此时已经自顾不暇的元惠宗，对于祖先所尊崇的萨迦派的败亡自然无可奈何，只得承认既成事实，封绛曲坚赞为大司徒，承认其在西藏的地位。
受封于元朝的帕竹政权后又受到明王朝的承认，历任统治者都称为“第悉”，一直稳固的控制着西藏的教派和诸侯。
直到藏传佛教不世出的传奇人物——宗喀巴的出现。
15世纪初，看到佛教徒们沉沦于享受和奢靡，藏传佛教一代宗师宗喀巴倡导宗教改革，提出喇嘛遵守戒律，重苦行，禁娶妻，并制定僧人的生活准则、寺院的组织体系、学经程序和是非标准等等。
无论哪种宗教，一旦进行改革，便会出现分裂，便会有新的教派产生。藏传佛教也不例外。于是，一个新的教派，藏传佛教最大的宗派格鲁派——也就是通称的黄教，应运而生。
藏语“格鲁”是善律的意思，该派强调严守戒律，故此得名。创建之初，格鲁派受到帕竹政权阐化王扎巴坚赞的庇护，发展顺利。1409年，宗喀巴在帕竹政权支持下，在拉萨发起大祈愿法会，显示其权威地位，同年建甘丹寺为主寺。
1419年，宗喀巴圆寂，弟子们本着大师遗愿，发扬其宗风，又分头建寺。先后建立哲蚌寺、色拉寺、札什伦布寺，与甘丹寺一起合称为卫藏四大寺。各寺内均成立学院，分科修学显教，此后又相继成立了上下密乘院。
有四大寺为根基，格鲁派的僧众信徒日益增多，势力日渐扩张。
福兮祸所倚，宗教改革会产生新的教派，便难免和旧教派产生内矛盾，轻者分道扬镳，严重便会发生宗教战争。
格鲁派是藏传佛教各宗派中出现最晚的一个，而发展却最为迅速。随着它的日益壮大，其它教派都或明或暗的进行着破坏和打击。其中，反对最激烈的，是噶玛噶举派。
噶举派是藏传佛教的重要宗派之一。藏语“噶举”中的“噶”字本意指佛语，而“举”字则意为传承。故“噶举”一词可理解为教授传承。这宗派历史悠久，形成于“佛法后弘期”，也就是宋朝初年。经过多年演变流传，逐渐形成香巴噶举、达波噶举、噶玛噶举、蔡巴噶举、拔绒噶举、帕竹噶举等派。
而噶玛噶举派是噶举派中势力最强、影响最大的一支派别，其创始人都松钦巴在临终时口嘱他要在人世间再次转世，让后人教法继承者到时要寻访认定转世灵童。从而开创了“活佛转世”之先河。
这么一个树大根深的教派自然不愿意格鲁派压自己一头，不但在教法上处处与之争论，还想将格鲁派彻底铲除。
可打击格鲁派，就必须消灭其身后的支持者——帕竹政权，噶玛噶举派对此没有办法。而此时，帕竹政权的家臣仁蚌巴家族也在希望架空主家夺取政权。两者一拍即合，联起手来。
1462年，年仅3岁的阿旺扎西扎巴登上第悉宝座，这么小的孩子自然不能治国。于是，掌管仁蚌巴家族的措杰多吉以摄政官的名义管理帕竹第悉的政务。这样少主强臣的格局在历史上实在出现得太多，最后的结果也很相似。
从此之后，仁蚌巴家族掌握了前后藏的统治权，帕竹政权仅剩下了一个名义。措杰多吉在担任摄政官期间，将尊崇噶举派，压制格鲁派作为既定国策。
1503年，仁蚌巴家族的权力人物顿月多吉在拉萨附近的萨纳玛地方，为噶玛噶举派兴建了规模很大的图丹曲科尔寺，以此来压倒黄教的——色拉、哲蚌、甘丹三大寺。
格鲁派失去了靠山，在仁蚌巴家族和噶玛噶举派的打压下举步维艰，只能在暗地里对他们进行诅咒。
也许是诅咒应验，仁蚌巴家族很快遭到了报应。靠架空主家得势的仁蚌巴家族又被自己的属臣辛厦巴家族捅了一刀。
1563年，辛厦巴家族的首领才旦多吉对仁蚌巴家族发动反乱，并屡屡战胜仁蚌巴家族的军队，最后取仁蚌巴家族而代之，成为西藏的实际统治者。
格鲁派的大敌仁蚌巴家族倒台了。可前门走了狼，后门来了虎，辛夏巴家族比仁蚌巴家族更推崇噶玛噶举派。格鲁派的危机不但没有减轻，反而日益加深了。
二、黄教保护者——持教法王
也许是佛祖确实眷顾格鲁派，正当他们对自己的将来深感忧虑时，蒙古土默特的俺答汗开始频送秋波。
俺答汗虽然将自己的部落经营的无比强大，连蒙古共主都对其退避三舍，但因为只是旁支而无法获得成为全蒙古可汗的合法性。在得知黄教的转世说可以帮助自己达成心愿后，立即表现出极大的皈依热情。
早在1574年，俺答汗便邀请格鲁派教主索南加措到自己的治所，而索南嘉措深知吊足对方胃口的好处，没有接受邀请，只是派自己的持律师尊追桑布前去。
俺答汗果然更为热切，再次派侄子到西藏，再三恳求。为了表示虔诚，还在青海湖畔修建了“仰华寺”，并亲自前往青海迎接。
再矜持下去，就会适得其反。索南嘉措不再推辞，答应会面。
双方都是久旱盼甘霖，在仰华寺见面后一拍即合，甚为投缘，举行大法会，并互赠封号。三世达赖封阿拉坦汗为“彻辰汗”，俺答汗封三世达赖为“达赖喇嘛”①。
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