由於苏、浙大军西调回天京作战，中外反动势力就乘机在东线向太平天国发动风狂的进攻。在江苏方面，先由美国流氓华尔带领，华尔被击毙後，由英国军官戈登（C.G.Gordon）带领的常胜军协助李鸿章淮军以上海为基地，向苏州进攻。在浙江方面，以英国海军总兵呟乐德克（ R.Dew）组织的常安军、定胜军，法国海军参将勒伯勒东（
A.E.Le Brethon de Caligny ）、宁波税务司法国人日意格（Prosper Giquel）组织的常捷军协助左宗棠湘军向浙江进攻。这样，太平天国就陷於两面作战的泥坑之中。
攻打湘军营垒不下，十月，天王采用进北攻进战略，命李秀成率大军渡江，向上游进攻，迫使曾国藩撤退进犯天京的湘军以救上游。又命李世贤率军攻金柱关，通宁国、太平粮道，以接济天京。李世贤力战皖南，没有奏功，而汤溪於癸开十三年正月失陷，浙东金华、绍兴等地全部被迫撤退。李秀成率领的大军进到皖北，给饥饿所困，死丧了几万人，从六安州狼狈归。五月回到天京，而敌人已攻陷太仓州、昆山，就要向苏州进攻了。
八月，敌人攻陷浙江富阳城，来犯馀杭，进逼杭州。十月，苏州失陷。这时候，由於中外反革命军队把太平天国区域抢光、烧光，彻底破坏了生产，造成安徽、江苏、浙江广大地区「男妇逃避，烟火断绝，耕者无颗料之收，相率废业」，其中如「徽、池、宁国等属，黄茅白骨，或竟日不逢一人」[一]的情况。尤其严重的是「南京附近三百里之地区，全部被蹂躏为荒野地，不能生产，渺无居民，复变回远古未开辟的荒地。……其米粮所出产之地尽成荒墟焦土」[二]。在这种情况下，使太平天国军队「行无民之境，犹鱼行无水之地」，太平天国政权「居不耕之乡，犹鸟居无木之山」[三]。而「沿江三千里，名城要隘」，已为敌有，「浙东列郡，苏、松各属」，又先後失陷，「凡山川筋脉之地，米粮百产之源」，太平天国全部丧失[四]。
天京已不可能再守，当时太平天国唯一的救亡良策，只有放弃天京，取道皖南，入江西，绕湖北，与攻克陕西汉中的西北远征军会合，踞西北，以图中原。白聚文（一译白齐文，H.A.Burgevine）曾向李秀成建议：「最好放弃苏州和南京，集中太平军力量攻打北方」[一]。呤唎也认为：「在这种情况下，最好的军事行动，这就是放弃所有容易受到威胁的地方退往内地，因为英军无法到内地去和他们作战，清军也无法在内地阻遏他们的军事行动，制止他们增添兵力，阻碍他们未来的发展」[二]。苏州失守後，李秀成就回京奏请洪秀全执行这个救亡战略。洪秀全断然拒绝，硬要死守天京，把突破危亡形势转向有利地区以保存和发展革命力量的最後机会失掉了。
甲子十四年（一八六四年）正月，天京被包围。在去年十一月，洪秀全就特命干王洪仁玕出京到丹阳、常州、湖州等地去催兵解围。各处军队因天京无粮都不应命。而天京这样大的城池祇留一万人防守，也还在缺粮。二月，杭州失守。这时候，苏、浙两省从城池撤出的军队都因缺乏粮食，不可能在当地继续作战，高喊「与其饿死江南，不如战死江西」[三]的口号，冲到江西去。三月下旬，奉诏急救天京的西北远征军从陕西赶回到皖北边境，也因苏、皖地区遍地饿荒，被迫停留，无法抵达天京。四月，天王洪秀全因病逝世。六月，天京遂在激战中陷落，太平天国中央政权倾覆。
天京陷落後，太平天国革命，由长江两岸太平军及苗民、回民起义军肩负起来，继续进行艰苦卓绝的战斗。在长江以南的军队，由侍王李世贤领导，转战江西、福建、广东三省，乙好十五年十二月（一八六六年二月），在广东嘉应州壮烈牺牲。在长江以北，由杰出名将遵王赖文光用太平军编制改编安徽蒙、毫起义的捻军，成为一枝崭新的太平天国後期的新军，纵横於安徽、江苏、湖北、河南、山东、陕西、山西、直隶八省。丙寅十六年（清同治五年，一八六六年）九月，在河南分为两路，赖文光统率东路军留在中原地区作战，以梁王张宗禹统率西路军入西北，连结陕甘回民起义军。这一枝军队，把历代农民战争流动性作战的战术，高度地发展为一种游击性运动战，以无敌的威势，在曹州杀死凶暴昭著的清科尔沁亲王僧格林沁，在钟祥俘虏淮军大将郭松林，在西安歼灭清陕西巡抚刘蓉部湘军於霸桥十字坡，在安陆打垮淮军名将刘铭传，在蕲水杀死湘军大将彭毓橘，威震清京，使曾国藩、李鸿章、左宗棠这班反革命大头子疲於奔命。但由於不能解决流动作战与根据地的矛盾，竟为敌人用书河圈地兜围战略所制。丁荣十七年（清同治六年，一八六七年）十二月，东路军先在山东寿光县弥河覆败。戊辰十八年（清同治七年，一八六八年）七月，西路军也在山东从
骇河覆败。己巳十九年（清同治八年，一八六九年）四月，留在陕西的西路军袁大斜部队，最後在保安县老岩窑全部牺牲。
在太平军覆没後，清朝统治者才得把兵力调去西南和西北镇压各族人民起义军。一八七二年（清同治十一年），贵州苗民起义军被镇压。明年，陕甘回民起义军被镇压。又明年，云南回民起义军也被镇压。太平天国革命运动至此结束。
八 太平天国革命永垂不朽
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