对日作战的最后一个因素是，斯大林在德黑兰会议上重申的俄国愿意援助的诺言。美国人急于在远东着手准备合作。他们的主要计划是在西伯利亚东部建立起美国轰炸机的基地，以便从那里攻击日本。如上文所述，斯大林在德黑兰会议上曾告诉罗斯福，他目前还无法肯定是否能作出这种安排，必须先同他的下属商议。1944年2月2日，斯大林通知美国大使，一旦俄国向日本宣战，美国可以在西伯利亚建立一支战略空军。同时，必须建造可以接纳重型轰炸机的机场。4月间，斯大林添了一项条件：苏联空军也应当使用美国供应的飞机来参加对日本的战略轰炸，美国同意了这一点，但试图就美国在西伯利亚建立空军基地一事先达成明确和具体的协议，然后在这个先决条件下，再向俄国输送重轰炸机。美国人建议由他们自己指挥六个空军大队，由苏联指挥四个大队。这种不均衡显然有损俄国人的自尊心，因为他们认为从自己本土出动作战，他们竟被贬低到从属的地位。结果，到1944年夏天，双方还没有达成具体协议。但是美国人仍然抱着希望：到头来总会产生一些结果的。由于在中国的空军基地即将损失殆尽，西伯利亚的基地似乎越来越有必要。甚至在7月份攻下塞班岛后，那个岛似乎也不能作为向日本进行毁灭性空袭的有效基地，而美国人则深信，这种空袭是击败日本的必要手段。
1944年的头几个月，对日作战的局势变化很大，这越来越说明战略计划需要作根本的修改，俄国是一个新的因素。中国显然不能承担1943年的计划所派给它的任务。英国军队在缅甸推进的速度又很缓慢。然而美国横跨太平洋的进攻却开始显示出意想不到的前景，即有希望取得决定性的效果。
当麦克阿瑟将军提出的未来的作战方案同尼米兹海军上将提出的方案发生冲突时，美国参谋长联席会议开始密切地注意到对日基本战略这一总的问题。1944年2月11日和12日，参谋长联席会议提出并讨论了上述对立的计划，可是没有作出明确的长远的决定。3月初，事情发展到严重的阶段。迫切的问题是麦克阿瑟和哈尔西之间的争吵。两个司令官都想控制新近打下的马努斯岛。除了这项个人的争吵外，还存在着尚未解决的关于战略的基本问题。麦克阿瑟和尼米兹仍然各自坚持自己的计划。麦克阿瑟想夺取菲律宾作为向日本本土进攻的主要根据地，尼米兹则强调应绕过菲律宾。
这场争论中交织着种种情绪。麦克阿瑟念念不忘巴丹半岛，渴望履行他留别的诺言：我将回来。”对菲律宾人的民族责任感也是争论中一个真正的因素。况且，菲律宾战役，必须是大规模的，需要相当强大的地面部队，最好通过西南太平洋来进行，这样，陆军和麦克阿瑟就将担任显要的角色。相反，尼米兹的计划含有把中太平洋的基地作为中间集结区的意思。有些海军人士认为，只要夺取几个靠近日本海岸的小岛，便能通过海军封锁和空军攻击的办法把日本扼死，因此不必采取任何大规模地面作战的方法。当然，在这种战役中，海军将担任主要角色，尼米兹将负责指挥。
1944年3月11日，这个争端上报给罗斯福，但是总统无意插手。他声称，参谋长联席会议成员应当自己解决有关马努斯岛的争论，而且他们都是专家，应有能力选择最好的战略。翌日，即3月12日，参谋长联席会议的成员达成了一项妥协办法。他们决定，当麦克阿瑟的军队从南面进攻菲律宾时，尼米兹的海军继续横越中太平洋前进，向吕宋岛(菲律宾群岛最北面的岛)或者向台湾方向进军。此外，关于马努斯岛的争端，则是偏袒了海军而解决的。
麦克阿瑟和尼米兹在太平洋地区发生龃龉，这也许促使罗斯福认为应该到那个战区去视察一下，亲自与两位意见对立的司令官进行商谈。1944年7月21日，他乘船去夏威夷。一星期后(7月28-29日)，罗斯福同尼米兹和麦克阿瑟举行了一系列会议，这次商讨时大家都心平气和。尼米兹同意，光复菲律宾将是值得做的事情，并且答应派遣他的一部分舰艇去支援和运送麦克阿瑟的进攻部队。麦克阿瑟也向海军作了一点让步：他表示同意,或许没有必要使用地面部队向日本本土发动全面进攻。事实上，对日本本土进攻的方案早已拟定就绪。华盛顿的美国陆军当局曾坚持认为，在日本的溃败还不能确定之前，进攻日本几乎是完全必要的。这次在夏威夷，陆军的方案暂时被搁置起来，且待海军的封锁和空军的攻击证明不足以迫使日本投降时，再予采用。剩下的一个主要问题是，究竟是先由麦克阿瑟去进攻菲律宾，还是先由尼米兹去进攻台湾。这个问题留待以后决定，因为从当时看来，在1945年以前要进行这两个战役中的任何一个都是不可能的。
太平洋未来的作战计划已经拟定，但是英国如何参加对日作战的最后阶段问题仍然没有解决。麦克阿瑟和尼米兹都不要英国的帮助。他们向罗斯福说明，已经具备了原定作战计划所需要的一切东西。麦克阿瑟表示担心，一旦英军在荷属东印度群岛登陆以后，他们将会设法控制那些岛屿。麦克阿瑟又声称，既然美国承担了菲律宾和其他地方的作战任务，荷属东印度群岛将会瓜熟蒂落，不应当让英国人去享受由于解放这些岛屿而带来的荣誉和物质利益。但是，美国人并不确切知道，英国人在今后对日作战中承担什么义务的问题上将提出怎样的建议，因此关于这件事，没有作出任何决定。罗斯福总统在访问了阿拉斯加之后，于1944年8月12日返回美国。
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