为了提高威信，分裂派教会非常需要一名高级僧正。没有高级僧正，即使连合乎教会法规的假象也难以造成，更不可能扩大队伍。结果这个反水的高级僧正找到了，他就是前日托米尔和奥夫鲁奇主教约安（博德纳尔丘克），他曾受到莫斯科大牧首辖区很大的委屈。这使他同意附和分裂运动。
11月份，博德纳尔丘克通电声明自己脱离俄罗斯教会主教团。有人对他进行过说服工作，但未能收效。1989年11月罗斯正教会神圣正教院邀请约安出席会议，但他两次通电拒绝前往莫斯科出席自己的案件审理。这之后，约安因分裂活动，被罗斯正教会神圣正教院剥夺其高级僧正教职和僧侣资格。
尽管如此，博德纳尔丘克对此置若罔闻，继续参加分裂运动。自主教会分子同教会合并派分子一样，由于得到民族主义思想狂热分子的广泛支持，在加里西亚人中逐渐赢得声望。这使分裂运动分子很快便开始强行侵占罗斯正教会的庙堂，希腊天主教派早就是这样干的。
1990年1月30—31日莫斯科召开罗斯正教会高级僧正大会，对乌克兰西部教会间对抗问题给予严重关切。会议向苏联最高苏维埃主席戈尔巴乔夫致电，呼吁“立即制止”教会合并派和分裂运动极端派的“强暴和非法行为”。会议对分裂运动和教会合并运动给予同样的评价，认为它们并非宗教现象，而是政治现象。
还有一点很重要，即乌克兰西部各主教辖区除了公开拥护乌克兰民族主义之外，还有不少教士一方面是真诚的正教徒，一方面又认为，授予罗斯正教会乌克兰督主教辖区以合乎教规的自主教会地位，可防止乌克兰教会合并派和分裂派的进攻。
乌克兰西部各主教区的教士纷纷致函神圣大牧首皮缅和当时的基辅都主教、乌克兰督主教菲拉列特（杰尼先科），呼吁授予督主教辖区以自主教会权。1990年 1月 30—31日罗斯正教会高级僧正大会对此的回答是：授予乌克兰督主教辖区和白俄罗斯督主教辖区以更大的自主权。
督主教辖区的新状况，要求在罗斯正教会允许的范围内，向该辖区提供相当大的自主权，但它们仍然是俄罗斯正教教会的组成部分。督主教辖区除新名称之外，还获得自主建立正教院的权利，该正教院拥有最高司法权、立法权和教会执行权。督主教辖区还拥有巨大的独立财权，在分裂派分子总是断言说似乎乌克兰教区的经费全被莫斯科掏空的情况下，这是个十分重要之举。就实质而言，各督主教辖区成为大牧首辖区范围内的自治教会。
与此同时，加里西亚的宗教战争却越演越烈。到1990年年中，捷尔诺波尔没有一座庙堂还留在罗斯正教会管辖之下：庙堂全部落入教会合并派手中，其中包括建于布列斯特教会合并派出现以前——1540年的一座教堂。
1990年5月3日，莫斯科和全俄罗斯神圣大牧首皮缅（伊兹韦科夫）辞世。这位至圣于80高龄辞世。自主教会人士大概害怕俄罗斯教会的新教首会是一个精力充沛的年轻人，将同分裂运动的扩散开展有效对抗，于是决定趁莫斯科大牧首位子空缺之机，立即展开活动。
1990年6月份，分裂运动分子集聚在基辅，举行所谓“全乌克兰自主正教大会”。他们在会上表现出十足的目无教规，竟然决定不仅要宣布成立自主教会，而且还要选举“基辅大牧首”。美洲自主教会首脑、年迈的姆斯季斯拉夫?斯克里普尼克当上了这名大牧首。分裂派分子当时把他树为分裂运动的一面旗帜。由于他当时身在美国，未能亲临会议，所以是缺席当选。约安（博德纳尔丘克）成为“大牧首宝座护法”。
苏维埃乌克兰当局对分裂派分子的活动没有起任何劝阻作用，有这样一个事实可资证明，即他们首开先例，向分裂派“大会”的参加者提供罗斯正教会的圣地——基辅圣索菲亚大教堂，以作举行亵渎神明的“祈祷仪式”之用。须知，圣索菲亚大教堂至今仍是文物保护单位，是一座博物馆。
乌克兰发生的教会骚乱，是促使罗斯正教会不得不在牧首皮缅逝世未过40天之际便紧急进行新教首选举的原因之一。
各教区主教联席会在其决定中谈到了乌克兰十分复杂的宗教局势。会议指出，教会合并问题使罗斯正教会同梵蒂冈的相互关系紧张到极点，破坏了正教和天主教继续顺利对话的希望。
会议还谴责了破坏乌克兰西部教会和平的乌克兰分裂自主教派的行动，指出，乌克兰正教会“实行自我治理的公正意图，未能在保留教会统一教规的框架下实现，而是走上了一条错误道路，必须承担由此产生的一切极其有害的后果”。各教区主教会议强调指出，乌克兰正教会在获得广泛独立的同时，不仅仍然处于莫斯科大牧首辖区之内，而且同各教区所有正教教会的关系也必须合乎教规的规定。
选举莫斯科和全俄罗斯新牧首，对自主教会分裂运动以后的命运也有间接关系。大牧首皮缅逝世后，基辅和加里西亚都主教、具有牧首地位的乌克兰督主教菲拉列特于1990年5月3日就成为遴选大牧首期间牧首宝座的临时监护人。就地位而言，基辅督主教是罗斯正教会大牧首以下的第二位高级僧正，是神圣正教院常任成员中最有影响力的人物。根据传统，都认为临时监护人最有可能当上未来的大牧首。
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