拉藏汗自然不会示弱，也召集自己在拉萨的亲兵准备迎战。双方剑拔弩张，一触即发。
圣城拉萨眼看要陷入战火，无论是沉溺于诗歌创作的六世达赖还是在日喀则一向不问政事的五世班禅，都不能再袖手旁观了。在三大寺活佛的斡旋下，六世达赖、五世班禅的代表、三大寺的活佛等政、教要人请桑结嘉措和拉藏汗在五世达赖的灵塔前举行会议。会议作出决定，桑结嘉措退往山南，而拉藏汗退回青海，两方罢兵，避免荼毒圣城。
桑结嘉措和拉藏汗都接受了会议的决定。但他们并不是为了避免战争，而是都知道自己目前没有一战而胜的实力。会议结束后，桑结嘉措只是作出去山南的假象，留在拉萨近郊继续调集军队。而拉藏汗更是离开拉萨到达那曲后便停驻下来，传令到青海调集主力部队进藏。
1705年6月，等到了援兵的拉藏汗兵分三路，分别从郭拉（拉萨北部山口）、噶莫昌（拉萨东）和堆珑（拉萨河右河谷）杀向拉萨。而此时已经召齐了各地民兵并从阿里、康巴等地调来了生力军的桑结嘉措也已经枕戈待旦。这一回，三大寺活佛和五世班禅的斡旋完全无效了，都已经准备好赌注的赌徒是决不会放弃一场豪赌的。
双方在郭拉山口展开激战，桑结嘉措麾下的民兵并非不勇敢，但在训练有素的蒙古骑兵面前实在是相形见绌，而桑结嘉措指挥军队也远不如摆弄书卷公文擅长。很快，藏军的阵势崩溃了。
桑结嘉措乘皮筏逃到贡嘎宗，但仍然被抓获，7月17日在堆珑附近被杀，时年53岁。一代学人就此陨落，其实，他与自己扶立的六世达赖一样都不适合政治，更不适合以武力为后盾的政治博弈。“男怕入错行”，入错了就会贻误终生，这实为亘古不变的真理。
扫清了政敌，拉藏汗重新回到拉萨的布达拉宫，端坐在了曾祖留下的狮子宝座上，接管了一切权力，并任命一个叫隆素的人为新第巴。
桑结嘉措已经败死，但由他所拥立的六世达赖仍然在位，当初发难便是从怀疑达赖的身份开始，如今大局抵定，拉藏汗不打算再认这个不守清规的年轻人做教主了。他上书康熙皇帝，陈述了诛杀桑杰嘉措的情由，并提出废黜六世达赖仓央嘉措的主张。
康熙皇帝原本就对桑结嘉措不满，看到有人替自己动手，自然满心欢喜，立刻于1706年“命护军统领席柱，学士舒兰为使，往封拉藏为‘翼法恭顺汗’”，并“令其拘假达赖喇嘛赴京”③。
持教法王竟然要将教主废黜并押解出藏。这个消息让广大信徒们悲愤不已。当拉藏汗的士兵押解仓央嘉措离开时，沿途百姓跪拜焚香者甚众，悲戚之声数里不绝。而在哲蚌寺前的参尼林卡为其送行时，哲蚌寺僧人干脆将其强抢至该寺的甘丹颇章宫中保护起来。
拉藏汗闻报后，立即派兵包围哲蚌寺，寺内僧人也操刀挺枪，准备以死捍卫自己的上师。眼见一场惨剧即将发生，仓央嘉措于心不忍，原本不愿做喇嘛的他此时却表现出了出家人的慈悲、决绝和献身精神，自行走出哲蚌寺，避免了一场血光之灾。
就这样，六世达赖仓央嘉措在凄风苦雨中被押解出拉萨，同年12月，在到达青海西宁时病故，年仅24岁。这个无辜的诗人就这样葬送在了权力斗争的漩涡当中。人们同情他，不愿他就这么死去，传说他化妆脱逃，继续在蒙、藏及印度各地传教。
1707年，在拉藏汗的安排下，新任六世达赖阿旺伊西嘉措被迎回拉萨坐床。无论是世俗政权还是教权，拉藏汗都掌握在了手中，在权力的把持上，拉藏汗已经超过了他的曾祖顾实汗。
什么东西都是过犹不及的，无论金钱、权力、地位还是荣耀，都不能贪图得太多，否则就会适得其反。
废黜仓央嘉措拥立阿旺伊西嘉措，使得整个汗国无论是西藏、青海还是康区都陷入了混乱，一半因为信仰，一半因为权力。反对拉藏汗的人越来越多，反对的理由也很充分：仓央嘉措虽然行为出轨，但毕竟是按照五世达赖喇嘛的遗言寻找到的，而且并没有什么大错，作为观世音菩萨的化身，怎么可以随便废黜？而你所找到的新六世，有什么证据说他就是真的转世灵童呢？
叛乱出现了，不是在西藏，而是在拉藏汗的大本营——青海。以罗卜藏丹津、察罕丹津为首的诸部首领宣布不承认阿旺伊西嘉措的达赖喇嘛身份，且不再听从拉藏汗的调遣，他们根据仓央嘉措的一首著名情歌“天空洁白的仙鹤，请它借给我双翅，不会远走高飞，到理塘转转就回”作为预言，于1710年在理塘找到了仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措，拥立为六世达赖喇嘛，与拉藏汗分庭抗礼。
先后三个达赖喇嘛出现，混乱的程度可谓无以复加。
拉藏汗对清廷一向恭顺，也是稳定青藏和黄教教廷的重要力量，大清皇帝自然不会坐视不管，在关键时刻给予拉藏汗支持。
康熙皇帝正式册封阿旺伊西嘉措为六世达赖，并派军队到西宁等地对罗卜藏丹津、察罕丹津等首领进行武力威慑，逼迫他们将格桑嘉措送到西宁由清军看护④。
拉藏汗对于清廷感激涕零，接受清廷派官员到拉萨与自己共同管理政务。有了宗主国的庇护，汗国的局势似乎是稳定下来了。
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