在厂卫的历史上，锦衣卫建立最早。锦衣卫本是皇帝贴身禁卫军。明初的军制比较简单，其基层单位是“卫”和“所”，每卫辖正规军士约5000人，其下设所，分为千户所和百户所，京城的禁卫军所辖卫所为48处。洪武十五年（公元1382年），朱元璋决定改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。
锦衣卫木印
锦衣卫的首领称为指挥使，通常由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，其职能是“掌直驾侍卫、巡查缉捕”。负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样。例如锦衣卫中的“大汉将军”，明初约有1500人，明末则达5000余人，这些所谓的“将军”，其实主要的工作就是负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，同时承担宫中的保卫工作，而这些都是传统禁卫军的基本职责。至于“巡查缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，也是它能为人们牢牢记住的原因。其实朱元璋建立锦衣卫的初衷也只是用来行仪仗和侍卫之职，然而生性猜忌多疑的朱元璋在向明初的开国功臣们举起屠刀后，越来越感觉司法机构如刑部、大理寺、都察院并非可靠，于是便将身边的锦衣卫的职能进行调整，原本只是负责宫廷保卫的锦衣卫便拥有了侦辑、刑讯的职能，变成超越正常司法体系的御用特务机构。
负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”，缇骑的数量，最少时为千余人，最多时多达六万之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民人充，之后凭能力和资历逐级升迁。北镇抚司专理皇帝钦定的案件，拥有独立的监狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。锦衣卫这种独立于外的办案体系给自己蒙上了一层神秘的色彩，也使自己成为恐怖的象征。
有人认为，由于明初两代皇帝朱元璋、朱棣权力合法性危机一直存在，二者对皇权的维护和巩固有着其后继者所没有的强烈欲望，这就使得锦衣卫“巡查缉捕”的职能被无限度扩大了。按规定，锦衣卫的工作主要是侦察各种情报、处理皇帝交付的案件也就是诏狱，由于直接向皇帝负责，因此正常的司法机构都没有能力干涉、限制他们的活动，于是便常常出现缇骑四出，上至宰相藩王，下至平民百姓，都处于他们的监视下，对他们的命令只要稍有拂逆，就会家破人亡的局面，导致全国上下笼罩在一片恐怖气氛之中。
有明一代，北镇抚司大牢中经常关满了各种无辜的人们，死于锦衣卫酷刑之下的人士更是不计其数。在中国绵延数千年的专制统治历史上，特务统治并非明朝首创，恐怖气氛也时有出现，“道路以目”便是历史上恐怖时局的真实写照。然而，前朝历代的恐怖统治大多都仅限于某一特定的历史时期，如武则天为争夺李唐天下就曾大行特务统治，致使当时一度告密风行，酷吏当道，全国陷入恐怖之中，一旦武则天掌握了权力，便很快改变了这种恐怖的氛围。然而，明朝的特务恐怖统治几乎从未间断，这种无节制的滥捕极大地影响了皇帝与官僚机构之间的关系，使百官、民众、军队与皇帝离心离德，难怪有人说明朝不是亡于流寇，而是亡于厂卫。
锦衣卫另一项臭名昭著的职能就是“执掌廷杖”。廷杖制度始自明朝，是皇帝用来教训不听话的士大夫的酷刑。一旦哪位倒霉官员触怒了皇帝，就会被宣布加以廷杖，立刻被扒去官服，反绑双手，押至行刑地点午门。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右早已严阵以待。受刑者被裹在一块大布里，随着一声“打”，棍棒就如雨点般落在他的大腿和屁股上。行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够准确根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示，掌握受刑人的生死。如果这两人两脚像八字形张开，表示可留杖下人一条活命；反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。杖完之后，还要提起裹着受刑人布的四角，抬起后再重重摔在地上，此时布中之人就算不死，也去了半条命。廷杖之刑对士大夫的肉体和心灵都是极大的伤害，但明朝的皇帝却乐此不疲，锦衣卫将校对它更是情有独钟。
一般认为东厂的发明者是明成祖朱棣。在发动“靖难之役”夺取了侄子的皇位后，朱棣一直面临皇位合法性的危机，一方面，建文帝生死不明，复位威胁并未彻底消除；另一方面，朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。为了用强力巩固皇位，成祖迫切需要一个强有力的专政机器，由于锦衣卫设在宫外，调用不便，于是准备新组建一个特务机构。当初在朱棣起兵举事的过程中，一些宦官、和尚如郑和、道衍等人出过大力，所以在朱棣的心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。就这样，在明成祖迁都北京之后，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构，由于其地址位于东安门北侧，因此被命名为东厂。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。
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