黄子澄像朱允炆部署兵力，奋力平叛。尽管燕军气势汹汹，但鏖战三年，仅据北平、保定、永平三郡而已，战争出现僵持局面。这时一些被朱允炆处罚过的不法宦官向朱棣透露了京师空虚的情报，并表示愿充当燕军内应。朱棣正确分析了形势，觉得只要朱允炆在一天，地方军队就会抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻占南京、成为一国之君后，相信也没有多少人反对。于是朱棣改变了以往攻城夺地的战略，率军直捣南京。
建文四年(1402年)6月，燕军渡过长江，兵临城下。此时的建文朝廷已乱作一团，很多地方将领按兵不动。齐泰、黄子澄借募兵为由，离京奔广德、苏州。左都督徐增寿密谋私通朱棣作为内应，被朱允炆察知，亲手将他砍死。守卫金川门的谷王朱穗和大将李景隆私自开门降燕，让燕军杀入城内。朱允炆闻报，流泪说道：“朕未曾薄待朱穗、李景隆等人，他们竟在紧要关头背叛于朕。”
忠于朱允炆的御史连楹假意投降朱棣，挨近朱棣马前行刺不成，被朱棣所杀。朱允炆听说后叹道：“如此忠臣，朕却不重用，这是朕的过错，悔之不及，朕还不如一死以殉社稷。”说完拔刀就要自杀，被左右死命拦住，无奈之下，只好下令纵火焚毁皇宫。
朱棣杀入宫中，搜寻了三天，始终没有找到朱允炆，追问内侍，他们也不知朱允炆是死是活，只知道他下令纵火后就不见了踪影。
结局之谜朱允炆事前绝对没有想到，自己会因削藩而失去帝位。但是，当燕王朱棣攻下南京后，朱允炆的结局到底怎样，也就自然成为人们关注的焦点。由于朱允炆结束了朱元璋的严苛统治，并力行宽政，深受好评，因而他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外为人们所关注。但令人遗憾的是，迄今为止，关于朱允炆的下落仍是众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。一般来说，有以下三种说法：
自焚说。据永乐年间《太宗实录》和《明史稿》的记载，燕王朱棣兵临南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕军入城，满朝文武纷纷投降。眼看大势已去，他不得已下令焚宫，并携皇后马氏跳入火中自焚，妃嫔侍从等大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允炆的下落。宫内侍人都说朱允炆已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体作证明。燕王朱棣见到尸体，分不清男女，只得“以天子礼葬建文皇帝”。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝孺传》均持此说。
削发为僧说。清代名人吕安世和近人蔡东藩等认为燕军破城后，朱允炆无可奈何，遂想一死了之。此时太监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你，我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了朱允炆等三个人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”据此，三人剃了头，换上了僧衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门。仅容一人出入，外通水道，朱允炆弯着身子出了鬼门，其他人随之。出了鬼门后就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向朱允炆叩首称万岁。朱允炆问他怎么知道自己有难，僧人答道：“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”据此，朱允炆削发为僧，继承了祖业。
壮志未酬失帝位 不知所终千古谜(3)
南洋说。有传言说，燕军破城后，朱允炆泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。后来，朱棣担心朱允炆纠集当地的中国人，或是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为探寻建文帝踪迹。据《明史》记载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹，就不得而知了。
关于朱允炆结局之谜，民间仍有很多解释和传说，绝不止上面列出的几种。近年来，随着对朱允炆出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信他并未自焚而是削发为僧出亡或漂洋出海的人渐渐多起来，台湾地区有学者甚至出版了《明惠帝出亡考证》一书。当然，到底朱允炆的结局怎样，由于没有确凿的证据，至今仍是一个难以解开的谜团。
文治武功名垂史册 篡弑屠戮任人评说(1)
文治武功名垂史册篡弑屠戮任人评说——明成祖朱棣
明成祖朱棣像明成祖朱棣(1360～1424)是明朝历史上的第三位皇帝，开国皇帝朱元璋的第四子，11岁被封为燕王，21岁就藩北平，40岁以“靖难”名义兴兵，四年后从他的侄儿朱允炆手中夺得了大明江山，改年号为“永乐”，故历史上又称为永乐皇帝。朱棣性格颇像其父朱元璋，一生在位22年，其文治武功也不亚于朱元璋，是继朱元璋之后又一位具有雄才伟略的明朝皇帝。尽管他立有不世之功，创造了明初盛世，但他多疑嗜杀，好大喜功，因而是历史上争议颇多的一位帝王。
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