顾宪成与高攀龙等人在书院的讲义，《东林书院志》中称为“东林商语”、“东林论学语”。由此可以看到，东林书院的日常功课，以及他们的议论焦点，并不在政治，而在学术。它的影响巨大的讲会，即每月一次小会（十四日至十六日），每年一次大会（春季或秋季），以往人们多误解为政治性集会，其实不然。
这些讲会到底议论什么呢？这在《东林书院志》记载的“东林会约”中有明确规定：“每会推一人为主，主说四书一章，此外有问则问，有商量则商量。凡在会中，各虚怀以听，即有所见，须俟两下讲论完毕，更端呈请，不必搀乱。”很显然，大家聚集在一起，是读四书，谈体会。顾宪成为他的弟弟顾允成写的小传中说：“每岁一大会，每月一小会，弟进而讲于堂，持论侃侃，远必称孔孟，近必称周程，有新奇险怪之说者，辄愀然改容，辞而却之。”
你看，轰动全国的东林讲会根本不是某些人所想象的那样，群情激昂地抨击朝政，而是书生气十足地在研讨四书中的某一章，从孔孟一直谈到程朱。这种规矩，即使在顾宪成去世后，主持书院的高攀龙、吴觐华继续坚持，在“东林会约”中再三强调：“东林之教原本程朱，以穷理致知”，对于儒家经典，必须“积年累岁立会讲诵”。
其缘由是容易理解的。顾宪成诸君子罢官下野，对于政坛的纷争久已厌倦，回归乡里，以创办书院来寄托心志，只谈学问，不问政治，似乎已成为他们的行为准则。万历三十六年（1608年）十月二十一日，顾宪成接到圣旨：“顾宪成起升南京光禄寺少卿添注”，立即写了辞呈，其理由除了“目昏眼花，老态尽见”之外，特别强调他早已不问政治：“入山唯恐不深，入林唯恐不密，恝然置安危理乱于不问，以自便其身。”这是顾宪成当时心态的真是实写照，他对政治已经不感兴趣，早已把自己看作一个桃花源中人了。在给朋友的信中，他如此描述自己：“予抱疴泾曲，日坐卧斗室中，酬应都罢，几如桃花源人，不复闻人间事。”一个桃花源中人，办书院，把研讨四书五经作为唯一寄托，而偏偏被后人误解为“讽议朝政，裁量人物”，与事实真相的差距实在太大了。
他推辞南京光禄寺少卿的第二年，给挚友李三才的信中，再一次说明推辞的原因，真诚地吐露了心声，表示专心致志办好东林书院，优游于林间水下，不再过问政治，他说：“东林之社是弟书生腐肠未断处，幸一二同志不我弃，欣然其事，相与日切月磨于其中。年来声气之孚渐多应求，庶几可冀之以补缉桑榆，无虚此生，一旦委而弃之，既有所不忍。凭轼而观，时局千难万难，必大才如丈（按：指李三才），卓识如丈，全副精神如丈，方有斡旋之望。如弟仅仅可于水间林下藏拙耳，出而驰驱世路，必至偾事。”这并非自谦的客套话，而是真情的流露。
以这种心情主持东林书院，当然要把“莫谈国事”当作院规。顾宪成为东林书院所订院规，其中有一条，力戒鄙、僻、贼、浮、妄等坏习气：“比昵狎玩，鄙也；党同伐异，僻也：假公行私，贼也；或评有司长短，或议乡井曲直，或诉自己不平，浮也；或谈暖昧不明及琐屑不雅、怪诞不经之事，妄也。”明确告诫书院同人，不得“评有司短长”、“议乡井曲直”，也就是说，不得评论政府官员以及地方政治。他的这种主张，为后继者吴觐华所继承，并进一步具体化：“学问二字原不尚议论”，“自今谈经论道外，凡朝廷之上、郡邑之间是非得失，一切有闻不谈，有问不答，一味勤修讲学”。这一条被列为“今日第一时宜”。还有一条是“今日第一禁戒”－－东林讲会既然是“布衣聚会”，没有任何压力，因此在讲求学问时，不得有“蝇营之听”：“一切是非曲直、嚣陵垢啐之言，不以闻此席。至于飞书、揭帖、说单、诉辨之类，不以入此门。”凡此种种，都彰显东林书院为学问而学问，远离政治的标榜，不仅停留于口头，而且付诸实践。清代人编写《明史》时，对此已经不甚了了，胡乱说些“（东林书院）讲习之余往往讽议朝政，裁量人物”之类，近人不加细察，人云亦云，误导了后世学人，以致把它误解为议论政治的讲坛、改革政治的团体。
美国学者贺凯（Charles 0．Hucker）在《明末的东林运动》一文中说得好：“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个改革政治的士大夫团体。”
三 顾宪成与李三才：悲剧的结局
顾宪成以桃花源中人的姿态，在东林书院潜心于学问，不再过问政治。但是政治还是给他带来了麻烦，这个麻烦恰恰来自他的挚友李三才。
李三才是万历朝后期官僚队伍中少见的干才，万历二十七年他以都察院右佥都御史出任漕运总督、凤阳巡抚，政绩卓著，颇得人望。万历三十六年，内阁中朱赓病逝，李廷机又闭门不出，只剩下叶向高一个人苦苦支撑，补充阁员便成为当务之急。一些官员认为，阁员不必全由翰林出身，也可以选拔一些外僚（封疆大吏）。此时李三才已经在漕运总督之外加上了户部尚书、都察院左副都御史头衔，成为理想的阁员人选。当时官僚中派系林立，互相倾轧，李三才这种既有声望又有才干的外僚当然不受某些阁部大僚的欢迎。内阁权臣李廷机指使工部郎中邵辅忠出马，弹劾李三才贪、险、假、横，无所不用其极地给李三才勾画一副贪官嘴脸，并且无中生有地锐：“一时只知有三才，不知有陛下，主上势孤，党与日甚”，一下子把此事定位于“结党”的层次上。御史徐兆魁与之一唱一和，在“结党营私”上大做文章，影射李三才身后有一个“党”，而且这个“党”是“藉道学为名”的，含沙射影地指向东林书院。
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