1668年，尤勒巴尔斯率军进逼叶尔羌城，对父亲展开最后一击。面对儿子的大军压境，毫无抵抗能力的阿卜杜拉哈汗以“朝圣”的名义出走麦加，凄凉的结束了自己的“中兴”。尤勒巴尔斯进入叶尔羌宣布自己为汗，开始大肆迫害黑山派教徒。
可树大根深的黑山派决不会如此就范，在阿卜杜拉哈汗出走之后，黑山派便到准噶尔迎回了伊斯玛依勒王子，宣布他为可汗，不承认由白山派拥立的尤勒巴尔斯汗。
双方的军队多次交战，尤勒巴尔斯汗均都失利，危难之中准噶尔汗国的第二任汗王僧格派军队支援，勉强维持了平衡，尤勒巴尔斯汗在外国的帮助下稳定了局势，继续迫害黑山派。
世界上是没有免费的午餐的，僧格派援军来并不是义务帮忙，而是为了颠覆汗廷，吞并叶尔羌。尤勒巴尔斯汗直到准噶尔军协助手下贵族冲入汗宫把刀砍向自己的时候的时候才明白，但已经太晚了。贵族们拥立他的儿子阿卜杜·拉提夫为汗，这仅仅是个傀儡。
驻军在阿克苏的伊斯玛依勒王子听闻汗廷有变，迅速率军前往叶尔羌，用切断水源的方法迫使叶尔羌开城投降，1670年4月2日他被宣布为可汗。准噶尔军在叶尔羌四面楚歌，无法立足，撤回了本土。不久，僧格在一次宫廷政变中被杀，准噶尔内乱，无力南顾，白山派在国外的靠山也倒了。
黑山派在遭到两年的迫害后，终于扬眉吐气，开始反攻倒算，对白山派进行血腥屠杀。白山派保护阿卜杜·拉提夫汗逃到自己的大本营喀什噶尔，希望在此割据。但黑山派鼓动伊斯玛依勒汗乘胜追击，迅速将之攻陷。阿卜杜·拉提夫汗和所有尤勒巴尔斯汗的儿子全被处死，白山派教徒遭到残酷迫害，和卓伊达耶提拉逃亡到印度。
伊斯玛依勒汗开始了自己的统治，当年他是阿卜杜拉哈汗抑制权贵，加强中央汗权的牺牲品，但在自己当上可汗后，也完全仿照哥哥的做法。黑山派和卓玛木特重新成为汗国无可争议的大教长，敌人白山派已经元气大伤，连和卓都流亡到国外了，还能有什么作为？
伊斯玛依勒汗和玛木特和卓都可以露出胜利的微笑了。
先露出笑容的人，往往不是胜利者。谁笑到最后，谁笑得最好。
〖①《清世祖实录》，卷130，顺治十三年九月丁未〗
十、佛教徒的征服
伊斯兰教的崛起史，也是众多其它宗教的灭亡、衰落或与之争斗的历史。
基督教、佛教、袄教等等宗教均受到弯月战刀的强有力打击。袄教最先衰落，但反抗相当激烈，即使是萨珊波斯帝国灭亡后，袄教教徒仍还刺杀了阿拉伯帝国第二任哈立法欧麦尔，为自己的宗教唱响悲壮的挽歌。基督教的抗争更为激烈，不但顶住了征服，还进行过一系列例如十字军东征这样的反征服。到了近代，更是咸鱼翻身，成为所有伊斯兰教国家的噩梦。
只有佛教，命运最为悲惨，非暴力、宽容和出世的佛教在穆斯林的征服面前毫无反抗之力，玄奘法师取经所经过的中亚、印度这些原本佛寺林立、香烟缭绕的地区被扫荡的只剩断壁残垣，佛徒们要么被屠杀，要么流散异邦。佛祖降生之地，佛教反而一蹶不振。
叶尔羌汗国前身的东察合台汗国原本也是以佛教为主要宗教的，吐鲁番还是中亚重要的佛教中心，但随着汗王们信奉伊斯兰教，也付与尘灰了。萨亦德汗建国之后，便对乌斯藏进行了圣战，要不是高原病使得他中道崩殂，藏传佛教的历史恐怕也会改写。
对穆斯林来说，佛教徒简直就是任自己宰割的羔羊。
但在叶尔羌汗国后期的衰乱中，佛教的信徒准噶尔人频频发动进攻和煽动内乱，无论是可汗、和卓还是贵族将军们都头疼不已。直到伊斯玛依勒汗夺取汗位，将国家安定下来，佛徒们的压力才似乎减少了。
然而，这只是暴风雨之前的宁静，一场世界上唯一的佛教徒对于穆斯林的征服战争即将开始。
伊斯玛依勒汗接手的汗国是一个地道的烂摊子，且不说战乱造成的经济凋敝、民不聊生，就是贵族、教派之间的矛盾也是暗潮汹涌。为了安定局势，他重新任命官员，大力打击白山派，避免出现势均力敌的政治和宗教派别。同时，安集流民，修复被毁坏的道路桥梁及清真寺，让百姓们安居乐业。
很快，汗国出现了“小康”局面，与中原王朝的朝贡关系也重新恢复。1673年，康熙皇帝接待了久已不来的叶儿羌汗国的使团，笑纳“西马四，蒙古马十五，璞玉千斤”①的丰厚贡品。在康熙皇帝心目中，这应该是一个恭顺而又富足的国家。
伊斯玛依勒汗尽到了自己最大的努力来复兴国家，他的才能本是足以成为第二个中兴之主，延长汗国的国祚的。
但人要成功，除了智慧、辛劳和不懈的精神之外，最重要的，还要有些运气。所谓人定胜天，只是人们自大时的幻觉而已。就如历史上那么多马上民族兴起，匈奴的冒顿单于，突厥的颉利可汗，吐蕃的松赞干布赞普都是一时英雄，却没有建立如成吉思汗那么宏大的基业。其原因，便是与他们同时代的，出现了和他们相当或更强的如汉高祖、唐太宗这样的不世雄主。成吉思汗崛起时所有老大帝国都在衰落的千年难寻的好运气没有出现在他们的时代。
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