崇祯皇帝获悉此事后，大为震惊，考虑到毛文龙既然已死，目前正要倚重袁崇焕收复辽东，不得不改变先前对毛文龙的优容态度，支持袁崇焕，表示“阃外原不中制，不必引罪”。
这一事件的处置，对于崇祯皇帝而言，实在是不得已而为之。因为他已把辽事全盘托付给了袁崇焕，由他全权处理，将在外君命有所不受，处夕E毛文龙自然难以问罪。他只要求袁崇焕能实现五年复辽的诺言，在此前提下，一切都可以听任他便宜行事。
对于袁崇焕而言，杀毛文龙人错特错，于己于国都无好处。
于己，他在杀毛文龙时曾发誓：我若不能恢复辽东，愿齿尚方（剑）以谢尔；在给皇帝的奏疏中也说：臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。但是恢复辽东的军事行动尚未开始，先自同室操戈，削去自己的右臂，无异于把自己逼上了绝路，如果不能实观五年复辽的承诺，那么只有一死。一语成谶，不幸而被言中，袁崇焕果然比毛文龙死得更惨
（将另文细表）。正如谈迁在《国榷》中所说：“（袁氏）杀岛帅（毛文龙）适所以自杀也”。
于国，临敌斩帅乃兵家大忌，内部窝里斗的结果，使皇太：吸发兵南下没有了后顾之忧，不费一兵一卒而坐收渔翁之利。毛文龙所说“将江山而快私忿，操戈矛于同室”并非夸张之词。夏允彝《幸存录》的评论还是比较客观公止的：“（毛）文龙当辽事破坏；之后，从岛中收召辽人，牵制金、复、海、盖（按：指辽东半岛金州、复州；海州、盖州四卫之地），时时袭东，有所斩获，颇有功。但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之者，以其握重兵，又居海岛中，莫能难也。”袁崇焕杀毛文龙反映了朝论的这种倾向。但是从全局看，毛文龙作为平辽将军的存在，毫无疑问对后金（清）是一大威慑力量，是他们南—卜进关骚扰的后顾主忧，有着不可忽视的战略意义。对此，袁崇焕也不否认：“东江一镇，乃牵制之必资也。”
尽管皇帝对袁崇焕杀毛文龙不予追究，但是朝廷有关方面官员还是进行了委婉言批评。
《明清史料》所收的两个题本最能说明问题。负责监察兵部的兵科都给事中张鹏云说：毛文龙所控制的旅顺附近的金复海盖四州，实为要地，与宁远可以呼吸相通，倘驻兵于此，平时可以壮声势，战时可以探虎穴。兵科给事中宋呜梧也说：兵法讲究犄角以牵制，多方以误之，当后金全师出击时，如能分疲其势，就能使其攻捣徒劳。如能掌控复州盖州以及东江一带，以窥辽沈，尤为全策。都旁敲侧击地肯定了毛文龙及其辖地在牵制后金（清）军队方面的战略作用。
止因为如此，后金（清）方面早就把毛文龙视力眼中钉，对他软硬兼施，但征讨与招降都没有收到什么效果。皇太极无法做到的事，袁崇焕帮他做到了，岂不令亲者痛仇者快吗？毛文龙被杀的直接后果，便是几个月后发生的“己巳之变”——后金军队突破长城边关兵临北京城下。这一事件从反面证明，毛文龙的牵制作用一旦解除，后金（清）就可以肆尢忌惮地长驱南—卜，足以令人深省。
当时的一些官员已经看到了袁崇焕杀乏文龙与“己巳之变”之间的联系。候补科阮震亨在传闻毛文龙部将有背叛迹象时，表示不胜惊忧：弹丸海岛一旦落入敌人之手，足以为明朝大患，扬帆上下，可以无所不攻。兵科给事中陶崇道也以岛兵告变，指责袁崇焕假公济私，毛文龙无罪就戮，为今之计，应当尽快把在京师的毛文龙之子派去安抚。但为时已晚，毛文龙的部将孔有德、耿仲明等在登州哗变，几乎所向披靡，酿成山东大乱。它以一种令人遗憾的方式向人们表明，毛文龙的军队并不像袁崇焕所说只会冒饷不会宁丁仗。不久，孔、耿率部投降皇太极，成为南下攻伐的一支相当有杀伤力的武装。当然，孔、耿的叛变责由自负，但袁崇焕杀毛文龙起到了为渊驱鱼为丛驱雀的作用，则是不可否认的。
袁崇焕之死
明末的辽东战场，努尔哈赤的后金（清）军以叫咄咄逼人之势，攻城略地，成为明朝的心腹之患。在此风云激汤之际，堪称中流砥柱者，大概非袁崇焕莫属。
在他之前，兵部侍郎杨镐出任辽东经略，不但没有收复火地，反而遭到空前惨败。继任辽东经略的熊廷弼，以固守为上策，稳定了局势，但是被卷进了无谓的内耗中，遭诬陷而罢官。取代他的袁应泰不懂军事却义固执己见，导致辽东战略重镇沈阳与辽阳的相继沦陷。朝廷不得不重新起用熊廷弼为辽东经略，同时任命王化贞为辽东巡抚，互相掣肘，终于导致“经抚不和”，酿成广宁惨败。由于王化贞有“阉党”背景，熊廷弼就成了替罪羊，落得个斩首后义传首九边的悲惨下场。继任辽东经略孙承宗颇想有所作为，不意遭到“阉党”攻击，被迫辞官归乡。新任辽东三经略高第态度消极，撤退山海关外守军，努尔哈赤亲率主力进犯宁远（今辽宁兴城），镇守宁远孤城的袁崇焕宁丁了一个人胜仗，声名人震。
袁崇焕，字元素，号自如，万历四十七年进十，天启六年山任辽东巡抚，镇守宁远。在孤立无援的情况—卜，拒绝努尔哈赤的诱降，刺血为——书激励十兵，指挥唐通判用红夷人炮击中努尔哈赤的黄龙幕帐，迫使努尔哈赤退兵。宁远之战使袁崇焕崭露头角，也使屡战屡败的辽东战局出现了转机，连清朝人编纂的《明史》也不得不承认这一点：“我人清举兵，所向无不摧破，诸将罔敢议战守，议战守自崇焕始；努尔哈赤自从二十五岁征战以来，战无不胜攻无不克，此次宁远城—卜败北，忿恨而归，不久就病死于沈阳。之后袁崇焕又在锦州、宁远再次挫败皇太极，天启皇帝欣喜若狂，在谕旨中称：十年积弱，一旦挫其狂锋。令人不可思议的是，这样一位扭车专十年积弱，力挫敌人狂锋的大将，竟然遭到专擅朝政的魏忠贤的忌恨，唆使党羽上疏弹劾，迫使他辞官而去。
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