1847年
在大好形势下，肃顺左倾盲动主义却控制了朝廷。他们以神机军正蓝旗都统胜保为兵部尚书、江南剿总大臣，督师南昌，夺了曾帅的兵权，让他“实任湖广总督”。但实际湖广总督止管茶陵等湘赣边和湘鄂赣边数县，因此不过是被架空而已。他们又在理学大军中排斥异己，抓捕所谓“匪谍”、“甲乙团”等名目，杀害了一大批忠诚的理学门人。著名理学斗士白能等人在这次斗争中被靠边站。
虽然如此，但在塔齐布、罗泽南等人领导下，理学大军仍然取得了福建等战役的胜利，打破敌人第四次围剿，进入浙江、福建等地。
此时，我理学一团发展为二十四营12000余人，理学二团发展为十八营8000余人。理学四团发展为三十营15000余人。加上各地理学地方团练，理学大军已发展到近十万之众。
8月
广州楚逆见江宁发匪气息奄奄，大为惊恐，于该月调集匪共十余万，对我江西根据地发动猛烈进攻。我军猝不及防，又在胜保错误指挥下大打野战、会战，结果连战不利。虽然也打了一些胜仗，但到12月已被迫放弃江西根据地，进行长征。
1848年
1月
理学大军以江忠源、白能、杨载福三将留守江西【分别留守湘赣、赣南、湘鄂赣三大根据地，以江忠源为主帅】，主力三十营15000人与地方理学团练10000、神机军3000、驻防八旗5000，总计33000人从江西出发，开始长征。大军先后突破匪共三道封锁线，攻入湖南。
3月
江西乡绅和湖南幸存乡绅惧怕匪共报复，纷纷举家入营导致理学大军兵力*至于十万，战斗人员反而日减，战斗力日益下降，组织涣散。
同时，匪共采取“以静制动，重点防河”的战略，以各卫地方部队建立湘江防线，主力伺机而动，预备绞杀我军。
由于胜保的错误指挥，十万理学大军在湘江溃散，损失惨重，营官张运兰、彭毓橘【曾帅表弟】、刘腾鸿等十多人牺牲，猛将郭松林率众殿后，重伤被俘。好在匪共广威军与主力不和，消极应付，理学大军才得以突破湘江封锁线。
理学大军突围至贵州时，全军只剩下10000多人【其中2000人是胜保直属的正蓝旗神机军】，重武器几乎全部丢光。
4月
理学大军在贵州遵义召开军议。会议否决了胜保提出的向湘鄂西地区机动的错误方案，并谴责了他一年多来的错误路线，提出了入川与理学四团会师的正确方针。胜保固执己见，诸将于是联名上奏朝廷，要求将其罢免。
胜保惧理学门人兵变，遂率神机军、驻防八旗3000余人出走，由湘鄂西经湖北郧阳、陕鄂豫至河南府，返回北方。胜保这一路虽然没有匪共追击，但由于一路经行深山老林，加上匪共卫所部队骚扰，最终胜保部基本溃散，只剩下几百人跟随他突围成功。
经过分裂后，理学大军8000余人被重新编为十八个营【包括炮队一营】，分设前后锋、左右翼、中军，各设总统官一人、分统官二人。
5月
理学大军四度赤水，二占遵义，败匪共参将慕洛一、石祥祯所部。是役击毙匪共广威军悍将石祥祯，开创了全歼匪共一个营的先例，杀敌超过1000人，大大振奋了我军士气，并为我军跃进四川扫清了道路。
6月
云南昭通人李永和、蓝朝鼎等人的烟匪与贵州猫匪【苗人武装】、号匪【号军】及匪共广威军的呼应，声势渐大，攻入四川，竟至分兵六路，围攻成都。我理学四团应邀赴援，“反六路围攻”战役爆发。
苦战近两个月，我军击毙匪渠帅李永和、蓝朝鼎，重创贼军。贼军改由蓝朝顺、谢华瑶等指挥，退往泸州、叙州等地，此后又推到雅安等川边各地。
8月
理学大军强渡金沙江，分渡大渡河，翻越夹金山，与从成都赶来接应的理学四团顺利会师。
但会师后，鲍超见理学大军主力只剩下4000余众，人少枪差，而自己坐拥15000大军，遂生悖逆野心，试图吞并理学大军。然后仿效李鸿章税警团在两淮的所作所为，进而割据四川。
曾帅、罗帅、塔帅（塔齐布）等领导理学门人与其进行了坚决斗争，在屡次斗争无果的情况下，曾帅、塔帅毅然率3000余人越过草地，北上陕西。罗帅则仍率千余人留鲍超处，尝试劝其迷途知返。
9月
沙俄总督穆拉维约夫不顾欧洲发生1848大革命的形势，倒行逆施，发动九一八事变，侵占满洲。郑亲王端华率镶蓝旗力战不敌，退保山海关。
10月
曾国藩、曾国荃、塔齐布、李续宾等率众进入陕南，与新任陕甘总督张芾及其麾下由湖南籍理学门人刘蓉帮助建立的陕西理学团练会师，斩杀从云南窜至此地煽动的回匪任武，击溃回匪军“十八大营”，斩首40000余级。
至该年年底，我理学大军的兵力恢复到8000余人。
11月
九一八事变的消息传到西安，理学门人对肃顺的“不抵抗政策”纷纷表示极端不满，支持爱国领袖奕。
同月，因曾帅、塔帅等被肃顺等奸贼把持的朝廷以“失陷湖广”等罪名“革职查办”，理学团练也被勒令解散。理学门人对此万分愤慨，纷纷上书朝廷要求辞官归隐。理学大军同时改组为“北上抗俄先遣队”。
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