12月
京师太学生发动一二九运动，反对肃顺卖国政权，遭到压制。
理学门人纷纷表示声援。
同月，理学四团及四川官军与尾随理学大军主力而来的匪共主力在四川腹地激战三个月后不敌，被迫撤出成都，向川西撤退。鲍超不得不承认自己的错误，将理学四团交给罗泽南、彭玉麟指挥。此后，理学四团越过草地，击退甘肃回匪马化龙等人的阻挠，进入陕西与理学大军主力会师。此时，理学四团及突围的其他四川官军，只剩下约8000人。会师后陕西理学大军总兵力约有16000人。
1849年
3月
我军以李续宾为帅，率理学四团一部为基础组建的西路军十二营6000余人西征甘肃，企图打通与西域左宗棠的联系，取得驻阿富汗英夷的援助。然而，回匪受沙俄支持，作战凶悍，我军连战不利，于7月间全军覆灭，李续宾扮作乞丐逃回陕西。全军突围者不到1000人。
4月
理学大军主力8000人打出“清君侧”旗号，攻入山西，与神机军载桓、文祥部三个旗【镶黄、正红、正蓝旗】万余人激战1个多月，我军取得一定胜利。后因不愿两败俱伤而在朝臣调停下与神机军停战。在东征中，陕甘总督张芾不幸牺牲。
6月
曾国藩、罗泽南、塔齐布等人复官身，分任陕甘总督等实缺。
同月，曾帅派九弟曾国荃等设法进入西域，向割据当地的左宗棠求援。宗棠不纳，后更将之暗害。
8月
理学门人提出“停止内战，一致对外”口号，得到李鸿章、石达开、杨秀清、格拉斯顿等华夷有识之士的响应。但匪共和肃顺等人冥顽不灵，坚持攘外必先安内的主张，勾结回匪，对陕西理学根据地展开三面包围，又调石达开、端华、苗人凤部进攻陕西，先后攻陷潼关、汉中等地，进屯灞上。
10月
理学大军【此时已达15000余人】为维护团结，毅然放弃西安，北上延安。
12月
双十二事变爆发，楚逆、肃奸被扣，被迫答应停止内战，一致对外。抗俄民族统一战线成型。
1850年
1月
陕西理学大军改编为神机军第九旗，曾国藩兼都统。
3月
南方各省的理学团练改编为共和军新编第四师，骆秉章任总兵。
1850年7月7日，七七事变发生。爱国军人郑亲王端华、山海关总兵宋庆等率大清官军奋起抗击俄军和俄国扶植的*伪幕府军的猖狂进攻，但由于肃奸等人的错误地寄希望于英美“调停”，我军损失惨重，最终被迫放弃京师。
同月，发匪发生内讧，伪天王洪秀全指使伪自由王韦昌辉杀伪平等王杨秀清，后又杀韦昌辉，退出了抗俄民族统一战线，最终一步步沦为汉奸伪军。
8月，理学大军第九旗一万五千余人除李元度等三千人留守延安外，其余皆出师东征，进入山西参加抗战。
9月，肃顺挟持皇室南窜至洛阳。途中宣宗病逝，肃顺拥立奕宁为伪帝，年号“健道”，史称“健道帝”。
亲王奕间道进入陕西，进驻西安。
曾帅发表《论持久战》，重点驳斥了肃奸的亡国论和楚逆的速胜论，提出了持久抗战的正确主张。
10月，文祥、胜保等组织山西战役，失败。理学大军挺进太行山，建立太行山根据地，之后又挺进直隶等地，建立冀中、晋察冀等革命根据地。
发匪杨辅清在闽浙边，发匪韦俊在安徽池州，先后起义，加入我理学大军，先后被改编为新河蟹四师第五、第六营。
11月，肃奸发起第一次反理学*，指使胜保等人在山西、山东、直隶等地发起摩擦。
抗俄名将宋庆不愿附逆，率部数千人在冀鲁豫边起义，接受理学门人改造，称“抗俄决死队”，又称“理学新军”，后改名“理学毅军”。
同月，神机军镶蓝旗一部在马千山、方从哲等奸匪领导下投奔匪共，加入到对我摩擦的行列中来，率先制造了深县惨案。之后匪共各部纷纷跟进，在南方对新河蟹四师发起了平江、竹沟等多起惨案。
12月
两淮李鸿章见全国反理学逆流正炽，也加入反理学挑衅，被我*师白能、韦俊、程学启等部连合在黄桥击溃。
我军各部以白能为榜样，先后在各地发起有理有利有节的自卫还击，击退了肃奸、匪共及李鸿章等地方军阀对我理学门人的挑衅，捍卫了经世理学的尊严。
1851年
3月
由于匪共水师消极作战，俄军舰队驶入东海洋面，税警团水师迎战失败，遁入长江。
5月
徐州会战爆发。抗俄名将端华、罗泽南、苗人凤、陆达等共同领导下的大清各势力联军50000人【神机军四个旗18000，理学大军第九旗南下支队、新河蟹四师江北支队等八个营4000人，匪共两个师12000，税警团六个营7000人，其他如周天爵麾下绿营、张总愚麾下受抚捻匪等武装10000余人】在徐州台儿庄一线大败由露西亚特级公爵缅希科夫、*伪幕府步兵奉行小栗忠顺、发匪天忠侯李秀成、捻匪头目苗霈霖等人指挥下的俄、日、发、捻联军80000余人【俄军13000人，日军6000人，发匪40000人，其余为捻匪】。
徐州会战后，抗战进入相持阶段。
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