纽伦堡国际军事法庭宪章第一条：“依照……协定，应设立一国际军事法庭，以公正并迅速审判及处罚轴心国之主要战争罪犯。”远东国际军事法庭宪章第一条：“远东国际军事法庭之设立，其目的为公正与迅速审判并惩罚远东之主要战争罪犯。”这些首要的或主要的战争罪犯有时又被称为“甲级战犯”；他们都是当年纳粹德国和法西斯曰本政府中对策划、准备、发动或执行侵略战争负有最高或主要责任的人物。这些人对于国家侵略战争政策的制定和侵略战争的进行是起过重大作用的。
对于这类主要战犯或甲级战犯由正式组织的国际法庭依照法律手续加以审讯和制裁，是第二次世界大战后国际生活中的一件大事，也是人类历史上的一个创举。在这以前，一个战败国的领导人物，即使他们是发动侵略战争的元凶巨魁，一般都是逍遥法外的，从来没有受过法庭的审判和法律的制裁。
诚然，在历史上，一个国家的元首或政府显要在战争中一旦落在敌国手中被杀害或被囚禁的事情，是屡见不鲜的。最著名的近例便是1815年拿破仑一世被英、俄、奥、普等战胜国流放在圣赫勒拿岛终身囚禁。但是他的流放并没有经过任何国际法庭或国内法庭的审判。用法律去制裁战败国领导人之事，确实是第二次世界大战后的一个新创举。
但是，东京审判在消除曰本军国主义的政治、经济根源方面尚留有缺憾，同时也有许多明显的缺点。远东法庭在惩处曰本战争罪犯和消灭军国主义势力上是不彻底的。主要表现在，一是作为曰本发动侵略战争的国家元首和军队最高统帅的天皇没有被追究战争责任；二是美国从本国立场出发，主要追究的是对美太平洋战争的曰本战犯；三是在审判后期，美国出于自己远东政策的需要，放松了对部分重大战犯战争责任的追究，如1948年宣布释放19名重要战犯，1950年又在刑期终了前释放了所有曰本国内在押战犯。其中被称为“满洲之妖”的岸信介还于1957年出任曰本首相，其内阁成员半数为曾被清洗的战犯。这在一定程度上影响了东京审判应达到的效果，使战后对曰本军国主义和战争犯罪的清算并不彻底。
而其中最大的遗憾在于让天皇裕仁逃脱了战争责任的追究。梅汝璈指出：“在第二轮的审判过程中，我们得到无数的证据，足以证明他（曰本天皇）即使不是曰本侵略战争阴谋的发起人之一，至少也是一个消极的阴谋的参加者。这一点，即足够构成他从犯的罪名。”事实上，参与远东国际军事法庭庭审的多数法官包括庭长韦勃也认定曰本天皇裕仁有罪。但是，由于当时的美国政府根据自己全球战略的需要，制定了对天皇的处置方针：保留天皇制，不逮捕、不起诉天皇；但在新宪法中，天皇只是一种象征性存在。从而将裕仁排除在被起诉战犯的名单之外，这给战后曰本一些政治人物拒绝正视那段侵略历史留下了后患，给曰本战后政治带来了深刻的负面影响。正是这种不彻底，使得曰本一直不能真正正视自己发动的侵略战争及其战争罪行。
在后世的时候，刘建业对于在战争结束以后未能把实际上的曰本头号战争罪犯天皇裕仁交给军事法庭予以公正审判，追究其在战争中的责任，一直耿耿于怀。作为曰本最高权力的掌握者，天皇裕仁对于曰本的军政决策都有着最高的裁定权，没有他的首肯，曰本的那些军人和政客是根本无法发动侵略战争的。（眼快看书 www.yankuai.com）很简单的道理，发动战争需要宣战，发动大规模军事行动需要大本营“大陆命”，“大海命”，这些都是需要由那个个子矮小的天皇来加盖天皇玉玺以后才能的。重要性略低于“大陆命”“大海命”的指令“大陆指”“大海指”虽然不需要天皇加盖玉玺，但是都必须由陆海军的参谋总长呈送御览，得到天皇的首肯以后才能对外。况且，根据旧曰本宪法，天皇是曰本的最高统治者，掌握最高国家权力，曰本的军部可以不对政府负责，也可以不对议会负责，但是必须对天皇负责，因为天皇是曰本军队的最高统帅。因此，如果真得像在东京审判里那些曰本战犯们所描述的那样，天皇只是一个由他们任意摆布的傀儡，那才是一个真正的笑话。况且，根据后世研究战争史的学者所发现的资料，臭名昭著的731部队创始人，曰本军医中将石井四郎在20年代开始进行细菌战研究时候的初始经费就是由天皇裕仁从自己的私人账户里提供的，数额是每年20万日元。这在当时绝对是一笔巨款，因为当时曰本的土肥原贤二领导的在上海的特务机关活动经费数量不过才每年2万日元。731部队在东北的活动经费都是由天皇在关东军里的代表，关东军主计长（关东军里负责财务分配的最高职位）竹田宫恒德亲王直接划拨的。在731部队的存在期间里，几乎每年都有曰本的皇族成员秘密前往位于哈尔滨郊外平房地区的731部队进行视察。这里面除了竹田宫恒德亲王，还包括东久迩宫稔彦亲王，朝香宫鸠彦亲王这两位陆军的皇族大将。因此，说裕仁天皇是731细菌部队的总后台根本就一点也不为过。只是这些罪行因为某些大家都知道的原因，都在后来的审判里被故意的漏过去了，而没有当即公诸于世并受到清算。
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