原来此时蒋介石虽已发动了反共的“中山舰事件”，“整理党务案”，但他羽．毛未丰，势力未厚，他不愿过早地破坏国共合作，引起国共统一战线破裂。更何况北伐在即，他需要共产党人来帮助他北伐，以扩大个人的威望。陈果夫清党“成绩卓著”，却没有用什么过激的手段来清除共产党，而是一点一点地达到了目标，并没有引起共产党的强烈反对。
在蒋介石看来，陈果夫反共确有办法。
1926年6月，广州国民政府任命蒋介石为国民革命军总司令，统率海陆空三军。
7月，国民党召开M届临时中央全体会议，承认蒋介石为中央党部军人部长，原任组织部长一职由陈果夫代理。
国民党中央组织部部长是个肥缺，陈果夫在短短的时间内，能得此肥缺，一方面固然是其反共有方，另一方面也确是蒋介石大力扶持的结果。因此陈果夫对蒋介石感激涕零，更加忠心地执行蒋介石的旨意。
陈果夫在出任组织部长之后，对部里的事务尽力避免与共产党下面接触，但暗地里，与代理国民党中央执行委员会主席的张静江相勾结，进一步实施“整理党务案”。
3．主办中央党务学校
陈果夫为了加强对国民党的控制和对共产党及其它党派的防范，决定对国民党组织部进行整顿和改组。为了培养一批新的国民党骨干分子，陈果夫决定成立一所中央党务学校，他们设想将党务学校办得像黄埔军校一样，成为一所政治专门学校。
“四一二”反革命政变后，7月，在武汉的汪精卫宣布同中国共产党决裂，高喊“宁可枉杀千个，不使一人漏网”，“本人愿为杀共之刽子手焉”，也开始了清党。
一时之间，“反共”、“清党”成了国民党内最时髦的口号。
4月底时，蒋介石在一次会上声称：前期“清党”虽以“极能捷严厉之手腕，扑灭共产党徒之逆谋，摒除共产党徒于党外”，但“各地仍有该党余孽暗中活动，或仍匿旧时共产党机关，藉口已经改组，巧自粉饰，或插入新兴团体，从中捣乱”，因此，还必须继续清党。
7月，蒋介石指令成立“清党委员会”。陈果夫、陈立夫表面没有在委员会中担任职务，但“清党委员会”的7名委员中，曾养甫、段锡明、吴倚沧、郑异、萧佛成等5人却是M陈的亲信，他们对二陈是言从计听，实际上二陈控制了“清党委员会”。
本来“清党”是由蒋介石首起，但汪精卫撕下“革命”的伪面具之后，不甘心“清党之功”为蒋介石一人所得，也极力想争夺“清党”之权。无奈“清党委员会”已为二陈控制，汪精卫实难插手。国民党中央组织部部长由吴倚沧代理，他是陈果夫一手提拔上来，也根本不理会汪精卫。因此，在蒋介石被桂系“逼宫”下野之后，蒋介石仍能通过二陈来“清党”，而汪精卫则无法介入。
1928年初，蒋介石重新上台，陈果夫被推暂时维持中央组织部部务。蒋介石再次强调“清党”是当务之急。陈果夫与蒋介石心意相通，遂在这年2月南京召开的国民党二届四中全会上极力鼓吹“清党”。
在这次会议上，陈果夫参加拟定的提案几乎占了会议所有提案的一半。这些提案系统的阐述了“清党”的理论、方法。程序。
陈果夫等认为：“清党时间倏逾半年，共产党之逆迹固以大暴国中，本党精神亦日就淹没”。在他看来，共产党员从国民党机关中清除出去，但现在国民党的组织形式，工作方法，所用理论均来自共产党。“是昔者以共产党操纵国民党，今则以国民党继承共产党”，因此，“非将容共期（指国共合作期）中之理论与方法，一举清之不可”。强调现行“清党”就是要清除共产党的理论与方法。
陈果夫首先强调要树立“自己的理论”，也就是被他们篡改了的三民主义。他攻击共产党的理论“为破坏，为阶级斗争，为反科学，为虚伪不择手段，为以民众为工具，为分裂三民主义为三个一民主义，为造成全民恐怖，为使中国产业由落后而至于绝灭，为这断中国在国际间取得平等优裕的机会，为打破国民革命军的基本力量以培植爪牙”。因此，非以自己的理论来反对共产党的理论不可。
会上陈果夫多次发言，陈述自己对于清党的主张，他认为，要使清党运动能收到实效。必须与整理党务结合起来，把整理党务作为清党的一个重要内容。为此，他与蒋介石、丁惟汾一起拟定了一个整理党务的提案交大会讨论。为了使清党有法可依，他又与蔡元培等人提出了《制止共产党阴谋案》等。这些提案对清党的理论、方法和程序进行了系统的阐述。
至于如何清党和整理党务。陈果夫等的提案作了具体的布置。第一、关于基本理论。他们提出国民党要树立自己的理论，为此要“制定管理党报及党的一切刊物条例”，以利于宣传“三民主义”。第二，关于组织。陈果夫等主张：“废除容共期内一切民众运动方式”；“严厉取缔农工间武装集团及潜伏暴动性之秘密结合”“各地畸形农工集团一概取消”；“取消各省党部以下畸形、残破的党部”：“省党部未正式成立时，由中央指定各省登记委员，专办全省党员登记，限期完成整理党籍工作”，“废止中央及各级之农民、工人、妇女、青年。商民等部，只设组织、训练、宣传三部，于必要时设特种委员会辅助之”；厉行监察委员会职权，监察委员会及指导中央及地方特种刑事法庭”。第三，关于整理党务的方法。陈果夫等提出：整理党务要经过四个阶段，即．总登记、总考查、彻底训练、彻底改组各级党部，先由中央成立考查委员会，考查各地曾任省级及与省同级部的委员；再由中央选派委员指导员组织各省党务指导委员会；然后由省党务指导委员会选派指导员组织各县市的党务指导委员会，分级考查各地的国民党党员。凡经登记合格者为预备党员；凡经考查合格者为正式党员；凡经长期考查与训练合格者为基本党员，在此基础上成立各地的国民党党部。
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