人们不难想象这种制度会给军队纪律带来何种影响。士兵们起初只愿遵从那些他们认为合理的命令。有些人认为过去在家乡时是同自己地位平等的邻居，此时已是佩带肩章的上级，人们对此很难转过弯儿来。如果执行纪律就意味着自己可能在选举中下台，或者可能在战后本县的选举中遭到失败，军官们就不愿执行它。军官们被他们的部下瞧不起也是常有的事。许多军官对如何训练和指挥士兵知之甚少或毫无所知。一名宾夕法尼亚士兵于1861年写道；“罗伯茨上校对大部分简单军事动作要领一窍不通。我们的团没有一套管理制度……。我们只能被称作一群不能与敌人交战的乌合之众。”但是，如果相信邦联职业军人的话，那就是他们的敌人情况也并不妙。哈珀斯渡口驻军指挥官约瑟夫·E·约翰斯顿将军于1861年7月抱怨说，他的军官和士兵是如此之缺乏“纪律和训练”，因而“无法将他们送上战场”。在谈到一个团时，约翰斯顿说：“我不愿用一个正规连去换一个整团。”
由于认识到一个军官能力应具有起码水准，联邦军队于1861年7月对军官们进行了一次考核。不及格者将由及格者来接替。虽然这种考核并没有废除新团的军官选举制度，但却起了一定作用，使得那些选拔出来的军官具有一定的水准。老团里的提升晋级依靠的是功绩，而不是选举，尽管州长对军官的任命仍起作用一事表明，在这个问题上从未消除政治色彩。到1863年，联邦军队实质上已废止了军官选举制度。邦联在这一点却落在其后。虽然南部于1862年10月建立了军官考核办法，但直到战争快结束时，邦联国会才废除了连队实施的军官选举制度。
尽管如此，在战争的最初一两年间，邦联军官的素质或许比联邦的同等级别的军官要强。南部的军事传统以及像弗吉尼亚军事学院这样的高等军事学府培养的一大批毕业生，为它的军队提供了大批训练有素的指挥官。1861年弗吉尼亚诸团的军官中有一半是弗吉尼亚军事学院的毕业生，该学院的1902名毕业生中就有1702人在邦联军队中供职，南部其它州的高等军事院校毕业生去向也大体如此。而北部在这一点上是望尘莫及；联邦军队大多数连、团级军官不得不在实践中学习军事业务。
1861年从美国正规军辞职后加入邦联军队的313名军官也成了邦联军队的领导骨干。当然，其它767名正规军军官仍留在联邦军队，但遵照温菲尔德·斯科特作出的一项政策性决定，他们大多数人仍留在联邦正规军里，没有被派到志愿军团队去发挥他们军事教官和指挥官的骨干作用。斯科特需要在策略上保持他认为可以完全依赖的这个唯一战斗实体——正规军作为志愿军的榜样，而不是作为他们的领导。后来，虽然有几百名正规军军官被允许加入了志愿军，但许多人在整个战争期间仍一直在这支小小的正规军里任上尉、中尉或少尉，而志愿团却在那些从平民中提拔的上校的指挥下一路跌跌撞撞。南部在利用训练有素的军官去熏陶它的志愿军方面较北部领先了一大步。
双方大多数将军都出身平民。在583名被联邦军队授予将军军衔的军官中仅有194人(占33%)在战争初期在正规军供职，有70人(14%)上过西点军校或其它军事学校。在邦联的425名将军中有125人(占29%)来自正规军，有69人(占16%)上过包括西点在内的高等军事院校。
双方军队中非职业军人出身的军官可以分成两种类型：因政治影响和派系关系而被任命的“政治将军”和大多由于战功卓著而从较低级军官提升的“平民将军”。这些政治将军得到了一个军事上无能的名声，这多少有点咎由自取。虽然南部也有一些这样的人，如人们公认的约翰·弗洛伊德、吉迪恩·皮洛、亨利·怀斯和罗伯特·图姆斯，但“政治将军”这个字眼通常指像本杰明·巴特勒、纳撒尼尔·班克斯、约翰·麦克勒南德、小弗朗西斯·布莱尔等这样的北部人。那些有影响的政治人物，其中有些是战前的民主党人，在军内担任职务是为了赢得北部各选区对这场战争的支持。他们有些人得到任命是对他们招募大批志愿军的奖赏；有些人的任命是由于有重要州长或国会议员的举荐；有些人是因为他们是种族集团的领袖，如弗朗茨·西格尔和卡尔·舒尔茨均在美籍德意志人中享有重要的地位；而“爱尔兰旅”的指挥官托马斯·马尔则为了这场战争协助动员了他的同胞。
这些政治将军的指挥能力相当于选出的连级军官的指挥能力，但两者都是民主社会的民兵部队所必需的。职业军人不满意这种状况，但也不得不承认其必要性。哈勒克将军在就任总参谋长之后感叹道：“将重要的指挥权交给像班克斯、巴特勒、麦克勒南德、西格尔以及卢·华莱士这样的人简直比谋杀强不了多少，但似乎又势不可当。”这种政治任命制度有利也有弊。格兰特一开始就被任命为少将旅长是由于他的朋友伊莱休·沃什伯恩，一位来自伊利诺伊州的国会议员的影响。谢尔曼得到同样级别的任命是由于政治上的裙带关系，这种裙带关系还包括他的弟弟、俄亥俄州的参议员约翰。一些最有政治性影响的将军逐渐成了最高级别的军人，而许多西点军校毕业生却令人惊叹地名落孙山。不管怎样，职业军人掌握着大部分最高指挥权：在60次最大的战斗中有55次是由他们指挥的，西点毕业生承担了双方军队的全盘战略指挥任务；在其它5次战斗中，也有一次是由双方的职业军人指挥的。南、北双方的一些政治家和非职业军人抱怨说，“西点派”形成了一个封闭集团，它剥夺了外界的贤能者被提拔的机会。
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