根据新的选举章程，当一个选区出现三名或更多的候选人并且没有一位候选人在选举中获得决定性多数的时候，就要在获票最多的两名候选人之间重新投票表决。当单一候选人在选举中没有获得决定性多数票或者在第二次投票选举中两名候选人都没有获得决定性多数票时，就得重新进行提名，然后再进行投票选举，而失败的候选人没有资格再竟选。
很多原来的候选人都被选民在第一轮投票中淘汰，这为参加第二轮投票选举的候选人提供了新的竞争机会。《星火》的主编维塔利·科罗季奇就是这样一名候选人，在第一轮选举中，他曾被一次营私舞弊的提名会议强制性地从莫斯科一选区的候选人名单中除名。当共产党的所有候选人在哈尔科夫选区失败后，他被提名参加该地区的第二次选举，结果取得了辉煌的胜利。诗人叶夫根尼·叶夫图申科也是这样，在第二轮选举中取得了胜利。55岁的科学家斯坦尼斯拉夫·舒什克维奇在明斯克一选区的第二轮选举中所取得的胜利具有深远的历史意义。共产党的候选人在第一轮的选举中均遭淘汰，当时身为白俄罗斯州立大学副校长的舒什克维奇在朋友劝说下参加了新一轮竟选。当选苏联人民代表大会代表后，他经历了一段耀眼而短暂的政治生涯，两年半后，成为新独立的白俄罗斯第一届总统，达到了巅峰。
新人民代表大会2250个席位中只有1500个席位是在选区选举出来的。总席位中有1/3被分配给了一些“公共组织”里的代表们，如共产党组织及其各下属机构。其目的很明显，就是使一些高层领导人如戈尔巴乔夫不必参加竞选，也不必冒失败的风险，就可进入新的代表大会。从理论上讲，戈尔巴乔夫有权通过党中央委员会提名750名代表，因为法律规定共产党是所有有权“选举”代表的组织的“领导核心”。
然而，这些组织有些已经摆脱了党的严格控制，其他还没有摆脱共产党控制的组织也在选举运动的刺激下努力摆脱其束缚。苏联科学院的主席团试图沿用陈旧的方式选出代表，结果遭到了抗议，其影响所及更远远超出了科学院本身。
科学院提出的候选人名单所引起的争议，并非针对已列入名单者，而是针对未列入名单者，即科学院中最富盛名的两名科学家：安德烈·萨哈罗夫和空间科学家罗阿尔德·萨格捷耶夫。两人以拥护激进改革而闻名，且都是当权的共产党信徒所憎恨的对象。当主席团公布候选人名单时，立即引起了学院内外的抗议。
选举章程规定主席团的提名必须获得成员总体上的支持，这在过去只是一种形式。但这次已行不通了。院里开始出现了示威活动，要求撤销这个官方提名，强迫主席团出示一份更能被广大成员接受的候选人名单，这份名单至少要将萨哈罗夫和萨格捷耶夫包括进去。
几个选区的居民也催促萨哈罗夫出来参加竞选，而且，如果他被允许列入这些选区的候选人名单，只要他不反对叶利钦这位受人欢迎的人物，就能毫不困难地赢得选举。几经犹豫之后，萨哈罗夫最后拒绝了在院外参加竟选，因为他整个成年期的生活都与这里密不可分，而且他还声明说，如果他最终成了议员，那也将是同事们成全的结果。
结局正是如此，科学院的成员抛弃了大多数原先提名的候选人，迫使院内进行了第二次选举。结果，萨哈罗夫，萨格捷耶夫以及其他不少改革者都获得了多数票。
科学院并不是唯一按自己的方式推选国会代表的组织。例如，电影导演联盟就递交了一份代表名单，全部由激进的改革者组成，这些人在其他知识分子占主导地位的团体里也是引人注目的明星。
经济领域的主要学术出版物《经济问题》杂志的主编加夫里尔·波波夫是由科学和工程协会联盟选进人民代表大会的。波波夫中等身材，头发修剪得很短，几乎是个平头，留一撮小胡子。他平生对打领结很反感，常常在公开场合穿一件运动衣和敞领的T恤衫，甚至在正式场合也是如此打扮。以前他着重于理性思维，曾写过不少有关管理问题的文章，但现在正把注意力转向经济与政治领域最根本的一些问题上。
同样，隶属科学院的几个科学协会和社团将塔基亚娜·扎斯拉夫斯卡娅选进代表大会的情况基本类似。她是苏联最杰出的社会学家，也是为数不多的民意测验专家。她的许多调查结果都要保密，以免公众了解到人们对党不恭的事实真相。但是，随着公开性的实行，越来越多的测验结果得以公开发表。改革派力量也更多地利用这些调查结果来加强他们加速改革进程的要求。
共产党中央委员会在新国会得到了100个席位，是单一组织分配到的最多席位数额。可以肯定他说，戈尔巴乔夫掌握着这个组织的控制权。在代表的挑选上，戈尔巴乔夫做了某种平衡处理：它既包括几名高层领导人，如利加乔夫和雅科夫列夫，也包括一些来自社会各个部门的人员，如经理、军官、作家、农委主席等。
总的来说，其人员构成中没有几位改革家，更多的倒是一些华而不实的官僚。
当选举结果陆续公布之后，戈尔巴乔夫吹嘘说，在这次选举中共产党人取得了胜利，因为选出的代表中80％是共产党员。雷日科夫则在他的回忆录中写道，他当时曾反驳戈尔巴乔夫的看法，提醒他说共产党实际上是失败的，因为有30名重要的地区领导在选举中失利，而且，许多共产党员之所以能在大选中获胜，并非因为他们认同共产党，而是相反。那时，我并不了解他们有此交锋，但我的判断与雷日科夫不谋而合。
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