云南巡抚孙士毅因为涉及李侍尧一案，已经被革职，押解京城。按照孙士毅的罪名，本应发配伊犁流放。若真的发配伊犁，能否返回内地实在难以料定。幸亏和珅对孙士毅比较了解，知道他颇有才气，再加上孙士毅在办案期间还曾经帮过和珅，和珅认定此人可以争取，决心帮他一把，把他调去编纂《四库全书》。于是，和珅启奏乾隆：“孙士毅只不过是李侍尧案的一个从犯，人在屋檐下，不得不低头，他的所作所为实在是不得已而为之。况且臣听说孙士毅才学广博，如今编纂《四库全书》正是用人之际，把这样一个熟读经书的饱学之士发配伊犁，岂不是暴殄天物？不如将他调去编修《四库全书》，将功赎罪。这样一来，孙士毅必定感激皇恩浩荡，尽心竭力。如果他再出什么差错，皇帝再定他的罪，谅他也无话可说。”乾隆见对编书有利，就欣然应允，乾隆为了编《四库全书》而赦免一个流放之人，可见他对这本书的重视。
和珅心中明白，自己那点学问只能哄乾隆帝高兴，真正要编纂《四库全书》，还得靠“实力派”的纪晓岚等人，因此非常重视他们的意见。《四库全书》主体内容的编篡大部分是由纪晓岚完成的，和珅除了严格把关不利于朝廷的文字内容外，平时并不“外行领导内行”，不去干扰这些学者的工作，从这一点也可以看出和珅的领导才能。
除了编辑人才缺乏外，和珅面临的还有文献搜集的问题。编书需要参考文献，朝廷虽然已经几次下诏寻找历史上流落下来的文献，但人民历经战火，肚子都难以填饱，哪还有精力保护图书，所以很多民间文献都散失了。明朝永乐年间成书的《永乐大典》是重要的官方参考文献，它收录了古代重要典籍七八千种之多。全书分门别类，辑录上自先秦、下迄明初的古书资料，经史子集、道释、医卜杂家之书汇聚群分，甚为详备。更难能可贵的是，收录在《永乐大典》的古代文献都经过详细的考证，而且未曾删改，对编修《四库全书》很有借鉴意义。但是可惜，经历明末清初的那场战乱，《永乐大典》全本早已不见踪影。纪晓岚等人多次到翰林院查找都没有结果。
和珅上任后，也曾认真查访过《永乐大典》的下落。他经过查阅历史资料得知，《永乐大典》编成后一直珍藏在南京。明永乐十九年（1421年），明成祖朱棣迁都北京，将《永乐大典》带到了北京，收藏在故宫内。嘉靖四十一年（1562年）八月，誊写了副本一部，从此《永乐大典》就有正副两部。后来，《永乐大典》的正本遗失，副本一直保存在明朝的档案库内。乾隆时期，档案库的藏书无论公藏私藏都已经发展到了顶峰，尤其是翰林院内的藏书更是浩如烟海，再加上一直疏于管理，所以一时无法找到也在情理之中。但和珅坚持认为《永乐大典》肯定就在其中，只要细细查阅，一定能够找到。
和珅于是请求乾隆给翰林院下旨，再次查找《永乐大典》的下落。翰林院官员虽然老大不乐意，也只好遵旨再查找一次。
和珅怕翰林院的官员敷衍了事，不肯认真翻阅，于是亲自带人到翰林院的藏书库查找，但还是没见踪影。翰林院的官员说，这部大典一定是在明末战火中遗失了。和珅又认真查阅了资料，认定《永乐大典》这么重要的典籍，就算是丢失了，也一定会有记载。现在竟然没有一点记载，那么副本应该还在翰林院的某处保存着。
和珅经过仔细揣摩，觉得一定可以找到。于是下令：除书库外，将各处房屋的顶架、角落，闲置的亭子、阁楼等再认真查找一遍。众人见和珅这样执著，只好对翰林院展开全方位搜索，不留一个死角。功夫不负有心人，终于在一个名叫敬一亭的偏僻阁楼的角落里发现了尘封已久的《永乐大典》。和珅找到这部书，为《四库全书》的编修立下大功。
乾隆力争使《四库全书》涵盖尽可能多的书，所以资料来源非常广泛，除了民间捐献和从翰林院调取资料，国子监以及内务府也藏有大量古书典籍，这里收藏有珍贵的宋、金、辽、元、明的善本，并且还有各朝实录、玉碟与《大清会典》，具有很强的史料性。这些对编修《四库全书》极为有利。另外，乾隆帝喜欢鉴赏书画，他在昭仁殿有一个专门的藏书处，将宫中珍稀古籍聚于此，并赐名“天禄琳琅”，是清皇家藏书的精华所在，有很多外面见不到的历代珍籍善本。这些书都是五色织锦封面、宣绫包角，每册书的封面和封底衬页上都钤上“五福五伥堂古稀天子宝”，“八徵耄念之宝”，“太上皇帝之宝”，“乾隆御览之宝”，“天禄继鉴”等五玉玺，称之为“乾隆五玺”。
内务府和“天禄琳琅”的书向来只供皇族阅读，并不外借。和珅为了保证《四库全书》的质量，恳请乾隆允许翰林前往宫中把这些珍贵的书籍抄写一份副本，以作《四库全书》编修之用，乾隆恩准。
这样，经过和珅的努力，《四库全书》的参考文献丰富起来，编修进度明显加快。而四库全书馆里那些学识渊博、自视清高的文人对和珅这个正总裁也开始另眼相看。
我们常说，一千个人心中就有一千部《三国演义》。学派思想深重的治学文人，凡是参与全书编修的人都是国家的名人大儒。这些人难免有不同的治学观点，再加上读书人特有的倔脾气，把他们协调到一起工作确实是个大难题。
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