俄国和中国立即接受了美国的建议，但是英国表示反对，澳大利亚和新西兰支持英国的要求，主张成立一个盟国机构，对盟军最高统帅的政策拥有比接受谘询更大的权力。然而美国人不愿意分享权力。面对着美国人的固执和英国人的反对，什么办法也没有。结果，麦克阿瑟将军就干了起来，没有一个盟国的政治权力机构来对他提供意见或进行监督。
与此同时，—个由美国政府国务院、陆军部和海军部人员组成的委员会正忙于为麦克阿瑟的占领工作制定一份指令。这个委员会在8月29日完成了它的工作后，没有经总统正式批准(9月6日才正式批准的)，就赶在日本投降的最后仪式举行前，便把这份指令发到了麦克阿瑟的司令部。
这份文件重申了波茨坦宣言中最初提出的占领政策的最终目标：非军事化和实现民主。关于其他盟国参加占领的问题，文件说：
占领在实质上将代表那些为了对日作战的联合国家的共同利益而尽责任的主要盟国所进行的一次军事行动。为此，将欢迎并期待其他在对日作战中发挥主要作用的国家派遣部队来参加占领。占领军概归美国指派的最高统帅统率。
尽管将作出一切努力，通过协商和建立适当的谘询机构，以制定使各主要盟国满意的有关占领日本和管制日本的政策。但万一盟国之间发生分歧，美国的政策将起支配作用。
关于日本现行的政府，作了如下的规定：
……最高统帅将通过日本政府的大小机构，包括天皇在内，行使其权力直至令人满意地推进美国目标为止。日本政府将被允许……行使正常的政府权力处理国内的行政事务。……这项政策的目的在于利用而不是支持日本现有的政体。
责成麦克阿瑟执行的经济政策是宽大的。非军事化并不要求拆除轻易便可转为民用的工厂；将由日本负担占领费用，但以“不致引起饥馑、疾病的蔓延和造成尖锐的物质困苦为限”；赔偿也只限于没收日本在海外的财产并且限于“拿走那些为日本和平经济所不需要的物资和现存的主要装备及设施”。
当这些政策性的要点尚在讨论时，围绕着受降仪式产生了一些较小的但却是棘手的问题。在太平洋战争中起了主要作用的美国海军对麦克阿瑟接受日本投降忿忿不平。后来，决定在美国战舰“密苏里”号上举行受降仪式，并授权尼米兹海军上将代表美国在投降文件上签字，而麦克阿瑟则作为盟军最高统帅签字，这样海军的自尊心总算得到了安慰。
俄美关系由于一系列的误会和互相猜疑而受到干扰，其中许多是由于从马尼拉发到莫斯科的电报传送的延误和障碍所引起的，麦克阿瑟的司令部当时设在马尼拉。例如美国人获得一份假报告说，俄国军队正在日本北端的大岛北海道登陆，因此提出了抗议。同样地，俄国人也担心美国人正在设法拒绝把千岛群岛划给他们，又怀疑美国人会不把苏联代表及时送到马尼拉参加受降仪式。
由于这些以及诸如此类的波折，又由于需要集结和运送占领军，最后再加上一场台风，使日本的正式投降延迟到9月2日。那天，先由一支盟国舰队停泊在东京湾，美国部队和少数英国海军陆战队一起在东京郊外建立了一个小小的桥头堡，在当地时间上午9时零8分，签署了受降文件。它采取的形式是由美国、英国、俄国和中国“代表其他对日作战的联合国家”接受天皇的一份无条件投降的声明。澳大利亚、加拿大、新西兰、法国和荷兰的代表也出席签字。
同时，日本帝国大本营发布了一道通令，规定了日本武装部队各单位所应遵循的投降程序，当时这些单位分散各处，从东印度到千岛群岛，从缅甸到中太平洋的一些岛屿。划分了五个区。在中国(不包括满洲)、福摩萨和十六度线以北的印度支那的日军奉命向中国人投降。满洲、三十八度线以北的朝鲜、千岛群岛和萨哈林岛上的日军奉命向俄国人投降。缅甸、泰国、十六度线以南的印度支那、东印度、马来亚、俾斯麦群岛和所罗门群岛的日军则奉命向东南亚盟军总司令或向澳大利亚人投降——具体再由两者另行安排。其他太平洋岛屿上的日军向美国太平洋舰队总司令投降；日本本土、菲律宾群岛和三十八度线以南的朝鲜的日军向美国陆军投降。
麦克阿瑟打算把解除武装和日本士兵的遣运工作办得井井有条，并设法防止在东京湾全面受降之前发生任何就地受降的事情。中国人和英国人遵从了他的计划。结果，直到 9月12日，蒙巴顿才在新加坡接受了东南亚盟军司令部管辖区内日军的正式投降。在中国的日军也同样到9月9日才在南京向蒋介石的代表投降。
然而，俄国人并没有受麦克阿瑟的命令和指示的约束。俄国远东军总司令华西列夫斯基于8月21日便接受了满洲关东军的投降。两天以后，斯大林便宣布该地区已被完全占领。红军的长驱直入到此为止，它并没有进入中国本土，把那里的日军留给别人去解决。当然，红军的确也进占了朝鲜的北半部。
这样，到1945年9月中旬，对日本共荣圈的瓜分实际上已经完成，并且通过一系列的命令和协定而得到正式的确认。但是日本对这些地区的占领所留下的痕迹，以及由日本的榜样与宣传激发起来的反对欧洲人统治的大亚洲主义痕迹，仅用军事方法是磨灭不掉的。除了在日本本土外，政治上的动乱、冲突和不稳定从一开始就威胁着要推翻远东这种由日本帝国大本营的最后通令所建立起来的法律与军事局面。
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