐祈祷仪式的交往……”在拍发给君士坦丁堡大牧首巴特罗缪的紧急电报中，会议对类似行动表示了坚决的抗议。
在俄罗斯教会和君士坦丁堡教会交往中断后不久，东正教教会的许多首领和宗教活动家纷纷向两教会领导人提出请求，希望尽快停止这种分裂行动。
1996年5月，君士坦丁堡大牧首和莫斯科大牧首达成协议，两个东正教教会都可以在爱沙尼亚继续开展活动，并各自分属自己的大牧首教区。据当时的资料显示，在爱沙尼亚共和国共有84个东正教教堂，其中有54个隶属君士坦丁堡，6个动摇不定，其余的隶属莫斯科。
1996年8月，君士坦丁堡大牧首和莫斯科大牧首各派代表团进行新一轮谈判。三天谈判的结果，两位大牧首达成协议。他们宣布意欲同爱沙尼亚执政者谈判，公开决定下属各教堂的合法地位及财产问题。
1996年末，东正教教会历史上这场被媒体多次称为“分裂”的最严重的冲突，终于通过妥协得到部分解决。俄罗斯和君士坦丁堡东正教教会一致认为，分属两大牧首教区管辖的各个教堂在爱沙尼亚领土上都可以存在。严格说来，这种决定既不符合宗教法规定，从历史的角度来看也并不公正。
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