这次会议通过了陈果夫等人提出的各种提案，决定首先改组国民党中央机构，取消农民、工人等五个部，只设组织、宣传、训练三个部，并决定对国民党的各级党部进行整理，对党员重新登记。陈果夫在会上由于表现“出色”，被选为中央监察委员、民众训练委员会委员及常委。
会后，陈氏二兄弟即着手对国民党各级党部进行整理，他们决定首先从反共分子中选出“精英”人物，作为党务指导员，分派到全国各地主持清党。为此，他们对革命时期国民党内一些极右派人物逐一进行考查，凡是积极反动的，都被挑选出来，作为党务指导员的人选。然后让这些人参加中央组织部的各项工作和各种会议，使其熟悉环境，并从中观察其政治立场和工作能力。
经过一段时间的考查之后，二陈便从这些人中选出一些思想极端反共而又忠于国民党的“优秀”分子，担任党务指导员，分派到各地去主持清党。
陈果夫对这次行动非常重视，他把它看作是扩充陈家势力的好机会，所以这些党务指导员都必须对自己效忠，才能得以选用。在党务指导员出发前，陈果夫对他们逐一召见，反复交待，要求他们到各省市后认真考查挑选一批反共骨干分子到各县市担任党务指导员，指导各基层清党工作。
这些党务指导员到各地后，打着整理党务的旗号，将共产党员和国民党左派分子及异己势力全部驱逐出各级党部，重新进行改组，由二陈亲信们取而代之。这样，经过几年的时间，全国各省市的国民党组织完全被二陈所掌握，各地主宰党权的均为二陈的亲信。如江苏的马元放、浙江为张强、许绍棣、罗霞天、方青儒、郑异、叶溯中、胡健中，安徽为余凌云、张德流、魏寿永、湖北为文毓英、杨锦昱等，江西为王冠英、刘家树、李中襄，河北为陈访先、詹朝阳、胡梦华，山东为赵伟民等，河南为陈伴岭、王星舟、李敬斋、张廷休，陕西为宋志先等，甘肃为田昆山、凌子惟等，黑龙江为王宪章、王秉钧等，察哈尔为马亮、刘诚宜、郭境恺等，绥远为赵允义、孙国英等，宁夏为沈德仁，青海为燕化棠、方少云、李天民，南京为方治，上海为潘公展、音行白、陶百川、陆京士、吴开先，北平为陈石泉、庞镜塘，青岛为李汉呜等，汉口为李翼中、吴企云、单成仪等。这样，二陈通过这批亲信实际控制了全国各地的国民党组织。
在整理各级党部的同时，陈果夫还对国民党党员进行重新登记。为了从严把关，陈果夫命令各级党部在党员登记期间一律停止活动，听候中央派员整理，所有党员一律重新登记。
党员登记时，应慎重考查，曾经加入本党以外的任何团体者，必须切实声明与该团体脱离关系。登记的党员必须绝对遵守纪律，不得违反党纲党章及一切决议案之主张，必须绝对服从党部之决议及命令。在登记过程中，所有国民党员均要填交审查表，审查表中有关于政治信仰的栏目。根据陈果夫的指令，填表者要在这些栏目中回答到三民主义及共产主义的认识并加以区别，审查机关将以此来测验填表人的政治倾向，这是决定其登记与否的一项重要标准。然后审查机关派员开展调查，在调查基础上进行评审。凡发现有共产党嫌疑或亲共言行的，由军警部门配合，进行清除、缉拿、逮捕、关押直至杀害。通过这种手段，陈果夫不仅从各级国民党组织中清除出共产党也清除出国民党左派及异己分子。这样，孙中山所创建的国民党，从组织到成员，其性质都发生了质的变化。
陈果夫在全国主持清党运动和整理党务的同时，为了加强对国民党的控制和对共产党及其他党派的防范，决定对国民党组织部进行整顿和改组。在部下只设普通组织科、海外组织科、军人组织科、编审科、调查科、总务科等。其中尤以调查科最为重要，陈果夫将该科进行扩充，调进一些亲信，并由陈立夫任该科主任。陈果夫通过这次改组，把国民党组织部牢牢控制在手中，其中主要成员多为二陈派人物。
调查科的主要任务就是收集党内各种资料，及党员状况材料，打击和镇压共产党人及国民党内反蒋派系。
陈果夫通过清党，不仅捕杀了大量的共产党人，而且也对国民党其他异己势力采取逮捕、杀害，如改组派成员王乐平。唐有壬，政学系头目杨永泰等均被暗杀。而陈果夫正是在主持清党中发展了自己的势力，日益得到蒋介石的信任，在国民党中的地位也日益巩固和提高。1929年3月，国民党三全大会上，在蒋介石的帮助下，陈果夫当选为国民党执行委员会委员、三届一中全会被推为常委、组织部副部长，在此前当选为国民政府委员、监察院副院长。陈立夫也由一无名小卒跃为国民党中央执行委员，还当上了中央秘书长。二陈手下的曾养甫、余井塘、张道藩、程天放等都进入中央执行委员会，张厉生余井塘担任了组织部的秘书。二陈势力在国民党内扶摇直上，咄咄逼人。
据陈果夫的亲信庞镜塘在解放以后回忆：
“自1927年蒋介石发动‘四一二’大屠杀之后，国民党中央及各省市党部都组织有‘清党委员会’，以贯彻其彻底清除进步力量的阴谋策划。在中央方面，以中央执行委员会组织部为主，成立五个人的委员会，专任党内排除异己的勾当，除于‘四一二’在上海和各地实行搜查检举，进行大规模的大屠杀外，对党内具有进步思想或在某些表现上同情共产党，反对过蒋介石的成员都诬为‘反动分子’，多方进行搜查和检举，罗织‘叛党’的罪名，加以杀害或长期关押。例如在广州‘四一五’以后，杀害了萧楚女、熊雄、安体诚等。过了几年，还在天津捕杀了韩麟符。又长期关押黄埔军校第五、六期的学生多人，直到其自首或叛变革命以后才予以释放。在其他各省市，持续至一二年之久，还在多方进行迫害，必至置诸监狱而后已。就全国范围而论，被害的人数，竟至以数万计。
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