何况，作为一个武力征服的王朝，变乱总是不能避免的。
1262年，在忽必烈刚登上帝位，正在与阿里不哥鏖战之时，他所信任的江淮大都督李璮以山东全境反叛，而这李璮的岳父又是他所倚重的中书平章政事王文统。
虽然在忽必烈的派兵进剿下，李璮仅坚持了五个月便身死族灭，王文统及其子王荛也以同谋罪被杀。但内外两个深受重用的汉臣竟会叛乱，这大大打击了忽必烈的汉化热情。
趁此机会，一直对忽必烈重用汉人不满的色目人群起进言：“回回虽时盗国钱物，未若秀才敢为反逆”②。色目人善于理财，没有汉人儒士那么多的礼教大义，又和蒙古人一样是外来者，只要在帮助皇帝搜刮财富之余满足自己的私欲，便不会有什么野心。感到汉人终究与自己不一条心的忽必烈开始重用色目人。任命中亚费纳客忒人阿合马领中书左右部，后又兼诸路都转运使，和左右部并入中书，最后超授阿合马为中书平章政事，列于相位。
将“屡毁汉法”的阿合马拔擢为宰相，标志着忽必烈停止了汉化进程。有元一代，蒙古传统的分封采邑制、官工匠制、驱奴制、朝会滥赐制、商业上的斡脱（高利贷）制等原封不动的保留了下来。
这些落后的制度和在中原实行的税粮制（包括地税和丁税，规定地税多者交地税，丁税多者交丁税）以及在江南实行的两税制（夏秋两季缴税）同时施行。国家财政、地方财政、贵族食邑互有交叉，奴隶制与商品经济同步运行，出现的抵牾和混乱，可想而知。
忽必烈时的元帝国最为强盛，强盛得将种种问题掩盖。但这一国多制却是一粒种子，一粒帝国再次崩溃的种子。
〖①宋濂：《元史》卷四，《本纪第四·世祖一》
②姚燧：《牧巷文集》卷十五〗
三、一粒种子的成长
1294年，元世祖“薛禅汗”忽必烈驾崩。因为太子真金先他而死，皇太孙铁木尔继位，是为元成宗“完泽笃汗”。
成宗即位后，在诏书中宣布自己将奉行先朝的成规，但也对爷爷留下的政策作了许多调整，首先便停止了对安南（今越南）的进攻，释放安南使节，同时又拒绝了大臣继续讨伐日本的建议，派使节出使日本，恢复邦交。从而专心治理内政。
在位十三年中，成宗的表现基本是一个皇帝的仁慈与文治，与金戈铁马的帝国可汗几乎不沾边。
为了与民休息，他屡屡下诏减免赋役，规模较大的便有1294年减免所在本年包银、俸钞，以及内郡地税和江淮以南州县当年的一半夏税；1295年停止一切非急需的工程营建，免除本年五月以前积欠的钱粮；1296年要求权贵豪绅交纳所隐匿的江南田租，以减轻小民负担；1298年因水旱成灾，下诏减免受灾郡县当年田租的十分之三，受灾严重地区全部减免，老弱残疾及人丁稀少的民户免除三年差税，同时停止当年的一切土木工程；1299年免除当年内郡包银俸钞和江南夏税的十分之三；1304年下令天下官员体恤民情，减省刑罚，免除灾民差税一至三年不等。鉴于江南佃户田租过重，在过去减过十分之三的基础上再减十分之二，且永为定例。同时开放山场、河泊，任民采捕。
为了有一个高效的行政班子，他施重手整肃吏治。即位的第二个月便下诏各道廉访司及时追查转运司官员欺隐奸诈的案子，以防止管财政的官员贪污中饱。同年十月，要求中书省臣约束属宫官，凡对公事敷衍塞责者处以笞刑。1295年7月，下诏告诫全体官吏，有再犯贪赃之罪者，罪加二等。不久，又将对贪赃罪的处理改为罪加三等；1302年，因江南朱清等贪污贿赂案发，成宗当年便罢免贪官18473人，审理冤案5176件。
为了避免宗王干政，他一面多次赏赐诸王、公主、驸马，增加官员俸禄，一面下诏禁止诸王擅自干预地方行政。
唯一能让他看起来像一个成吉思汗子孙的，是在1300年发兵征讨八百媳妇国（今泰国北部、缅甸东北部，治京泰国清迈）。第二年，又因金齿（今中国云南西部和缅甸腊戍一带）诸国阻击元朝的征缅归师，下诏征伐金齿诸国。但随着战局不利，他很快便停止了用兵，同时与反对自己为正统的察合台汗国可汗笃哇、窝阔台汗国可汗察八儿达成和解，使得从忽必烈时代便开始的，延续几十年的西北战乱得以平息。
成宗不通汉语，读不懂汉文典籍，但他的所作所为却几乎符合一个理想的汉人皇帝的标准。唯一遗憾的，是他不能，也不敢改变爷爷忽必烈留下的一国多制。他所能做的，只是让这颗不祥的种子慢些发芽，在他的手中不要成长起来。史书评价他“垂拱而治，可谓善于守成者矣”①，应该是公允之论。
1305年6月，成宗立自己的独子德寿为皇太子。岂料，仅半年过后，年轻的皇太子便病逝。此时的成宗也已重病在身，这打击更使他缠绵病榻而不能起，只得由皇后卜鲁罕执政，朝中大事委于右丞相哈剌答孙。
1307年正月，元成宗“完泽笃汗”铁木尔病逝大都宫中。因为太子早死，帝位传承便成了问题。
以血缘来说，最有资格继承帝位的是成宗兄弟的儿子们。真金太子有三子，长子甘麻剌，次子答剌麻八剌，三子便是成宗。甘麻剌有子也孙铁木儿，答剌麻八剌早逝，但留下两个儿子海山和爱育黎拔力八达。
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