翌年十月，相国吕不韦因嫪毐之乱连坐被免除相位，回到他的封地河南。
嫪毐已死，他的那两个孩子自然也不能留于人世。秦王虽然恨太后与嫪毐合谋篡政，可毕竟是生母，是以对外宣称所有一切乃嫪毐一人所为，太后并不知情，但还是把她迁到了雍城萯阳宫，从此不再相见,并且下令群臣：“胆敢为太后之事进谏者，戮而杀之，断其四肢，堆积于城阙之下！”即便如此，还是有不畏死的，前前后后为太后进谏而死的达二十七人，残肢断臂堆成了一座小山。有一个叫茅焦的齐国人也上谒请谏，秦王使者劝他说你难道没见到前面二十七人的下场？茅焦答说天上有青龙、白虎、玄武、朱雀二十八星宿，如今死者二十七人，他特来把数填满。秦王大怒，按剑坐等茅焦进谏。茅焦进了大殿，对着秦王一番怒斥，骂秦王为人狂悖，车裂继父，狼扑二个亲弟弟，流放囚禁母亲，还残暴杀戮进谏的谏士；夏桀、商纣都不至于此！天下诸侯闻之，还有谁响应跟随秦国？说完便解衣伏到锧上，准备受死。没想到秦王听了，竟然没有生气，反而走下去亲手扶起茅焦，接受进谏，还授予茅焦上卿的爵位。择日把太后迎回咸阳甘泉宫，母子总算和好如初。
后宫闹剧收场，宗室大臣有人提议，那些从其他诸侯各国来秦为官的，都为旧主游说的间谍，建议全部逐出。吕不韦被罢相，他的门客李斯受秦王重用，而李斯是从楚国来的客卿，自然归列在秦国宗亲驱逐的名单中。他向秦王上书分析利弊，列举四位先王，都是依靠客卿建功立业，比如：昔日秦穆公向天下广求贤士，向西由西戎取得了由余，向东于宛地得到了百里奚，从宋过迎来了蹇叔，又从晋国请来丕豹、公孙支于晋，他们原本都不是秦人，却帮助秦国吞并二十国，遂而称霸西戎。孝公用商鞅之法，令诸侯亲服，至今强大。惠王用张仪之计，拆散六国合纵。 昭王得范睢，加强王权。由此可见，客卿没有什么对不住秦国？李斯又以美女、音乐、珠宝、玉器作为比喻，这些也并非出产于秦国本土，秦王一样取用。不问可否，不论曲直，不是秦国人就要被驱逐，这是重色、乐、珠、玉，而轻人。再列举泰山不拒让土壤，才能成就它的高大；河海不舍弃细流，才能成就其深遂；王者不嫌弃庶众，方能彰显其明德；这就是三王五帝之所以无可匹敌的原因。秦国此举，是逼着百姓去帮助敌国，拒绝宾客让他们去成就诸侯大业，无异于借武器给敌寇，送粮食给盗贼。秦王深知李斯说的有理，废除了逐客令，自此重用他国客卿，更加重用李斯。
秦国内乱，又花了不少时间在逐客令上，一时间放缓了对外侵伐的脚步。赵王瞅准时机，出兵攻打燕国，拿下了易水沿岸的又一城：狸阳。然而，兵未罢归，秦王令王翦、桓齮、杨端和攻赵：王翦经由上党进攻阏与、橑杨，秦军数路合成一军，由王翦统一指挥，十八天无法攻城，只能撤军。回去后，军中俸禄在斗食以下的，十人中推选二人，跟随主将桓齮
攻打邺、安阳。秦攻赵，不经上党，则需取道河内，背向邺、朝歌，横渡漳水、滏水，与赵军在邯郸外决战，是重演知伯在晋阳的灾难。所以，进攻邯郸，必先取得离邯郸百里之内的邺城。然而，相比魏军，赵军虽然顽强得多，但王翦、桓齮、杨端和三名大将联合，十几万兵马强攻，还是拿下了邺邑九座城池。失去了邺，邯郸受迫，赵王一急之下薨了，谥号悼襄王。太子赵迁继位后，开始大力修建柏人城，以做将来的退路。
文信侯曾经非常羡慕其他中原各国都有礼贤下士，宾客盈门的君子，如魏国有信陵君，楚国有春申君，赵国有平原君，齐国有孟尝君，就连韩国也有韩非那般的贤人。想他秦国强盛如此，却没有一人像他们那样，不免觉得羞愧，于是决定自己做秦国的君子贤士，不学那四君子，他吕不韦不做则已，要做就定要做得比任何人都好。所以也招揽文人学士三千人，像韩非的老师荀卿那般著书立说，遍布天下。他让他的门客们将所见所闻记下，汇集编排成为八览、六论、十二纪，总计二十馀万言，自认囊括了天地万物，古往今来之事，号曰《吕氏春秋》。还将之刊布在咸阳城门上，布告悬赏：遍邀诸侯游士宾客，有能为《吕氏春秋》增删一字者，赏千金。一时间，文信侯 “一字千金”的事儿传遍中原，无数文人学士慕名来投。如今，文信侯虽然被免去了国相之位，回到河南封地，可是去拜访他的诸侯宾客使者依然络绎不绝，秦王担心文信侯谋变叛乱，于是赐书与文信侯，道：“君何功於秦？秦封君河南，食邑十万户。君何亲於秦？号称仲父。其与家属徙处蜀！” 吕不韦意识到危险，恐怕连累家族受诛杀，便饮下一杯鸠酒，自杀了。吕不韦戴罪之臣，死后自然不能大肆操办，他的门客们只好偷偷办个丧礼，简简单单把他葬了。秦王恨吕不韦至深，人死了还不能解气。于是下令：吕不韦的门客里，有去临丧的，如果是三晋的人就驱逐出秦；如果是秦国人，六百石以上的剥夺爵位，迁往蜀地。五百石以下而没有临丧的，无需夺爵，但依然要被牵去蜀地。而且昭告群臣，自今往后，如嫪毐和吕不韦一般不遵循正道操持国事的，取消全家户籍，发配为奴。以此为戒！当是之时，天下大旱，自六月起，没下过一滴雨。诸侯各国都在社稷山川祭天祈雨，到八月，终于迎来了第一场雨。为感天恩，各国大赦罪犯，秦王允许当初被徙居到蜀地去的嫪毐的门客们迁回，至于为何只赦免嫪毐的门客，大概只有秦王自己知晓。