但是由于小国的压力，敦巴顿橡树园建议中关于联合国大会和经济及社会理事会权力的那几节都作了重大的修改。关于大会权力的说明更确切了，凡是对敦巴顿橡树园文本的解释有可能限制大会活动的，经过措词上的修改，都使其不可能实现。大会被授予向安全理事会或联合国会员国提出有关任何事项的建议的权利，除非安理会“对于任何争端或情势，正在执行本宪章所授予该会之职务”。
同样地，把经济及社会理事会列为这个新的国际组织的“主要机构”，提高了它的尊严。也许，更重要的是，联合国会员国应采取“共同及个别行动”，以提高生活水平，解决“国际间经济、社会、卫生及有关问题”，并促进“全体人类之人权及基本自由之普遍遵守与尊重，不分种族、性别、语言或宗教”。
这类声明，象为殖民地管理规定的原则那样，投合了一些小国代表的理想。可是，它们与其说是严肃的行动纲领，不如说是向开明的世界舆论摆出的虔诚姿态，因为有效的实施将牵涉到对所谓主权国家的内政进行范围广泛的干涉。
按照敦巴顿橡树园建议，履行维持和平的主要责任的是安全理事会。不可避免地，旧金山会议上的主要斗争发生在如何明确规定安理会的权力问题上。主要问题有二：对否决权的规定，以及对以安理会为一方和以区域性组织(象泛美联盟)或地方的安全安排(象俄国的双边同盟那种办法)为另一方这双方之间的关系的规定。这两个问题是互有关系的。因为象敦巴顿橡树园会议文本所规定的那样，任何一个安理会常任理事国都可以否决一个区域性国际团体为维持和平而采取的一种行动。从美国的观点来看，这意味着欧洲和亚洲国家可以干涉美洲国家——对神圣的门罗主义的侵犯。从俄国人的观点来看，这意味着他们同法国、英国、波兰、捷克斯洛伐克和南斯拉夫签订的双边互助条约必须在安理会批准这些条约的反德作用以后，才能在法律上生效。美国和俄国都不满意这样的情况，因为两国都不准备把自己未来的安全完全托付给这个新的国际组织。
敦巴顿橡树园建议的原文是：“未经安全理事会授权，不得用区域办法或者通过区域机关采取强制性行动。”这种使区域组织完全隶属于安理会的安排，由新宪章中的两项规定作了修改。第五十一条说：“联合国任何会员国受武力攻击时，在安全理事会采取必要办法，以维持国际和平及安全以前，本宪章不得认为禁止行使单独或集体自卫之自然权利。”应付武力攻击的集体自卫的权利就这样得到了保证，美洲国家对于它们的共同防御安排的实施将不会受到不应有的干涉这一点感到满意。然而，俄国人指出，对于来自德国的武力攻击以外的侵略行为可能需要根据他们互助条约的规定共同进行抵抗。为了把这种万一会发生的事情也包括进去，宪章的词句经修改如下：“如无安全理事会之授权，不得依区域办法或由区域机关采取任何执行行动，但……对付……任何敌国之步骤……不在此限。……敌国……系指第二次世界大战中为本宪章任何签字国之敌国而言。”
这两项例外条款实际上不仅限制了安理会的权力，而且也缩小了大国否决权的范围。美国人的自卫行动和俄国人预防德国的行动，即使在安理会常任理事国之间对此项行动是否有必要这一点上意见不一时，仍可进行。
对安理会权力的第二种限制写进宪章，是为了尊重加拿大和其他“中间国家”的意见，它们曾反对敦巴顿橡树园草案中关于安理会有权要求在安理会没有代表的国家为强制维持和平提供军队的规定。5月30日，各方同意，如果发生这种情况，被要求提供军队的会员国将被邀请参加安理会的讨论，并在“关于使用其军事部队”的任何问题上有参加投票的权利。
这些对安理会权力的修改确实是重要的，但是关于如何理解和应用雅尔塔会议拟定的投票方案的争论，使得这些修改没有受到足够的注意。几个小国，最突出的是澳大利亚，要求把大国在调查及和平解决争端问题上的否决权从宪章中删去。的确，除了这种减少大国特权的愿望外，人们不久就明显地看出，对雅尔塔投票方案的解释也引起了各种各样的困难。当时的情况是，没有人能肯定地说这种否决权会在什么样的情况下和什么问题上使用。为了逼得大国说明究竟，弄清楚整个问题，所有小国的代表制定了一份二十三个问题的调查表，于5月22日向发起国提出质问，请求解答。这些问题涉及的范围很广：对争端进行调查的决定是否可以行使否决权？关于一个问题是不是“程序”问题的决定，是否可以行使否决权？弃权的效果是否和投反对票的效果一样？否决权能否适用于秘书长的选举以及把争端提交国际法院的决议等等。
这些问题以及类似的问题，提出来要比答复容易。当美国、英国、中国和俄国的代表讨论这些问题时，俄国对雅尔塔会议规定的方案的解释和其他发起国所同意的解释之间出现了深刻的分歧。5月27日，安德烈·葛罗米柯(他于5月9日继莫洛托夫之后成为俄国的首席代表)表示，否决权适用于一个问题是否是“程序”问题的任何决定。6月2日，他令人大吃一惊地告诉他的同事们说，一项争端，必须先由所有常任理事国投票决定把它列入议程，然后安理会才能讨论。
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