孙中山接到清帝退位和袁世凯赞成共和二电后，就于第二天向临时参议院提交了辞职和举袁世凯为中华民国临时大总统两篇咨文。
2月15日，临时参议院召开临时大总统选举会，以全票选举袁世凯为中华民国临时大总统。
我们知道袁世凯在今后的所做所为，不由对南京方面如此做法深感遗憾。然而在当时，却是顺理成章：袁世凯果然不负众望，未为清廷效力，只以两个多月时间就把清廷结果掉；如果手握重兵的他忠于清朝，对革命全力镇压，那共和胜利该要费多少周折啊。之前黎元洪、孙中山等一再表示，只要他推翻清廷、赞成共和，我们就选他当总统；如今要求他做到的，他都做到了，这当然要履行承诺了。
孙中山急于让位，还有一层经济原因。
各地独立之后，前清留下的财政库存十分有限，而作战又急需要大量经费，各地财政上都捉襟见肘。孙中山归国之时，人们盛传他带回了大笔资金；在上海下船后即有记者问他带回了多少钱，此前孙中山到欧洲筹款已经碰壁，就说：“我一分钱也没有，我带回的是革命精神！”大家当然都热烈鼓掌，但在心里不由泛起隐忧。
在孙中山宣誓就职之后，一次安徽前线军情告急，粮饷皆缺，急电中央索饷。临时大总统孙中山朱笔一批：拨二十万元济急。当总统府秘书长胡汉民持此总统手批，前去财政部拨款时，发现国库之内，只有银元十枚！
精于理财的实业家张謇估算：新政府的开支至少每年须有一点二亿两，每月须有一千万两；扣除可能得到的收入，新政府每年将短缺八千万两。
由于缺乏经费，南京临时政府几乎面临着军队解散、政府崩溃的危险，孙中山交班给袁世凯，也有难以维持的原因。
当然，孙中山等人也深知此人半新半旧，可新可旧，如果真的像他说的，维护共和到底，那国家人民有福；可如果这家伙掌握民国以后，又象清朝一样搞起专制来，那可怎么办？
孙中山首先为他准备了两个紧箍咒：首都定于南京；袁世凯必须到南京就职办公。
这是因为袁世凯在北京势力太大，要把他从个人势力和封建势力都很强大的北京调到南京，他肆意妄为的可能性就小多了。
当时革命阵营内部对民国首都到底该奠在何处一直有争议。有很多人觉得从全国版图来看，南京地处偏僻，当时又是个小地方，因此还是北京最好。孙中山顶住压力，力排众议，从制约袁世凯的角度，决定民国临时政府必须设于南京。
孙中山将定都南京和袁世凯必须来南京就职这两条发给袁世凯，并催促他来南京就职。这两条的用意，袁世凯一望便知，心里冷笑：把临时政府设于南京，要我到南京就职，你们正好欺负我是不是？调虎离山那么容易？
于是袁世凯回一电，说，我巴不得早日到南京面聆诸公教诲，可现在这个北方的秩序，那是相当的乱：皇室刚退，心有不甘，在一些外人挑拨下还企图生事；蒙古那边，也很不稳；各国的驻京使领馆和商业机构也要保护。这些破事拖了我准备南下就职的后腿，也搞得国家变成了迟迟不统一的南北两部分，真是不好意思。现在看来，与其您孙大总统让位于我，还不如您接着当，等我把北方搞安定之后就交给您，然后我辞职，去当一个逍遥快活的民国普通国民最好。
说孙中山为国为民，袁世凯的这番话说得更大公无私。这份电文公布后，袁世凯“感动中国”，其支持率直线上升。
孙中山依然不松口，2月18日，授命教育总长蔡元培为团长，宋教仁、汪精卫等八人为成员，组成迎袁专使团，于22日启程走海路赴北京迎接袁世凯南下就职。
袁世凯对专使团予以隆重接待，先派其长子袁克定到天津远迎；专使团抵京后，袁世凯打开以前只有皇帝才能走的正阳门迎接；他还把东城煤渣胡同的前清贵胄学堂布置为迎宾馆。
专使团向袁世凯递交了孙中山的亲笔信。袁世凯和专使团相谈甚欢，对南下就职问题，袁世凯再不推拒，一口答应，而且还讨论了南下路线。袁世凯说他准备走京汉线，先到武昌和黎元洪副总统见一面，然后换乘轮船到南京。专使团喜出望外，心上一块石头落了地。
就在专使团深感不虚此行的时候，2月29日晚，北京城忽然火光冲天，枪声四起，大群的士兵在街头又抢又烧。“宫保要走了，我们没人管了，快抢个盘缠回家吧！”这样的声音在部队中一呼百应。当晚，乱兵所过之处，金银首饰店、饭馆及杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，北京仿佛又来了八国联军。
一群乱兵张牙舞爪地冲进专使团的下榻处，九位专使慌忙逃到六国饭店避难。人人衣衫不整，缺鞋少袜，狼狈不堪。
兵变前后绵延三日，扩大到天津、保定及更大的北方地区。
兵变次日，袁世凯紧急召开高级军政首长会议，决定立即采取行动制止乱事蔓延，下令凡看到乱兵任意抢劫，立即格杀勿论。
袁世凯痛心疾首地对专使团说：北京真是不稳啊，你们看到了吧！如果我一离开，那怎么得了？！
这样一个过程，再加上袁世凯的一贯为人，不猜想这场兵变是他主使、是为不去南京找理由的都难。
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