朱骏知道，方以智之所以说出‘一别经年，皇上已不是从前地那个的皇上’这句话并不是另有所指，早在十年前方以智便是永历皇帝地拥护登基之一，之后才黯然拂去，如今的朱骏站在方以智面前，自然会说出皇上已不是从前的那个皇上地话来，只是这个皇上只是从前那个贪生怕死的永历，如今在方以智面前是个脱胎换骨、历经图强地中兴君王。
朱骏携着方以智的手，在大批官员地羡慕之下登入衙堂，朱骏坐在上座，从人给方以智搬来锦墩，广东的地方官员只能站在两侧，朱骏开口便问：“方先生的物理小识朕是研读过地，受益良多，如今才知道先生高才，这一次特意请先生来，便是希望先生能够入朝为官，为大明中兴，为天下百姓做些事。”
《物理小识》全书共十二卷，分为十五类，依次为天类、历类、风雷雨电类、地类、占候类、人身类、医药类、饮食类、衣服类、金石类、器用类、草木类、鸟兽类、鬼神方术类、异事类。从内容来看，它广泛涉及天文、地理、物理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等诸多方面。
《物理小识》的价值并不仅仅表现在它的实用性方面，也表现在它独特科学见解。方以智在该书中提出的许多真知灼见。在天文学方面，《物理小识》继承了中国传统天文学的优秀成果，并且吸取了当时西方传入地先进知识。例如该书认为“地体实圆，在天之中。……相传地浮水上，天包水外，谬矣。地形如胡桃肉，凸山凹海。”
中国传统上一直认为天圆地平。明末，传教士来华，带来了地圆学说，为一部分中国知识分子所接受，方以智是其中之一。他所说的“地形如胡桃肉，凸山凹海”一语
地说明了海也是地球地一部分，这有助于破除传统的上”之说。
在物理学方面，《物理小识》更是多有可称道之处，尤其表现在它所论及光学和声学知识方面。《物理小识》对于光和声的波动性的认识，远较其前人为强。书中提出了被我们称之为“气光波动说”地朴素光波动学说，方以智并在此基础上阐释了他的“光肥影瘦”主张，认为光在传播过程中，总要向几何光学地阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
他并据此批驳了传教士有关太阳直径将近有日地距离三分之一大的说法。这些，都是前无古人地学术贡献。
另外，《物理小识》关于光的色散、反射和折射，关于声音的生、传播、反射、共鸣、隔音效应，关于比重、关于磁效应等诸多问题的记述和阐，都是极其出色的。
在医药生物诸方面，《物理小识》也有诸多贡献。方以智在这些方面用力甚大，有关条目占全书总条目的三分之一还要强。他会通中西，对人体生理、病理以及医疗、药物等诸多方面均有较深入的研究。方以智重视吸收引进西方医学知识，以弥补传统医学的不足。他在《物理小识》中介绍了大量西医解剖学知识，而这正是传统医学的一个薄弱环节。他根据西方人体生理知识，提出“人之智愚系脑之清浊”，这是对传统“心之官则思”说法的一个勇敢突破。方以智对传统医学也很精通，《物理小识》曾广泛援引历代医家言论，取各家之长而加以综合。在药物学方面，《物理小识》不但现和改正了一些历代本草书包括李时珍《本草纲目》中的错误和疏漏。
方以智接受西方科技知识，并非盲从，而是经过自己的认真思考、消化。例如他对于西方地圆说，就是先考察了地圆说赖以成立的观测证据，然后才加以接受的。对于传教士的错误说法，他则予以批驳。例如传教士曾说，太阳半径为地球半径的１60多倍，而太阳距地球只有１600多万里，方以智指出这是错误的，并且亲自推算地球圆周长约9万里，比之西方更为精确。
朱骏最佩服的并不是他明了什么，而是老家伙对近代天文、地理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等方面统统有所涉及，单止这一点，便足够朱骏引起兴趣。
“皇上相召，微臣虽风烛残年，臣敢不效死力？”方以智绝对不是个含糊的人，当年为了抗清，他上蹿下跳，乃至于跑到深山去感召土匪出来抗清，就算是被人诬陷，离开了朝廷，还在到处联络抗清力量，大声疾呼。
朱骏笑道：“朕打算给你亲自制定一个官名，嗯，叫科学院祭酒吧，从此之后六部九卿改为六部十卿，正二品，如何？”
“科学院？”方以智道：“皇上，敢问这科学院署理的是什么事物？”
朱骏道：“天文、地理、格物、工艺、农学无所不包，只要有擅长专学，都可入院研究，国库每年按时提供经费，科学院还可设置奖励，但凡成绩突出或研究出实物的学，都可配勋章，给予奖励，朕在南京新都已下令建设科学院，其规模与翰林院相等，朕取士不看文章，不问八股，只看是否有独到的学识和技艺、专业本领、特殊才能。科学院下设十司，一为天文司，二为地理司、三为物理司、四为化学司、五为生物司、六为医药司、七为农学司、八为工艺司、九为哲学司、十为艺术司。每司设主事一名，从三品衔，各司有侍读、侍讲、再征募奇能之士入院为博士、修撰、编修、检讨等官。”
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