如按噶尔丹的战法，应该在酣战之时，派出奇兵袭击清军侧后。但清军兵多，进攻持久不断，准噶尔军能够坚守营盘已经不易，根本没有兵力实施奇袭。
双方战士混战一天，各自均有损失。清军始终不能摧毁准噶尔军的抵抗，时至傍晚，双方罢兵。
经过一天鏖战，噶尔丹明白在人数的劣势下陷入消耗战，对准噶尔军极为不利。自己无法战胜清军，只能在尚未受到重创时尽快退出战斗。于是先后派伊拉古克三活佛和济隆活佛到清军大营，面见抚远大将军福全，提出休战，表示愿意撤退到有水草之地等待议和，希望福全能下令清军各部停止攻击。福全也感到准噶尔军骁勇，难以一战而胜，打算等由盛京、乌喇、科尔沁等地前来的援军到来后再进行决战，便同意暂时休战，准备议和。
噶尔丹争取到休整时间后，于当天夜里，便率部迅速撤离乌兰布通，自什拉磨楞河载水横度大碛山，连夜遁走刚阿脑儿，成功撤离。等到福全发现上当，派军追击时，准噶尔军早已不见踪影。
乌兰布通之战落下帷幕。此后的160余年间，作为清帝国首都的北京再也没有收到过外敌的威胁。直到1854年，由南而北攻来的太平军逼近保定，才又一次让京城的官民尝到了戒严和慌乱的滋味。
正史上，都说清军在乌兰布通重创噶尔丹，使其一蹶不振。实际上，参看众多当时在中国传教士的笔记和日后清朝的记载，噶尔丹并未受到严重损失，可说全身而退。而使他的人员、牲畜损伤殆尽的原因，却是在回军科布多途中遭遇的瘟疫。回到大本营时，所部仅剩数千人。
明朝因为天灾连年、瘟疫盛行导致内部农民起义给予清军入关的机会，北元林丹汗在青海准备东山再起时遭到瘟疫英年早逝，如今，噶尔丹也被瘟疫打击。冥冥之中不可捉摸的天意，足可让读史者浩叹。
好不容易保住主力的噶尔丹，却被天灾夺走了自己大半的战士和给养，心情的郁郁可想而知。
然而，更让他想不到的打击还在大本营等着他。
〖①金巴道尔：《水晶鉴》
②《清圣祖实录》，康熙二十九年十二月辛未
③（苏）伊·亚·兹拉特金著，马曼丽译《准噶尔汗国史》，277页，商务印书馆
④刘献庭：《广阳杂记》，卷一
⑤（清）温达等撰：《亲征平定朔漠方略》，卷七
⑥（法）白晋：《康熙帝传》，清史资料（第一辑），247页，北京，中华书局，1980〗
八、博硕克图汗之死
1691年，待带着一路的风尘和损失惨重的沮丧回到科布多时，噶尔丹发现自己几乎无家可归。
在他与清军血战的时候，策妄阿拉布坦偷袭了科布多，不但将财物、牛羊抢掠一空，还将他的妻子阿奴、丹津鄂木布等人全部俘虏带走。
双重打击之下，噶尔丹完全陷入困境。
所幸，有一个值得依赖的同窗好友，在他最困难的时候雪中送炭。
西藏的第巴桑杰嘉措在得知噶尔丹的境遇后，立即开始了援助行动。命令青海的和硕特诸台吉对噶尔丹进行援助，青海的博硕克图济农为首的台吉们，通过阿拉善的巴图尔额尔克济农将粮食、牲畜和其他物资源源不断送到科布多。同时，派遣使者为噶尔丹和策妄阿拉布坦调解。
有教廷作为调人，原本可以进一步趁火打劫的策妄阿拉布坦也不得不坐到谈判桌上。叔侄二人约定各守其地，不再起争端，策妄阿拉布坦归还了噶尔丹的妻子阿奴以及部分人畜。
获得了援助的噶尔丹为了重整旗鼓，命令各鄂托克的宰桑率领部分民众，到乌兰固木、空奎、扎布干、察罕色浑、扎布罕哈萨克图等地从事农牧业生产。
他不服输，要继续向清帝国这个庞然大物亮剑。
而康熙皇帝也没有忘记这个曾经震动京师的大敌。于1692年5月在多伦诺尔会盟喀尔喀诸部，正式将喀尔喀蒙古纳入统治范围，设32旗，分左中右三路。成吉思汗的直系子孙，至此全部归顺满清，而清帝国的边界也扩张到与噶尔丹近在咫尺，规模不等的卡伦、哨所开始大规模建设。
心有余力不足的博硕克图汗噶尔丹，对这一切只能冷眼旁观。从1692至1694年，一直在休养生息，积蓄力量。
1695年，恢复了元气的噶尔丹决定再次东进。这一次，他不再寻求和清军的决战，而是积极煽动喀尔喀和漠南蒙古各部反清，并决定发挥游牧骑兵的优势，进行运动战，敌少则歼，敌众则退，以此来疲痹清军，迫使其退出喀尔喀。
是年2月，噶尔丹将所有人马召集在空奎、扎布干一带，计有20000余众。这相对于第二次东征的时候，实力已经大大不如，久经战阵的老战士也已不多。而已进入老年的噶尔丹仍然壮心不已，他也许还会向自己的战士喊出自己刚回到草原平定叛乱时的那句话：“汝等视吾枪所向！”
5月，噶尔丹率军从科布多出发，途经塔密尔，进入喀尔喀。为了争取喀尔喀民心，噶尔丹命令不得抢掠喀尔喀各地台吉，但因为先前的战争，仍造成喀尔喀各地的恐慌。
9月，噶尔丹大军驻扎在克鲁伦河源头的巴彦乌兰。
可这时的清廷也早已做好的迎战的准备，经过侦查，于9月破获了噶尔丹在内蒙古地区的间谍网，伊拉古克三活佛的徒弟卫征喇嘛及罗布藏端罗卜、尼尔巴格隆、尼克塔鄂木布等众多喇嘛被清政府逮捕处决，从此，噶尔丹对于清廷的动作完全失去了掌握。
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