1942年5月，德国占领当局承认了新的乌克兰自主正教会，占领当局为了提高自己在居民中的声望，在乌克兰占领区开设正教教堂，同时又害怕俄罗斯正教教会的威望增长。德国人在分裂自主派教徒的帮助下，希望“分而治之”的乌克兰政策原则能够得以实行。新“教会”在占领早期（1943年之前）得到了德国占领者的广泛支持。但具有乌克兰民族主义共同思想的弟兄们，即班杰拉分子、梅利尼克分子和其他匪徒组织起了更大的作用。乌克兰自主正教会成了主要是反对本国人民的作恶多端的乌克兰分离主义分子的思想鼓舞者。在沃伦，在乌克兰民族主义组织的帮助下，自主教派对遵守教规的乌克兰正教大搞恐怖活动。许多不愿皈依乌克兰自主正教会的教士和俗家人成为恐怖行为的牺牲品。弗拉基米尔—沃伦主教马努伊尔（塔尔纳夫斯基）被班杰拉分子绞死，几十名拒绝同分裂教派合作的正教神甫受到了兽行的折磨。
乌克兰民族主义者和乌克兰自主正教会领导之间的联盟十分巩固，结果又影响到德国当局对乌克兰自主正教会的态度。这之后，到了1943年，班杰拉分子终于明白，希特勒分子实际上根本不想建立什么“独立的”乌克兰国，于是分离主义者开始对德国占领军展开行动。在这种条件下，乌克兰的德国当局只好停止以前向分裂自主教派提供的全力支持。
1943—1944年间红军向乌克兰顺利进军，将乌克兰从希特勒手中解放出来，使自主教会的分裂运动在罗斯正教会合乎教规的领地上彻底覆没。乌克兰自主正教会几名“主教”逃往国外，乌克兰领土上所有的分裂运动教区无一能继续存在，全部归入罗斯正教会的管辖之下。
二战以后，乌克兰西部领土上建立起一些主教辖区：利沃夫—捷尔诺波尔辖区、伊万诺—弗兰科夫斯克—科洛梅亚辖区和乌日哥罗德—穆卡切沃辖区。这些辖区的宗教生活十分活跃。赫鲁晓夫的迫害虽触及乌克兰西部某些主教辖区，但程度并没有其他辖区那么严重。甚至赫鲁晓夫在全苏掀起关闭教堂的浪潮之后，1960—1980年期间，仅利沃夫—捷尔诺波尔一个主教辖区（莫斯科大牧首辖区内最大的主教辖区）仍然还有两千左右个祈祷所，超过了俄罗斯教会社团总数的1／4。
这些祈祷所大部分集中在乌克兰西部，上面已经谈到，这个地区几乎没有被宗教镇压活动所触及。这首先与下述事实有关，即乌克兰西部各州于1939年才归入苏联，很快便发生了伟大卫国战争。所以苏联只能在战后才开始在加里西亚进行改革，这是很自然的事。战后反宗教宣传曾一度偃旗息鼓，关闭教堂的运动也停止了。因此，当地的宗教生活并未遭遇到战前俄罗斯和乌克兰东部那种毁灭性的破坏。合并派教会于1946年在利沃夫大教堂的自行解散，对这种局面的出现也起了很大促进作用。
自主教会派第三代的出现，也同乌克兰西部民族主义情绪的爆发有关。在时间上则与教会合并运动的复兴相吻合。据搞起这一新的分裂运动的人当年解释，他们必须为希腊天主教派设立屏障。据他们讲，自主教派的思想剥夺了对教会合并派有利的最有分量的论据，即乌克兰教会的“民族”性质。不过很快便弄明白了，合并派也好，自主教会派也好，都是同一现象，即乌克兰分离主义的产物。不错，他们针对的是居民中的不同阶层。不管是那些世代承认在乌克兰西部已有300年历史的合并教派、主张把它作为民族宗教的人也好，还是那些认为正教是父辈信仰的人也好，他们归根结底都是上了民族主义的当，而决不是什么在教义方面、神学方面、信仰方面乃至仪式方面出现争论和分歧的问题。
因此，有一点很重要，即乌克兰“人民鲁赫运动”的纲领中，有一章专谈宗教问题，其中有一句话，叫做必须为“斯大林势力所破坏的乌克兰天主教会（即1989—1990年间被称为乌克兰希腊天主教会的）和乌克兰自主正教会的法律地位正常化而斗争”。而且，加里西亚的许多政治家都认为，乌克兰自主正教会复兴的前景，比教会合并运动复苏的前景更为诱人：自主分裂运动对乌克兰东部具有潜在的输出能力，现象的发生指日可待，因为那里居民传统上都是正教徒，合并教派的主张得不到明显的响应。
加里西亚教会分离运动与右派政治家联系密切，正是这一运动使乌克兰正教自主教会1921年的思想得以复活。新的分裂运动从一开始就提出了两个独特的口号：“罗马不是我们的父亲，莫斯科也不是我们的母亲”，“独立的国家须有独立的教会”。
1989年2月份，在“鲁赫”的积极支持下，恢复乌克兰自主正教会创始委员会开始在基辅活动，该委员会确认同1921年的乌克兰自主正教会有继承关系，并号召乌克兰教区脱离莫斯科大牧首管辖。1989年8月，利沃夫彼得保罗教堂主持、大祭司弗拉基米尔?亚列马宣布他的教区脱离罗斯正教会管辖，嗣后分裂活动开始壮大。活动决定在两个方向上展开：在俄罗斯教会主教中寻找一位“反水”的高级僧正，同时跟侨民圈子和境外保留的“教会”建立接触。
但是，“圣弗拉基米尔教会两大分支”（乌克兰民族主义者经常这样来称呼乌克兰自主正教会和乌克兰希腊天主教会）的特殊合作关系并没有能够出现。乌克兰希腊天主教会起初对自主教会的分裂运动十分反感，觉得它在垄断民族主义思想方面是自己的竞争对手。
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