康熙六年（1667年）康熙帝亲政，但朝政仍由一手遮天、跋扈专权的鳌拜控制。当年十一月二十四日，施琅呈上《边患宜靖疏》，认为孔元章称台湾郑氏答应受抚之说不足为信，对方“未必有归诚实意”，建议“乘便进取，以杜后患”；他还提出用兵谋略，届时采用剿抚并用之策，先“据澎湖以扼其吭，大兵压境，贼必胆寒”，尔后进行招抚，若招抚不成，再“提师进发，次第攻克，端可鼓收全局矣”。
施琅对自己提出的剿抚并用战略，颇为自信，认定只要此举运用得法，必可大获全胜。
施琅翘首期盼，等待朝廷命其征台的旨令。然而，此疏呈上去后，如泥牛入海，杳无音信。
康熙七年（1668年）四月，施琅再次上疏，在题为《尽陈所见表》中，结合自己的见闻，提出对郑氏集团的看法和对台主张，认为“郑经逃窜台湾，负恃固。去岁朝廷遣兵前往招抚，未见实意归诚”；如不讨平台湾，而严迁海之令，必弊多利少，导致“赋税缺减，民困日蹙”；倘若让郑氏得到喘息，“收拾党类，结连外国，联络土番耕民”，逐渐坐大，窥视边疆，必后患无穷。
这一次，施琅很快得到朝廷回音：“渡海进剿逆贼，关系重大，不便遥定。着提督施琅作速来京，面行奏明所见，以便定夺。其施琅之缺，着施琅自行择人暂行代管。兵部知道。”同时，上头还通知，让施琅携带家眷进京。
施琅很是狐疑，既然是“作速”赴京向皇上当面阐述对台主张，当是去去就回，何必携带家眷？但施琅更愿将此理解为圣上非常隆恩，四月间火速启程，驰赴京师。
暮春时节，施琅抵京。少年皇帝康熙向他面询对台方略，施琅利用这一极其难得的机会，直抒己见。意犹未尽，施琅又上《台湾剿抚可平疏》，认为台湾郑军实力不足，兵力不到二万，战船不过二百余艘；郑经其人智勇俱无，打仗不是他的长处；手下部将都是庸碌之辈，而且散沙一盘；士兵需要耕垦自给，荒于操练，没有多少战斗力。他分析判断说：“郑经得驭数万之众，非有威德制服，实赖汪洋大海为之禁锢。如专一意差官往招，则操纵之权在乎郑经一人，恐无率众归诚之日。若用大师压境，则去就之机在乎贼众，郑经安能自主？是为因剿寓抚之法。大师进剿，先取澎湖以扼其吭，则形势可见，声息可通，其利在我。仍先遣千员往宣朝廷德意，若郑经迫之势穷向化，便可收全绩。倘顽梗不悔，俟风信调顺，即率舟师联直抵台湾，抛泊港口以牵制之。”他得出结论，如果采用此策，“贼可计日而平”。
朝廷命有关部门对此疏进行研究讨论。长于骑射的八旗兵鉴于多次征台失利，恐海症发作。施琅这一被未来证明非常正确的对台策略，部议竟以“风涛莫测，难以制胜”为由，予以彻底否定。
朝廷之中喧闹高涨的主和声，淹没了施琅“因剿寓抚”的主张。
随后，不可思议的事情发生了。朝廷下令，撤销原设置的水师提督官职，裁撤福建水师，全部焚毁战舰，宣示再不武力征台。
同时，朝廷命施琅留在京城担任内大臣，将他抬入“上三旗”之一的镶黄旗。内大臣，官秩为武职正一品。由从一品提督提升为正一品内大臣，由绿旗汉籍抬入皇上亲隶的旗籍，看上去无论官秩还是身份都大为提高，加官进身、风光荣耀，实际则是明升暗降，被削夺兵权，担任闲散之职。
施琅明白这意味着什么。他这才省悟过来，为何要他携带家眷来京，为何朝廷格外示恩由他自行择人代理提督之职。他实际上被软禁了，只不过这是一种光彩体面的软禁。
少年皇帝玄烨，虽于康熙六年（1667年）七月首辅索尼病逝后亲政，但作出这些安排的不是他本人，而是掌控朝廷大权的辅政大臣鳌拜。
施琅从康熙七年（1668年）春至康熙二十年（1681年）夏，被削夺兵权羁留京师，前后长达十三年。
康熙八年（1669年）五月，少年皇帝以迅雷不及掩耳之势，智擒鳌拜，夺回旁落多年的皇权。当年十一月，康熙帝破格授予施琅伯爵爵位。
但康熙帝没有立即命施琅返回福建重组水师。
康熙帝亲政以来，已将“三藩”割据势力视为心腹大患，列为头等重要的大事高度关注。
至于对台问题，被康熙帝暂时搁置起来。况且，他对施琅统兵征台一再失利心存疑虑。
对此，全望祖一言说穿：“方施琅之叛成功而归附也，世祖（顺治帝福临）即以为水师提督，驻海澄。琅以平台自行，出兵不克，疑其贰，召入京，不复用，而水师亦罢。”
修炼坚韧(3)
高冕
施琅是明朝降清将领，而且降清过程中有过反复。他是福建晋江衙口村人，原在郑成功之父郑芝龙属下担任左冲锋，顺治三年（1646年）跟随郑芝龙降清。郑成功起兵背父抗清后，施琅背叛清军投入郑成功阵营。起初，施琅与郑成功关系很好，但因施琅恃才倨傲，多次忤逆郑成功，两人矛盾加剧，郑成功下令将施琅及其父亲施大宣、弟弟施显捉拿关押，施琅侥幸逃脱，其父亲、弟弟及一个儿子、一个侄子均被杀害。施琅遂于顺治八年（1651年）再次降清。施琅反反复复已令清朝廷生疑，随后两次率水师半途而返，进一步加重朝廷疑虑；尤其是第二次征台，他在奏本中说遭遇飓风如何如何厉害，但实际沉没损失的仅两只小船，令人疑肠百结。更让朝廷放心不下的是，施琅还有众多亲属在海峡对岸郑经手下做官，有的甚至颇受器重。朝中很多亲贵大臣对施琅的忠诚持有怀疑，私下说他有子侄在台湾，与郑氏旧恩未断。
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