九月初六日，朱由校在皇极殿即皇帝位，是为明熹宗，改明年为天启元年。
在这场复杂的斗争中，颇为引人注目的一个小角色－－日后不可一世的太监李进忠，在移宫事件中表现恶劣，遭到人们的谴责，对他的人品表示怀疑。例如大学士方从哲、刘一璟等上奏说：内官李进忠等辗转相攀，株连无已。御史左光斗等则希望皇上将李进忠等“止法”。明熹宗本人在回顾移宫事件始末时，对李进忠的所作所为也颇为厌恶。使人难以理解的是，一年之后，明熹宗居然对李进忠信任有加，并为他赐名“魏忠贤”，放手让他专擅朝政，令人感慨系之。
以杨涟的政治态度与为人秉性，和魏忠贤正面较量，犹如箭在弦上不得不发。
天启四年六月，杨涟以舍得一身剐敢把魏忠贤拉下马的大无畏气概，写了一本《劾魏忠贤疏》，用辛辣的语言揭露这个以“九千九百岁”自诩的太监头目的无耻嘴脸和卑劣行径。他在奏疏开头就以口诛笔伐的声势，指斥魏忠贤“怙势作威，专权乱政，无日无天，大负圣恩，大干祖制”，希望皇上“立赐究问”，开门见山地把弹劾魏忠贤的政治目的和盘托出－－毫无私利或门户之见地为国除奸。为此，他列举魏忠贤二十四条罪状，其中每一条都足以置魏忠贤于死地，而且死有余辜。比如第一条指出：“祖宗之制，以票拟托重阁臣……责无它卸。自忠贤专擅，旨意多出传奉……甚至有径自内批，不相照会者。假若半夜出片纸杀人，皇上不得知，阁臣不及问，害岂渺小！”再如第五条指出：“国家最重无如枚卜，忠贤一手握定……是真欲门生宰相乎！妄预金瓯之覆宇，窃作貂座之私情。”而第九条与第十条揭露，魏忠贤勾结奉圣夫人客氏，联手害死皇后所生的皇长子，又对怀孕的裕妃“矫旨勒令自尽”，故意造成明熹宗无嗣绝后。对于这种令人发指的罪行，按照当时的法律，是要株连九族的。杨涟在奏疏的最后说：“掖廷之内知有忠贤不知有皇上，都城之内知有忠贤不知有皇上；即大小臣工积重之所移，积势之所趋，亦不觉其不知有皇上，而只知有忠贤。”杨涟希望皇上立即将魏忠贤就地正法，客氏驱逐出宫。在当时魏忠贤勾结客氏专擅朝政，黑白混淆是非颠倒的年代，敢于讲出这样尖锐的言辞，是要冒杀身之祸的。杨涟的大无畏精神极大地鼓舞了朝廷内外正直大臣的斗志，掀起巨大的倒魏浪潮，接二连三地上疏弹劾魏忠贤。色厉内荏地魏忠贤不得不表态，向皇上辞去东厂总督太监之职，魏忠贤的亲信内阁辅臣魏广微代皇帝拟了一道温旨予以挽留。魏忠贤企图把杨涟的奏疏扣留不发，以消减其影响，然而京城百姓纷纷传抄这份奏疏，拍手称快。据吴应箕《留都见闻录》说，甚至京“几于家抄户诵”，“忠义之气鼓畅一时”。
但是，魏忠贤控制了明熹宗，也控制了整个朝廷，疯狂反扑，迫使主张“调停弥缝”的内阁首辅叶向高辞官而去；接着，在魏广微的策划下，倒魏干将魏大中、高攀龙、赵南星等先后被罢官，陈于庭、杨涟、左光斗等被革职，内阁部院几乎全部落入魏忠贤及其亲信控制之下。至此，魏忠贤以为时机成熟，终于大开杀戒，先后有“六君子之狱”和“七君子之狱”，残酷迫害异己分子，杨涟首当其冲。
锦衣卫镇抚司头目许显纯遵循魏忠贤的旨意，借口“追赃”，对杨涟进行严刑逼供。每隔五天就用酷刑拷问一次，杨涟皮开肉绽，牙齿全部脱落，仍坚贞不屈。许显纯竟用钢刷把杨涟的皮肉刷得“碎裂如丝”，体无完肤得杨涟依然不屈不挠。魏忠贤不断以皇帝圣旨得名义－－下令许显纯严厉“追比”，并且要五日一回奏。许显纯严刑逼供毫无作用，想把审讯杨涟的难题推给刑部，遭到魏忠贤的严厉谴责。许显纯只得加重刑罚，用铜锤敲打，致使杨涟肋骨寸断；再用土囊压身，铁钉贯耳。到了七月二十四日夜里，许显纯索性用大铁钉钉入头颅，活活把杨涟折磨至死，许显纯却向朝廷报告：杨涟“病故”。
誓死不屈的杨涟在狱中留下了绝笔血书，其绝笔写道：“枉死北镇抚司杨涟绝笔于狱神之前：涟以痴心报国，不惜身家，久付七尺于不问矣！日前赴逮，不为张俭之逃亡，杨震之仰药，亦谓雷霆雨露莫非天恩，故亦日长途锒铛不脱，欲以身之生死归之朝廷……不意身一入都，侦逻满目，即发一揭亦不可得……生死顷刻，犹冀缓死杖下，见天有日。乃就本司不时追赃，限限狠打，此岂皇上如天之意，国家慎刑之典，祖宗待臣之礼？不过仇我者立追我性命耳！”据说这篇二千余言的绝笔写成后，杨涟亲手托付给同狱难友顾大章，顾大章把它藏在关圣人帝画像后面，以后又埋于狱室北壁下。一个偶然的机会，才得以从狱中传出，落到杨涟之子杨子易手上，人们今日才能一睹真容。
杨涟死前还写了一篇一百二十八字的血书，藏在枕头里，死后随尸体抬出，落到家属手中。血书表露了他视死如归的凛然气节：“仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何憾于天，何怨于人？惟我身副宪臣，曾受顾命，孔子云：托孤寄命，临大节而不可夺。持此一念，终可以见先帝于在天，对二祖十宗与皇天后土、天下万世矣！大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！”字字血声声泪，今日读来令人震撼，如闻其声，如见其人。这样一位赤胆忠心的高级官僚竟然死得如此之惨，让人感叹不已。
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