鉴于甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏皇帝，提出“教导回民”的善后事务，清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到皇帝倚重，并被授予了相当重要的权力。
转战台湾
在甘肃发生回民事件之后，东南的台湾又爆发了领导的汉族、高山族农民的大规模-，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年（1786年）与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处于主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。
常青镇压不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。当福康安从征金川为领队大臣时，是参赞大臣海兰察的下级，这次赴台湾作战，事隔十多年，福康安竟成全军主帅，海兰察仍是参赞大臣，但福康安能谦谦自下，又善于周旋，很好地发挥了海兰察的军事才能。十一月，福康安一行渡鹿仔港(今台湾彰化西南鹿港)，登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围0而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。清军又攻克俾长等十余村庄，起义军-撤离诸罗。清兵追至大排竹，决溪水渡兵，焚烧了农民军的营寨。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围，被封为一等嘉勇公，赏红宝石帽顶，四团龙补服，以示优异。
同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，起义军寡不敌众，大小首领多人被俘。福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。为防止林爽文见追急自戕，福康安密令巴图鲁侍卫十人及屯练兵数百人，改换装束，深入高山密林，终于在乾隆五十三年（1788年）正月，于老衙崎俘获林爽文。林爽文被解往京师后，慷慨就义。
前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港(今台湾台南县西北盐水镇)观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安-恒瑞，问其妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他打仗奋勉，仍请将恒瑞留于军营。乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。等到福康安俘获林爽文本人之后，乾隆帝念其军功，仍亲解佩囊赐与福康安。
林爽文失败以后，福康安于乾隆五十三年（1788年）二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。
清廷以福康安为主帅，成功地镇压了台湾林爽文的起事，有效地维护了封建统治秩序，福康安因此再次受到乾隆帝表彰，上谕称他“用心周密，真能不负任使。“赏黄腰带、紫辔缰、金黄辫、珊瑚朝珠等物，并命于台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。
乾隆五十四年（1789年）正月，因安南国滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培，用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，乾隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。可见和珅、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。
驱逐廓尔喀
十八世纪中叶，清朝的邻国尼泊尔建立起廊尔喀族统治的新王朝，新国王蓄意向外扩张势力，于是乾隆五十三年（1788年），廊尔喀以西藏当局征收贸易税太重为由，派兵入侵西藏边境。
乾隆五十六年（1790年），廓尔喀又再次兴兵，直犯班禅额尔德尼驻锡的日喀则，洗劫了札什伦布寺，掠走大批珍宝财物。而驻藏大臣保泰临阵退缩，竟想把0和班禅移至青海。清廷闻报，即派福康安为将军，与参赞海兰察、奎林(福康安堂兄)率巴图鲁侍卫入藏，迎击入侵者。行前，乾隆帝对福康安面授方略。乾隆决心对廓尔喀大张挞伐，以求边境永远安宁。九月二十九日，福康安自京启程，由山西、青海一路驰驿赴藏，海兰察因率兵众多，由河南、陕西、甘肃分别行走至青藏。十一月，福康安收到乾隆谕旨，因青海口外时值隆冬，如果由此入藏，必然险阻丛丛，命他改道而行，该路均有驿站，只是稍迟于指定日期抵藏。福康安素性勇猛，认为军情紧迫，仍从西宁一路入藏。此时一路。青草未茂，马皆瘠疲，因福康安行走疾速才未至困境。十二月一日，福康安在西宁停留四天之后即轻装简从，由当噶尔东廓尔（在今青海西宁市西面）一带启程入藏，翌年正月初三到达青藏边界，正月二十日抵拉萨。从西宁至拉萨，全程四千六百里，途中步行六十天。
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