有学者如此进行辩解：教徒们这样解释佛经，正是因为他们认识到佛经上所谓的“平等”，不过是欺骗，从现实社会中他们深深感受到等级的森严，人世的极不平等。所以将《金刚经》的改读，是对当时社会本质的揭露，也是对佛经的一种批判。起义农民在批判佛经的过程中，反映出他们向往一个真正“法平等”的社会，而这个社会正是他们奋斗的目标。所以，尽管起义首领方腊没有直接宣布“法平等”主张，但这一主张就从批判佛经的经文中折射出来，并指导着这次农民起义的实践。
也有学者提出，食菜事魔教的信仰者并不会误读佛经，《鸡肋篇》等史籍这样描述起义农民对佛经的错读，实是对方腊起义的诬蔑。
四是方腊起义失败被谁擒获。许多学者根据苏州灵岩山《韩忠武王世忠中兴佐命定国元勋之碑》，认为方腊就擒于韩世忠。碑文详细记载了方腊在青溪帮源洞被俘的经过：韩世忠时为王渊裨将，率军潜行溪谷间，询问村妇路径，终于到达洞口。即挺身仗戈而前，越险数里，直捣巢穴，先抓缚八大王，格杀数人后，遂擒获方腊，并缚俘以出。这段碑文收入《名臣碑传琬琰集》，与《容斋逸史》的记载也可相印证。后来，《宋史·韩世忠传》、《宋史纪事本末·方腊之乱》以及《续资治通鉴》诸书都采用这一说法。
然而许多史籍却说方腊为陕西名将辛兴宗等捕获。《东都事略·徽宗纪》载，宣和“三年……夏四月，庚寅，童贯以其将辛兴宗与方腊战于青溪，擒之”。《宋史·徽宗纪》亦载：“忠州防御史辛兴宗擒方腊于青溪。”《续通鉴长编纪事本末》卷一百四十一载，官军合围击败方腊起义军，在“翌日搜山”中“王禀、辛兴宗、杨惟忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中”。《皇朝编年纲目备要·徽宗皇帝》也说：王“禀寻及辛嗣宗、杨惟忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中”。此“辛嗣宗”应是“辛兴宗”之误。应该说，载“辛兴宗擒方腊”的史籍并不少于载“韩世忠擒方腊”者，是否因为韩世忠以后成为中兴名将，后人便将此功往名将身上揽呢？然而《宋史纪事本末·方腊之乱》又这样讲述：韩世忠率兵入洞“擒腊以出，辛兴宗领兵截洞口，掠为己功”。《续资治通鉴》也采此说法。当时辛兴宗为剿方腊官军的主将之一，而韩世忠只是裨将，那么是否主将在掠取裨将之功呢？
有学者根据《桂林方氏宗谱》所载徐直之的《方庚传》，认为方腊是为方庚所诱捕。其如是说：宣和三年四月，起义已大部被官军镇压，就是没有捕得方腊。不离方腊左右的方京，一次出洞寻食品，被方庚抓住，方庚以利诱之，使方京回去骗方腊，说：“刚出洞，就看到两个太阳在相斗，天象如此，不是在说圣公要东山再起嘛！”并请方腊出洞观看，方腊以为是真的，便走出帮源洞以观日影，方庚正埋伏了打手，将方腊生擒，献给官军。这简直就是一篇传奇小说的片断，你觉得可信吗？而清人方象璜的《重修桂林方氏宗谱叙》是说，方庚奔命江淮，迎领官军，为韩世忠军向导，乃诱擒方腊，并其党羽。方庚本人在《上郑寺丞札子》中也说：“投身军前，为之乡导，大破贼徒，安复州县，立功非一。”这好像有一些可能，然也只是韩世忠军的向导，其作用有多大呢？
有学者根据范圭《宋故武功大夫河东第二将折公（可存）墓志铭》，认为也可能是折可存捕获了方腊。铭文说：折可存率三将兵，奋然先登，将士用命，方腊被擒，迁官武节大夫。有学者指出，据《宋史·杨震传》，杨震虽“从折可存讨方腊”，但折可存当时率军是在浙东一带镇压吕师囊等部，没有参加围剿帮源洞的战斗，所以铭文不可信，不如理解为：方腊起义被镇压后，折可存官升武节大夫。另外，《舆地纪胜》卷八说：“宣和初，腊陷睦州，命刘光世、姚步仲擒之，斩于都下。”似乎方腊是被刘光世、姚平仲二将擒获的。其实，查有关史籍可知，刘光世当时正率部攻打衢、信等州，俘获郑魔王，后又攻下龙游、兰溪、婺州等地。姚平仲也正率部征讨浙东一带，四月下旬才攻下浦江县。两将都不可能参加四月下旬围剿帮源洞的战斗。
此外，据《严州府志》等书记载，擒获方腊者，还有王马、余木杓、余宗德诸将，但也均没有多少确凿的证据。另有方腊就擒于宋江说，由于宋江是否投降官军都还存在疑问，所以此说更悬，且看另一专节的分析。
《容斋逸史》究竟是谁做的“容斋”是南宋著名学者洪迈的号，所著《容斋随笔》，史料价值颇高，历来为史家所重。《容斋逸史》记载了方腊起义过程中的两件重要史事，多年以来，人们一直以为《容斋逸史》也是洪迈的作品。20世纪70年代开始，史学界有人怀疑它的可靠性，认为它可能是一部伪作。
《容斋逸史》是宋方勺《青溪寇轨》附载的两则文字。一则是记载方腊起义的始缘及其被官军镇压的经过，其中对方腊“漆园誓师”的演说与经过，描述得非常生动而具体。另一则是记载宋代摩尼教的有关情况及其与方腊起义的关系，其中对该教的一些教规和习俗进行了颇为详尽的介绍。如谈到其教“又谓人生为苦，若杀之是救其苦也，谓之度人，度人多者，则可成佛。故结集既众，乘乱而起，日嗜杀人，最为大害”。令人毛骨悚然。
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