在财力上，他恢复了北宋以来的发运使机构，设都大发运使，以便及时调拨军需给养。他还对总领所作了调整。总领所全称总领某路财赋军马钱粮，是南宋在战事状态下的特殊财政体制，最早是张浚在建炎末年经略川陕时临时设立的总领四川财赋，绍兴十一年第二次收兵权后，设立淮东、淮西和湖广三总领所，绍兴十五年复置的四川总领，职权比东南三总领更重，合成四大总领所，分掌各路上贡财赋，供办相关御前大军钱粮，实际上成为户部为战争服务的财政派出机构。虞允文将淮东总领并入淮西总领，负责统一调度两淮、浙西、江东的军需财赋，这样，淮西、湖广与四川三大总领所恰与宋金战争中东、中、西三大战场相配套。
乾道八年二月，虞允文升为左相，但仅过半年，与孝宗在重用潜邸旧人上意见分歧，便辞相再任四川宣抚使。孝宗与他相约分别从东西两路出兵收复中原：“若西路出而朕迟回，即朕负卿；若朕已动而卿迟回，则卿负朕。”允文入川一年，虽然积极筹划北伐，但孝宗密诏询问进兵之期，他深知北伐不是轻率的儿戏，审慎答以军需未备。
淳熙元年（1174年），虞允文积劳去世。孝宗怪他迁延出师之期，一反常规，对允文不赠官，不赐谥。不久，孝宗检阅军队，亲见允文教练过的士卒无不少壮勇武，感佩他稳健持重，有恢复之志而大志未酬，这才追赠他为太师，赐谥忠肃。
虞允文是孝宗前期抗战派代表，他的去世，对孝宗北伐大计是个沉重的打击。孝宗的统治也大体以此为界分为前后期。前期，孝宗在乾道二年、四年和六年，先后举行过三次大规模阅兵，以鼓舞士气，振奋民心，锐意恢复，矢志北伐。但允文一死，孝宗顿失支持，虎虎锐气逐渐消退，守成的暮气占据上风。他把主要的心思放在了控制朝政、掣肘宰相上。
孝宗吸取秦桧擅权的教训，一是“躬揽权纲”，一是“勤于论相”。他除了对虞允文等个别宰相还比较信任，在位期间采取频繁更换宰相的手法来限制相权。他在位期间共任命左相八人，右相十八人，其中连续任期超过二年的仅虞允文、赵雄、王淮、梁克家四人，超过一年的也仅七人，其他都一年不到。从乾道八年虞允文罢相，其后十年竟不设左相；其中淳熙二年九月至淳熙五年三月的两年半里，竟然左右相俱缺，仅以参知政事行相事。即便对一向倚重的虞允文，在任其为左相的同时，还将与他“不苟同”的参知政事梁克家提为右相，以为牵制，孝宗对大臣的猜疑由此可见。
孝宗为了防止相权与监察权的勾结，在任命台谏官上别具心计：前相刚罢，后相初拜，他故意任命前相在任时进拟的台谏官人选钳制后相，后相虽有进拟，他担心台谏奉承后相风旨，有心不加任命。
出于扶植心腹控制朝政的需要，孝宗自即位起就重用潜邸旧臣曾觌与龙大渊，外戚张说也颇得宠幸，这些人都被正直人士视为佞臣。孝宗与他们形迹亲密，称字而不呼名，罢宰相，换大将，都要听听他们的意见。《宋史·佞臣传》共列近习十二人，孝宗朝就占三分之一。孝宗的初衷是以心腹爪牙来防止权臣专政，却不料造成了朝政的另一种混乱。佞臣势力在孝宗朝抬头，在两宋历史上颇引人注目，也大出人们期待之外。
淳熙五年（1178年），孝宗任命史浩为右相。史浩因反对隆兴北伐而撤职赋闲十余年，孝宗起用他，固然是一时找不到合适的人选，但也表明其政策的转向。史浩入相，太上皇高宗兴高采烈的说：“卿再入朝，天下之幸！”
史浩建议孝宗静守典制，唯尽公道，把即位以来太上皇各种“圣训”公布于世，以便子子孙孙“尊承家法”，一句话，无非要求孝宗唯太上皇是听，不改苟安的国策。孝宗开始欣赏并表扬这些言论。史浩任相仅半年多，便以老病力求去职，孝宗授其为少傅，留在朝内以为顾问，备受礼遇达五年之久，才同意他正式退休。
继史浩任相的赵雄资历虽浅，却颇具恢复意识，每见孝宗，“二帝在沙漠”未尝离口。但面对孝宗的消沉和朝堂的苟安，除了协助皇帝整顿吏治安定政局，在恢复大计上他也不可能有所作为。淳熙八年，王淮接替赵雄为相达七年之久，他是孝宗朝在位年限最长的宰相。不过，同时代的朱熹认为，孝宗晚年所用宰执，“多是庸人”。
淳熙间，孝宗常慨叹：一未能恢复中原洗雪国耻；二未能改变国弱民贫的局面。他知道前者短期内已无指望，后者只要君臣一心还可以实现，因而在淳熙年间尤其关注财政与经济，颁布注重水利的诏书，制定鼓励商业与对外贸易的政策。他自己虽对恢复中原失去了信心，却仍希望后继者有朝一日能完成自己未竟的大业。
早在隆兴乾道间，孝宗就仿照太祖的做法，设立封桩库，作为备战钱库，但措施不力，收效颇微，淳熙六年盘点库存仅五百三十万缗。经过整顿，四年后增至三千余万缗，但后因太上皇的需索等滥支现象严重，仅隔两年封桩库财物就锐减至五六百万缗，整顿财政也落得个虎头蛇尾。
尽管如此，孝宗仍不失为南宋最想有所作为的君主。他经常感叹自己功业不如唐太宗，富庶不及汉文景父子，抱怨自己还不如东吴孙权，能得许多人才。他十分勤政，以至“事无巨细，概呈御览，情无轻重，均由圣裁”。乾道、淳熙年间，南宋社会经济持续迅速发展，尽管也有过湖北赖文政率领的茶贩茶农暴动与广西李接领导的农民起义，但就社会政治而言，仍不失为南宋最清明稳定的时期。
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