26 山本五十六－中将－昭和14年（1939年）8月30日
27 山本五十六－大将－昭和16年（1941年）8月11日
28 古贺峰一－大将－昭和18年（1943年）4月21日
29 丰田副武－大将－昭和19年（1944年）5月3日
30 丰田副武－大将－昭和20年（1945年）5月1日
31 小泽治三郎－中将－昭和20年（1945年）5月29日
于竹下勇时开始常设联合舰队、至山本五十六皆兼任第一舰队司令长官、昭和16年以后联合舰队司令长官与第一舰队司令长官分离。
历代旗舰
防护巡洋舰“松岛”
战舰“三笠”
战舰“敷岛”
战舰“朝日”
战舰“金刚”
战舰“山城”
战舰“长门”
战舰“陆奥”
战舰“大和”
战舰“武藏”
轻巡洋舰“大淀”
太平洋战争开战时的联合舰队编成
太平洋战争开战时的日本海军还没统一称为“联合舰队”、其中包括外战部队与内战部队的复数舰队。1944年(昭和19年)统一为联合舰队。以下为太平洋战争开战当时(1941年12月8日)的舰队编成、包括各舰队司令长官。战舰大和的舰籍登录是在开战以后故没记载。
1941年11月，联合舰队扩编成大规模综合作战舰队，所辖第1舰队为战列舰部队，第2舰队为重巡洋舰部队，第3舰队为封锁运输部队，第4舰队为占领区部队，第5舰队为北方部队，第6舰队为潜艇部队，第1航空舰队为航空母舰部队，第11航空舰队为岸基航空部队，以及南遣舰队。其规模达到组建以来的顶峰。
联合舰队直属 司令长官：山本五十六大将
第一战队 战舰/长门、陆奥
第二四战队 特设巡洋舰/报国丸、爱国丸、清澄丸
第一?航空战队 水上机母舰/瑞?、千?
第四潜水战队 轻巡洋舰/鬼怒、潜水舰/6只
第五潜水战队 轻巡洋舰/由良、潜水舰/6只
水上机母舰/千代田
驱逐舰/矢风
标的舰/摄津
工作舰/明石
第一舰队 司令长官：高须四郎中将
以战舰为主轴的主力舰队
第二战队 战舰/伊势、日向、扶桑、山城
第三战队 战舰/金刚、榛名、雾岛、比睿
第六战队 重巡/青叶、衣笠、古鹰、加古
第九战队 轻巡/北上、大井
第三航空战队 空母/凤翔、瑞凤 驱逐舰/三日月、夕风
第一水雷战队 轻巡/阿武隈
第六驱逐队 驱逐舰/雷、电、响、?
第一七驱逐队 驱逐舰/浦风、矶风、谷风、浜风
第二一驱逐队 驱逐舰/初春、子ノ日、初霜、若叶
第二七驱逐队 驱逐队/有明、夕暮、白露、时雨
第三水雷战队 轻巡/川内
第一一驱逐队 驱逐舰/吹雪、白雪、初雪
第一二驱逐队 驱逐舰/丛云、东云、白云
第一九驱逐队 驱逐舰/矶波、浦波、敷波、绫波
第二?驱逐队 驱逐舰/天雾、朝雾、夕雾、狭雾
第二舰队 司令长官：近藤信竹中将
以重巡洋舰为主轴的舰队
第四战队 重巡/高雄、爱宕、鸟海、摩耶
第五战队 重巡/那智、羽?、妙高
第七战队 重巡/最上、熊野、铃谷、三隈
第八战队 重巡/利根、筑摩
第二水雷战队 轻巡/神通
第八驱逐队 驱逐舰/朝潮、?潮、大潮、荒潮
第一五驱逐队 驱逐舰/黑潮、亲潮、早潮、夏潮
第一六驱逐队 驱逐舰/初风、雪风、天津风、时津风
第一八驱逐队 驱逐舰/霞、霰、阳炎、不知火
第四水雷战队 轻巡/那珂
第二驱逐队 驱逐舰/村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驱逐队 驱逐舰/岚、?风、野分、舞风
第九驱逐队 驱逐舰/朝云、山云、夏云、峰云
第二四驱逐队 驱逐舰/海风、山风、江风、凉风
第三舰队 司令长官：高桥伊望中将
用以攻占菲律宾的舰队
第一六战队 重巡/足柄 轻巡/长良、球磨
第一七战队 敷设舰/?岛、八重山 特设敷设舰/辰宫丸
第五水雷战队 轻巡/名取
第五驱逐队 驱逐舰/朝风、春风、松风、旗风
第二二驱逐队 驱逐舰/皋月、水无月、文月、长月
第六潜水战队 潜水母舰/长鲸
第九潜水队 潜水舰/伊－123、伊－124
第一三潜水队 潜水舰/伊－121、伊－122
第一根据地队 敷设舰/白鹰、苍鹰 扫海艇、驱潜艇、水雷艇
第二根据地队 敷设舰/若鹰 扫海艇、驱潜艇、水雷艇
第四舰队 司令长官：井上成美中将
内南洋防卫用舰队
旗舰 练习巡/鹿岛
第一八战队 轻巡/天龙、龙田
第一九战队 敷设舰/冲岛、海防舰/常盘、津轻
第六水雷战队 轻巡/夕张
第二九驱逐队 驱逐舰/追风、疾风、朝?、夕?
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