这是第一回合，噶尔丹失去了先机。
12月，康熙皇帝做出兵分三路突袭至土拉、克鲁伦河歼灭噶尔丹所部的决策，命费扬古为“抚远大将军”，率领50000人为西路军，由宁夏和归化城出发，在翁金河汇合后向土拉河推进；康熙皇帝亲自率中路军30000人从北京出发压向克鲁伦河；东路大军15000人由萨布素率领在克鲁伦河下游阻截噶尔丹。清廷在全国进行了战争动员，征发军用大车5000余辆，牲畜20000余头。
1696年4月1日，康熙皇帝率部从北京出发，噶尔丹料定清军三路前来，主动撤离土拉河，并下令烧毁土拉河的布尔察克10里之内的草原，以阻挡西路军。自己率军驻扎到达尔罕敖拉一带。
4月末，康熙皇帝的中路大军到达离达尔罕敖拉仅五十里之处，为稳住噶尔丹等待西路军汇合，将长史多禅公主及大量礼物送至噶尔丹军营，表明并无剿灭之心。噶尔丹照单全收，但仍在5月7日西走巴彦乌兰，准备迎击西路军。
西路军本是三路清军中实力最为雄厚的，但因为行军路线长，且要穿越沙漠，所以也最为疲痹。5月3日到达土拉河时，仅有先锋部队14000人，正好符合噶尔丹敌少则歼的战略。
5月13日，在肯特山南、土拉河北、汉山之东的昭默多，噶尔丹率军与费扬古决战。
这一回，准噶尔军在噶尔丹指挥下首先发起攻击，主动围攻清军阵地。
而吸收了前两次大战经验的清军此时配备了大量火器，数十门大炮轮番轰击，噶尔丹军尸横遍野，伤亡惨重。
见众军畏缩不前，噶尔丹的大妃阿奴为鼓舞士气，“披铜甲，配弓矢”冲锋在前，被清军火炮击中阵亡。这个女人与噶尔丹相濡以沫20年，无论丈夫是顺境还是逆境都忠实追随，可以想见，她的死对噶尔丹的打击何其巨大，对这场决战的前景也蒙上了不祥的预兆。
大妃战死，准噶尔军更加同仇敌忾，奋勇搏杀，可战争的胜负绝不是勇气所能决定。噶尔丹麾下宿将戴巴图尔宰桑、博罗特和硕等相继战死，两军战至傍晚，仍然未分胜负。
清军统帅费扬古深知，自己的后续部队最早第二天早上才能赶到，在人数上处于劣势的清军如果再这样消耗下去，很难固守阵地。
为了扭转劣势，费扬古趁两军胶着之时，派一支奇兵偷袭了噶尔丹后营。
抄袭后路，攻敌不备，原本是噶尔丹惯用的战术，但也许是因为大妃、爱将相继战死让他一味猛攻而忘记了敌人完全可以以彼之道还施彼身，噶尔丹大意了。
大意的后果是灾难性的，准噶尔军的后营被清军轻易攻破。妇女儿童哭喊之声震天动地，战士无心恋战，全军大乱。清军趁势掩杀，获得完胜，曾经横扫中亚的准噶尔军被彻底击溃，战死2000余人，被俘3000余人，损失牛羊60000余头只。
噶尔丹在50名护卫的保护下突围撤走，后与丹济拉、丹津鄂木布、伊拉古克三呼活佛汇合，收拢5000余人马，到塔密尔一带休整。
这时的博硕克图汗，几乎拼光了全部实力，运动战也无法进行，因而决定在杭爱山一带游击。丹津鄂木布、杜噶尔阿拉布坦等人对前途丧失希望，率部叛走，噶尔丹仅剩不到3000人马。
墙倒众人推，是政治不变的法则。
8月，康熙命清军把守住各处前往青海的必经之路后，派理藩院官员二郎保到青海各部传达“不得对噶尔丹进行援助，否则将视为敌人”的诏书，原本对噶尔丹持同情态度的青海诸部首领们全部奉诏；9月，噶尔丹在南疆最后一块根据地哈密的伯克额贝都拉达尔罕谴使进北京表示归顺，并积极协助清军捉拿噶尔丹；而策妄阿拉布坦也派兵封锁了边境，严防噶尔丹返回准噶尔本土。
在确保了噶尔丹一切外援都已经断绝后，康熙皇帝在10月派卫拉特人曼济、阿旺丹津对其招降，噶尔丹严词拒绝。
劝降遭拒，清军的围剿更为严密，噶尔丹的部众四处转移，不但缺乏粮食、马匹，连火药也将用完，全军靠打猎维持生计，而离开大部队狩猎的人往往成为敌人捕杀的目标。其独子塞卜腾巴珠尔奉父命在巴尔库尔山打猎时被额贝都拉达尔罕的哨探发现行踪，被捕后送往北京。这对于噶尔丹来说，无疑又是沉重的打击。
妻子儿子都已不在身边，四处转移的行军生活又极为艰苦，年老的噶尔丹在内外夹攻下病倒了，人终归是人，无论什么样的强者在命运接二连三的打击下都是无法一直傲然挺立的。
在最后的岁月中，只有女儿钟察海的照料能给这个老人不多的安慰。而疾病和穷困却没有摧毁他的意志。11月，康熙皇帝再派员外郎博什希、笔帖式阊寿劝降，噶尔丹予以接待，但让其远坐，不准靠近。这个细节，可以看出此时的噶尔丹已经重病缠身，形容枯槁，不愿被敌手的使者看到。而对于投降，他的回答仍是拒绝。
1697年2月26日，对劝降丧失希望的康熙皇帝亲自到达宁夏，组织对噶尔丹的合围。
清军不再担心噶尔丹会有什么激烈的反击了，这次调动声势浩大，毫无掩饰。得知消息的噶尔丹离开过冬之地撒克萨图库里克，准备前往额黑阿拉尔。
然而，也许是命运不忍心再捉弄他了。当他率部于4月4日转移到达科布多地区布彦图河畔的阿察阿穆塔台时，一代雄杰在数日“饮食俱废”后，走完了自己的人生，享年53岁。弥留之际，他也许会见到父亲、母亲、老师、兄长和同窗好友，他曾是他们最为热切的希望，但却在如此凄凉的境况下看着一切归于泯灭。
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